ぎょーむ日誌 2007-09-06
2007 年 09 月 06 日 (木)
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0720 起床．
朝飯．
コーヒー．
0850 自宅発．
曇．
0905 研究室着．
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ECOAS プランクトンデータ解析，
動態モデルをまとめてみる．
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昼飯．
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動態モデルを構成するパラメーターの整理，
いろいろと試行錯誤．
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とびこみデータ解析こんさる．
東研の藤原君でアリ血縁度のハナシ．
Queller & Goodnight (1989)
の頻度をやたらと足し引きして割算値化する
Relatedness 5.0 なるすごく古いソフトウェア依存な方向のもので
……
こういう古い集団遺伝学由来の，
とでも形容すべき指標あれこれは見てていつも気分が悪くなるんだけど，
Bayes とかもちこんできちん統計モデル化するのはしんどいので，
いつもそのまま放置してしまう．
今回も Relatedness の挙動を二人して検討し，
まあ皆さんこの指標が正しいと思ってるんなら
あとは jackknife な信頼区間で種間比較でも，
といったいいかげんな策にオワる．
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ゐんばぐす
coding．
こりゃ，
なかなかたいへんだわ．
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そしてばぐ取り，
というか，
ゐんばぐすの不親切な trap 窓エラーがでたら何か
統計モデリングの不備があるはずと確信してそれを見つけだす作業．
ゐんばぐすはそれほど難しいソフトウェアではないけれど，
この過程だけは
かなりの
洞察力を要求される．
おそらくゐんばぐすというか階層ベイズモデル普及を遅らせる原因となるだろう．
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たとえば下の例でいうと，
隠れ変数
biomass
を導入するに際して，
Tau1
と
Tau2
の関係をどうすればよいか，
といった問題だ．
これは，
どちらも無情報事前分布にしては
いけない
場合なのである．
私も意味不明エラー窓をつきつけられるまでは気づかなかった．
biomass[i] ~ dnorm(0, Tau1)
logit(p.fish[i]) <- phi[1] + phi[2] * biomass[i]
Fish[i] ~ dbern(p.fish[i])
for (k in 1:2) {
phi[k] ~ dnorm(0, Tau2)
}
そしてこのような小手先の問題ではなく，
「平衡状態付近を Gibbs サンプリング」
なる今回の奇策がじつはかなりヘンだということが徐々にわかってきた
……
ゐんばぐすは全パラメーターを「なかったこと」にすることで，
「平衡状態」
の実現をもくろんでいる．
いやはや，
これは事前に気づくべきだったんだけど，
やはりそういう計算結果がでるまで気づかなかったよ
……
へろへろになってきたので
2140 研究室発．
2155 帰宅．
体重 68.4 kg．
晩飯．
計算試行錯誤つづける．
ちょっとやそっとの小細工ではどうにもならん
……
夜中の散歩．
歩いているうちにようやく解決策をひとつ思いついた．
これは「平衡状態」とやらをあつかっているので，
どれかひとつの rate を
「一般性を失うことなく」
(without losing generality, without loss of generality)
何か定数，
たとえば 1 に固定してよいわけだ!
今晩はもう計算はやらないけど，
明日はこの方向で試行錯誤してみよう．
[今日の運動]
[今日の食卓]
- 朝 (0750):
米麦 0.7 合．
キムチ・豆腐・卵の炒めもの．
- 昼 (1220):
道外からのお客様たちと楽しくスープカレー．
またまた北 16 西 4
「心」
で．
今日はラビオリカレー，
辛さ 8 (これは前回の 7 とほとんど変わらない)，
小ライスで．
- 晩 (2220):
スパゲッティー．
レトルトパウチドのアサリソース．
キュウリ．
