KuboLog 2007-09-04

苦情・お叱りは，たいへんお手数かけて恐縮ですが，久保 (kubo@ees.hokudai.ac.jp) までお知らせください．

2007 年 09 月 04 日 (火)

0820 起床．書類上の夏休み 2 日目．朝飯．コーヒー．洗濯．また洗濯．

野田さんから依頼されて，来月の個体群生態学会大会の案内を代理投稿．私はこのあたり日光会議の発表準備にヤラれてるはずなので，そもそも不参加．

占部さんからの陸水動態あれこれ教えていただいたメイルをまた検討， Wiki 上で整理． 1120 自宅発．晴．昼飯を北 12 生協で調達して 1140 研究室着．

ECOAS プランクトンデータと占部さんご教示メイルの検討．

細菌も直接リンを吸収する
計数している細菌がすべてactive とは限らない

で，細菌はリン動態に影響しない，とモデリングするしかないのかなぁ ……

そしてやっかいな標高問題．

前のメイルではこれらのさまざまな rate に標高などが影響する，と書きまし
たが，このあたりはよく考えたほうがよいかもしれません．

たとえば溶存リンなどが植物プランクトンに取りこまれる速度 (前回の私のい
いかげんなメモだと r3) は現象論的には標高に依存しているように見えるか
もしれませんが，実際のところは (植物プランクトンが同種なら) 水温なんか
に依存している，と考えるべきかもしれません．

結局のところ，この解析のゴールが環境 (まあ気温しか考慮してないわけです
が) が変わったときに群集や系がどうなる，といったハナシになりそうなので，
可能なかぎり「説明変数としての標高」を水温などに置きかえたほうがよいで
しょう．

標高は湖沼の面積その他にも影響およぼしていてなかなか面倒な量になってい
ます．おそらく標高が影響してそうなのは

1. 温度 (→ 水温)
2. 集水域の大きさ (→ 湖沼のサイズ?)
3. 生物の侵入しにくさ (「島」効果?)

といったところでしょう．水温変化の影響をみるためには，水温が影響してい
そうなところは水温の予測値に変えてしまうことです．たしか，以前の占部さ
んの発表で，標高を変えることで気温変化の代替とする，といった予測計算を
示されていましたが，これはいろいろと問題があるだろうと思います (たとえ
ば説明変数が ... + (標高) + (湖沼の面積) + ... となっていた場合，など)．

で，その水温のモデリングの例ですが，たとえば，

水温 ~ 標高 + 緯度 + 観測年の影響 + 観測日の影響 + 池の random effects

みたいにして，ここから年月日の影響をのぞいたものを，その池の平均水温み
たいにあつかうことになりそうです．ベイズモデルではこの部分は他の部分
(窒素・リン・プランクトン動態など) と同時に推定されます．

これに加えて pH に関する質問も追加して，またメイル送信．

ということで，どうも水温のモデリングやらねばならぬ可能性がでてきたので …… 送っていただいたゑくせるの「調査日」列の正体をみるために， OpenOffice.org で開いて内容の一部をここに記録しておく．あとで day of year 換算計算に使う．

[日付列]

2006 年ってのは観測ではなく入力年ですなぁ．おうぷんおひすだとこう表示されるんだけど， gnumeric だと別の日付になってしまう．いやはや． CSV 出力すると 2006-07-17 が 37453 という整数に．いやはや．

昼飯．

いろいろとメイルやりとり．

上記の観測日変換，

> as.Date("2006-07-17") + d$date - 37453
 [1] "2006-07-19" "2006-07-19" "2006-07-20" "2006-07-21" "2006-07-21"
 [6] "2006-07-22" "2006-07-22" "2006-07-28" "2006-07-28" "2006-07-30"
[11] "2006-07-30" "2006-07-29" "2006-07-31" "2006-07-31" "2006-07-29"
[16] "2006-08-18" "2006-08-19" "2006-08-19" "2006-08-20" "2006-08-20"
...

てなかんぢで， day of year 変換は

> as.numeric(format(as.Date("2006-07-17") + d$date - 37453, "%j"))
 [1] 200 200 201 202 202 203 203 209 209 211 211 210 212 212 210 230 231 231 232
[20] 232 236 236 237 237 230 232 232 234 234 236 236 237 237 238 239 239 240 241
[39] 241 247 199 200 200 201 206 207 207 216 228 228 229 229 230 235 235 236 237
[58] 237 238 245 245 249 253 253 198 198 199 201 201 202 203 208 209 211 211 212
[77] 229 229 229 230 230 232 232 234 234 234

しかしまあ，上のような水温モデルの説明変数に使うなら，単なるこんな量でも問題ないわけで．

> d$date - 37453
 [1]  2  2  3  4  4  5  5 11 11 13 13 12 14 14 12 32 33 33 34 34 38 38 39 39 32
[26] 34 34 36 36 38 38 39 39 40 41 41 42 43 43 49  1  2  2  3  8  9  9 18 30 30
[51] 31 31 32 37 37 38 39 39 40 47 47 51 55 55  0  0  1  3  3  4  5 10 11 13 13
[76] 14 31 31 31 32 32 34 34 36 36 36

生態遺伝の石崎さんと植物の「匂い物質」組成 (ガスクロマトグラフィーによる定量， 20 種以上あるうちの 17 種) の空間統計モデリング …… とする予定だったのだけど，お話を拝聴しているうちに，これって空間相関のハナシとかではなく，むしろ遺伝相関 (アロザイム 3 遺伝子座，対立遺伝子数 c(2, 4, 5)) との関連みたほうがいいんじゃないの，ということで．

とはいえ，手ぶらでおひきとりいただくのも気の毒なので， R 布教もかねて 17 種の「匂い物質」地図の作図プログラミングを例示， PDF 出力． 1730 ごろ終了．

また ECOAS プランクトンデータの整理．うーむ，この集水域の面積とか使うべきなんだろうか．そして水温なるデータもいまいちよくわからん …… しかし，この ECOAS なるぷろぢぇくとが環境省のヒモつきであることを考慮するならば，やはり水温なるアヤしげな環境要因はモデル化せんといかんだろうよ．うう．なんで私なんかが温度とか考慮したプランクトン群集のモデル化やってるんでしょうねえ ……

1940 研究室発． 2000 帰宅．体重 68.6 kg．晩飯．

[今日の運動]

うんどう休養日

[今日の食卓]

朝 (0900): 米麦 0.5 合．モヤシ・ネギ・豆腐の煮物．
昼 (1320): 研究室お茶部屋．ヒジキ飯．ミディトマト．
晩 (2110): 米麦 0.7 合．ニラ・ニンジン・ショウガ・エノキダケ・豚肉のカレー．キャベツ・ネギのサラダ．キュウリ．

ぎょーむ日誌 2007-09-04

2007 年 09 月 04 日 (火)