ぎょーむ日誌 2007-08-19

2007 年 08 月 19 日 (日)

• 0910 起床． 朝飯． コーヒー． 登山ばてりはびりと称して怠業．
• Environmental and Ecological Statistics 14(3) (つまり最新号) の特集はおもしろそうだなぁ …… 例によって本邦の生態学研究者 (うーむ，私もふくむモデル屋集団) はなかなか世界の最先端に追いつけない現状， というかんぢなんだけど．

Guest Editorial: Spatial and spatio-temporal modeling in environmental and
                 ecological statistics

Author(s): Alan E. Gelfand
Page: 191 - 192
DOI URL: http://dx.doi.org/10.1007/s10651-007-0026-z

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Hierarchical spatial modeling for estimation of population size

Author(s): Jarrett J. Barber, Alan E. Gelfand
Page: 193 - 205
DOI URL: http://dx.doi.org/10.1007/s10651-007-0021-4

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Shifts in the spatio-temporal growth dynamics of shortleaf pine

Author(s): Mevin B. Hooten, Christopher K. Wikle
Page: 207 - 227
DOI URL: http://dx.doi.org/10.1007/s10651-007-0016-1

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Dynamic factor process convolution models for multivariate space-time data
with application to air quality assessment

Author(s): Catherine A. Calder
Page: 229 - 247
DOI URL: http://dx.doi.org/10.1007/s10651-007-0019-y

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Multivariate Bayesian analysis of atmosphere-ocean general circulation models

Author(s): Reinhard Furrer, Stephan R. Sain, Douglas Nychka, Gerald A. Meehl
Page: 249 - 266
DOI URL: http://dx.doi.org/10.1007/s10651-007-0018-z

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Model-based combination of spatial information for stream networks

Author(s): Mark S. Handcock
Page: 267 - 284
DOI URL: http://dx.doi.org/10.1007/s10651-007-0015-2

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Time-varying models for extreme values

Author(s): Gabriel Huerta, Bruno Sanss
Page: 285 - 299
DOI URL: http://dx.doi.org/10.1007/s10651-007-0014-3

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Designing environmental monitoring networks to measure extremes

Author(s): Howard Chang, Audrey Qiuyan Fu, Nhu D. Le, James V. Zidek
Page: 301 - 321
DOI URL: http://dx.doi.org/10.1007/s10651-007-0020-5

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Bayesian entropy for spatial sampling design of environmental data

Author(s): Montserrat Fuentes, Arin Chaudhuri, David M. Holland
Page: 323 - 340
DOI URL: http://dx.doi.org/10.1007/s10651-007-0017-0

• 1600 自宅発． 晴． 1615 研究室着． A 棟 8F には人影がまったくなく， じつに静かだ．
• R こんさるメイル書き． 「どうやって図のフォントを変更すれば良いか?」 という質問に対して ……

これにはいくつかの答えがあると思うのですが……たとえば，図を pdf() で
PDF 出力する場合には，

pdf("file 名", fonts = "Helvetica", ...)

といったふうに指定できます．ややめんどうなことに fonts = "..." の部分
は OS ごとに異なります．てもとの R で

print(cbind(lapply(pdfFonts(),function(x){x$family})))

とすると pdf() 関数で使える一覧が得られます．左の列が R 内フォント名で
右の列が OS 内フォント名です．pdf() で指定するときには R 内フォント名を
使います．

これとはちょっと異なる解答になりますが，par(family = "...") である程度
のフォント指定できます．help(par) で family の項をみると，

family
    The name of a font family for drawing text. The maximum allowed
    length is 200 bytes. This name gets mapped by each graphics device
    to device-specific font descriptions. The default value is ""
    which means that the default device fonts will be used. Standard
    values are "serif", "sans", "mono", and "symbol" and the Hershey
    font families are also available. (Different devices may define
    others, and some devices will ignore this setting completely.)
    This can be specified inline for text.

とあるので，ここでも family = "..." と指定できるはずです．ただしディス
プレイ上に出力するのか，それとも PDF file などに出力するのか，で指定で
きるフォントが変わってくるかもしれません．

ということで，出力 device とフォント名を同時に明示的に指定する，

pdf(..., fonts = "フォント名", ...)

のほうがよいかもしれません．

じつは Vine Linux の R 使いはさらに ghostscript 呪われな問題もあるわけだが …… まあ， Vine な R 使いなどというモノは この地球上に 10 人ぐらいしかいないだろうから， 無視してさしつかえない問題ではある．
• 苫小牧デンドロ論文に関する相談メイル書き． 最近の CJFR で混合モデルだのモデル選択だのといった 手法を使っている論文を Google scholar で検索 してみた．
  • Modeling response curves and testing treatment effects in repeated measures experiments: a multilevel nonlinear mixed-effects model approach (url)
  • Conifer growth, Armillaria ostoyae root disease, and plant diversity responses to broadleaf competition reduction in mixed forests of southern interior British Columbia (url)
  • Interregional nonlinear height-diameter model with random coefficients for stone pine in Spain (url)
  • Tree seedling growth and survival over 6 years across different microsites in a temperate rain forest (url)
  こういう林学系ぢゃーなるでもあたりまえのように random effects だの AIC だのが使われていますよ， ということで．
• 母子里 Gibbs 林冠モデル の revision 版とそれに連動している cover letter 文案 PDF file をアップロード． 共著者の皆様 (久保ほか 7 名) にメイル送信． まあ， これはしばらくおいて， と．
• このモデル， ホントはまだまだ改良すべき点
  • sensor array ``棒状'' 誤差のベイズ推定
  • ``柱状'' な樹幹による光減衰のベイズ推定
  などなどがあるんだけど， これらはすごく難しいので (あるいは計算時間がすごく長くなってしまうので) 放置してあったりする次第なのですよ．
• といったことなどは片づいたんだけど， 数セミ原稿の例題作りはぜんぜん進捗せず． 2305 研究室発． 2320 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (1000): イソップベイカリーの巨大クロワッサン， バタール． チーズ． 鶏レバのショウガ煮．
  • 昼 (1320): 蕎麦． 鶏レバのショウガ煮．
  • 晩 (2000): 米麦 0.8 合． 油揚の味噌汁． オクラ・納豆・長芋丼．