ぎょーむ日誌 2007-08-02

2007 年 08 月 02 日 (木)

• 0830 起床． あいかわらずずれぎみ． コーヒー． 朝飯． ベイズモデルにおけるパラメーター間の相関， なる問題について検討してしまう． 自分のアタマが整理されてないのでこの問題は複雑怪奇に考えがちなんだけど …… うーん， たとえば， ふたつのパラメーターがあり， その事前分布がそれぞれ独立であるときにも事後分布間に相関は生じうる …… とはいえ， 実際にはヘンな定式化でもしないかぎりはそんなに強い相関は生じないだろう． ところでこのふたつの事前分布が独立ではなく相関をもたせてやると (あるいは正負の相関が自由に発生するように超事前分布を設定する)， 事後分布にはさらに強い相関が生じるだろう． 問題に思えるのは， あてはまりの良さだけを追及してしまうならば， たいていの場合において「相関発生しうる」事前分布をつかった モデルのほうが「良い」モデルになってしまうような気がするんだよねえ． それとも何か「罰則」のようなものが含まれてるのか? 多変量正規分布の事前分布の場合， その分散共分散行列の超事前分布は (逆) Wishart 分布なる奇怪なものになってしまうのでいまいちよくわからん， というか． ふーむ …… とよくわからぬまま 0955 自宅発． 曇． 1010 研究室着．
• うあー， 8/8 (水) の R 講習はてきとーにごまかせないような気が …… うーん， 数名あいての連続「個人れっすん」ぐらいのつもりでいたんだが．
• とゆーことで， そちらの準備． まあ， R の基本中の基本 である「data.frame のあつかいと作図」 をちょっと講習形式でやってみるか． とにかくこれができなければデータ解析もへちまもあったもんではない．
• おっとその前に別のデータ解析こんさる一件やらねば． 先日 (7/30) に library(lattice) つかった作図例を示したんだけど， これをあれこれ変更するには? という質問を予定どーりいただいた． 見た目がけっこうややこしくなるので， 前回はわざとそのへん省略してたんだよね． たとえばこうなるわけで． 詳細は help(bwplot) と help(trellis.par.get) なんかで．

library(lattice)
d <- read.csv("data.csv")

tpar <- trellis.par.get() # じつは tpar <- list() でもよい
# names(tpar) や show.settings() で設定可能な項目がみえる
tpar$par.xlab.text <- list(cex = 1.2)
tpar$par.ylab.text <- list(cex = 1.2)
tpar$layout.widths <- list(left.padding = 0, right.padding = 0)
tpar$layout.heights <- list(top.padding = 0, bottom.padding = 0)

tpar$box.rectangle <- list(col = "#cccccc", fill = "#eeeeee")
tpar$box.umbrella <- list(col = "#cccccc", lty = 1, lwd = 2)

trellis.par.set(tpar) # 変更した設定を反映させる

v.sex <- levels(d$sex)
print(bwplot(
	total.leaf.area ~ as.factor(rppfd) | sex,
	data = d,
	layout = c(3, 1),
	xlab = expression(bold("rppfd")),                         
	ylab = expression(bold("LA"[total]~~(mm^2/plant))),
	strip = function(which.panel, ...) {
		lrect(0, 0, 1, 1, col = "#eeeeee", border = "#000000")
		ltext(0.5, 0.5, v.sex[which.panel], col = "#808080")
	}
))

• 8/8 (水) 琉球大理学部での (少人数・インフォーマルなかんぢでやりたい) R 実習の準備をちょっとだけススめる． できるだけ個別のデータ解析こんさるにもちこみたい (時間がかかろうとも)． R わざを教えるときに， 相手の「自分のデータ」でやると効率いいんだよねえ (すでにデータの構造がアタマの中に入っているから) ……
• あ， 岩倉さんたちに沖縄発表の投影資料 PDF file について連絡するの忘れてた．
• あまりススまぬまま北大構内昼飯調達の旅． 雨ふってきた． 研究室にもどって昼飯．
• …… まあ， ThinkPad X31 が旅行中にコワれてもなんとかカッコぐらいはつくか， というていどに 8/8 R 講習準備できた． A 棟火災報知器ナゾの鳴動． 1805 研究室発． 雨あがってる． 1820 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 米麦 0.6 合． ネギ卵炒飯． キャベツ・ニンジンのサラダ．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合．
  • 晩 (1950): 米麦 0.8 合． ワカメ・豆腐の味噌汁． キャベツ・ニンジンのサラダ． ニラ・タマネギ・ショウガ・ニンニク・ネギ・ 豚肉・卵の炒めもの．