ぎょーむ日誌 2007-05-09
2007 年 05 月 09 日 (水)
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0750 起床．
コーヒー．
朝飯．
0915 自宅発．
曇．
0930 研究室着．
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アカマツ当年生シュートの資源分配 & バイオマス成長の階層ベイズモデル，
「当年生シュート内残存上限
p.max
ってもはや不要なパラメーターだよな」
といまさらながら気づいたので，
これを削除してみる
……
やはり，
推定された「シーズン終わりの当年生葉重・茎重」予測はあまり変わらず．
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モデルが少し簡単になったところで，
またしつこく，
昨日から何度も何度も失敗している
「光合成速度推定における不確定性」
をこのモデルに組みこんでみようとする試み
……
やはりがくがくした推定になるわけだが，
もうちょい長く計算させてみるか
……
40000 MCMC step トリプルチェイン，
ThinkPad X31 上で 448 秒．
ぜんぜん収束せず．
そして推定結果はいよいよ「ぼろぼろ」になっている．
Amax に大きな「ずれ」を許容すると
そこに全ての面倒を押しつけてしまうからだ．
やはり，
どういう統計モデリングをやっても
この観測データからは
「個体ごとに異なる事情」
という情報を抽出してみせることはできないのか?
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あきらめずに執拗に調べているうちに，
「最大光合成速度の『ずれ』はそんなに大きくないことにしよう」
という前堤のもとでは「個体差」らしきものが推定できそうだ，
とわかってきた
……
こういう「小さな個体差」とやらがあってもモデルのあてはまりは
ちっとも改善されないんだが，
何と言うかこれは「政治的配慮」とかいうやつでしょうか．
それに，
まあ，
「個体差」ナシではあまり階層ベイズモデルっぽくないしね．
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問題は Amax の「ずれ」のばらつきの事前分布，
つまり超事前分布の設定だが
……
これを無情報事前分布でやると上述のごとく無茶苦茶になる．
それでは超事前分布を制約する
超々 (無情報) 事前分布なら暴れまわる
hyper-parameter の首ねっこを押えつけるコトができるか
……
ああ，
ダメだな．
観測データにひきづられてしまうので，
単なる無情報な超事前分布と同じになってしまうか．
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ということで超々事前分布の世界からは撤退して，
「きめうち」
超事前分布つかうことに．
つまり，
ふつー「分散 (逆数) パラメーターの超事前分布」といえば，
こういうなげやりな「無情報」ガンマ分布をつかうわけだが，
きめうち超事前分布はたとえばこうなる，
と．
x
ってのが「分散の逆数」
tau.damax
ね．
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で，
tau.damax
のとりうる範囲をこのように制約してやると，
「ずれ」
damax
(「個体差」)
もゼロからあまり逸脱しなくなるので，
まあ収束します，
と．
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「予測」はとうぜんながらあまり変わらない．
まあ，
無いよりマシというか，
「Amax が多少ずれてもこうなりますよ」
ということは保証できてるわけだけどね．
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もうちょいヒネくりまわしてみたけど，
何をやっても改善されず．
計算，
ここまでか．
ということで，
モデルの現状にあわせて説明を書き換えていく．
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会議の時間がせまってきたので昼飯．
1400 より一時間ほど A803A (隣の講義室)
で web site に関する広報 + ネットワーク委員会に関する合同会議．
よくわからん内容だった．
しかも今回で終わらないみたいだし．
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アカマツモデルの
説明
かき & メイル書き
……
1650 ひとまず終了．
-
……
で，
トドマツ仕事にもどる．
とりあえず大量のファイルがアップロードされたのでそのダウンロード．
さーて，
これを
……
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とうだうだしてたら，
アカマツ計算のコメントもいただく．
成育期間は 180 日ではなく 120 日ぐらい，
ということで再計算．
やってみると
……
実験チェンバーの初期重がまた増えてしまったなあ．
説明
の結果もさしかえる．
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1930 研究室発．
1945 帰宅．
体重 67.8kg．
晩飯．
ばててたのか，
いきなり寝てしまった．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0830):
シリアル．
- 昼 (1350):
研究室お茶部屋．
食パン．
チーズ．
春雨スープ．
- 晩 (2030):
米麦 0.7 合．
ネギ・ブナシメジ・豆腐のスープ．
