ぎょーむ日誌 2007-04-09
2007 年 04 月 09 日 (月)
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0820 起床．
コーヒー．
朝飯．
0920 自宅発．
曇．
0935 研究室着．
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昨晩命じておいた改良版トドマツデータ解析計算が終了している．
計算時間は 2000 MCMC step トリプルチェインでおよそ 7000 秒．
そして問題の齢構造パラメーターだが
……
よーし，
今回は収束もよろしく，
問題のパラメーター (
logit.sv* のたぐい)
うまく推定できたみたいだ!
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えーと，
一齢すすむごとの生残確率は
1 / (1 + exp(-0.8)) = 0.69
ぐらい
……
ということで，
いかなる偶然か，
(1-2 齢子供) : (3 齢以上子供) = 1:1
になる値だったわけね．
ということで昨日のだめな計算結果とも consistent ですな．
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事後分布図作成関数をまた改造して，
得られた事後関数について整理してみる．
まずは母樹がらみのパラメーターで，
どれぐらい種子生産の「活性」ごときパラメーターと
散布カーネルのパラメーター．
やっぱ，
散布カーネルの
「個体差」とかの説明なんかはかなり用心ぶかくやらんといかんね．
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つぎは倒木がらみのパラメーターで，
定着しやすさみたいなものと，
定着後の生残をあらわすもの．
これをみて
(いつものごとく，というか)
「生残に関して倒木差が少ない」
とか解釈するのはたぶんまちがいで，
「このデータでは生残に関する倒木差が十分に検出できていない」
とでも言ってみるほうがまだしも妥当だろう．
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上の (左の) 「定着しやすさ」みたいなもの
の「倒木差」がこうなってしまう理由の一端は，
「ぜんぜん実生・稚樹がいない」
倒木が過半数 (全 112 本中 59 本)
であるから．
> summary(as.factor(
+ sapply(as.character(fallenlog$fallen.log), function(i) sum(maternity$fl == i))
+ ))
0 1 2 3 4 5 6 7 8 11 14 15 27 41 47 108
59 13 8 9 6 2 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1
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……
ついでに，
昨日かいたように，
面倒なコトはぜんぶこのパラメーターに「罪をかぶせる」
random effects 悪用モデリングのせいでもあるな．
まあ，
じっさいに
「巨大だけどぜんぜん倒木更新されてない」
倒木とかあるんだけど．
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本日は入学式なんだけど，
そちらはぼいこっとして雪野さんと研究室雑用 Wiki
と本日の配布資料のすりあわせとか．
研究室雑用 Wiki を一年ちょい運用してきたんだけど，
やはり
「無いよりはあったほうがずいぶんとマシ」
とゆー運用評価が妥当だと思うんで，
今後は雪野さんや三浦さんにも情報の更新をおねがいする方向で．
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自分で Wiki サイト設定できないヒトは，
Wiki レンタル
のたぐい
(多くは無料?)
を活用すればよいでありましょう．
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昼飯調達の旅．
研究室で昼飯．
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1300 より一時間ちょっとほど研究室オリエンテイション．
雑用 Wiki をスクリーンに投影しつつ．
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よくある統計学用語誤用 (に関連する質問メイルいただいた)．
線形モデルのたぐいにおける
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多重共線性
(multicollinearity)
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説明変数間の相関
(correlation between explanatory variables)
は別問題と考えるべきなんだけど，
混同している用語の使いかた
(というか「何でもかんでも多重共線性よばわり」)
が多々ある．
説明変数間の「線形相関係数」が
ほとんど 1
のときにのみ多重共線性の問題が生じるわけで．
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ついでにいえば「独立」でもないのに「独立変数」
とか呼称してみる事例も依然としておおいね．
(実験処理なんかにおける)
要因の独立性を強調したい場合をのぞけば，
説明変数 (explanatory variable)
- 応答変数 (response variable)
とかでよろしいんぢゃないでしょうか．
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研究室のネット雑用．
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小泉逸郎
さんがフィンランドから日本にもどってきて 5F の
東研
PD に．
さっそく集団遺伝学まにあっくな議論をしてしまった．
ふーむ，
空間-遺伝的距離 Mantel 検定の「はずれ値」
(Koizumi et al. 2006)
ねえ
……
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先日 R
御進講させていただいた荒木さんから，
さらに強化された作図結果と，
Windows 用 R エディタ Tinn-R の設定わざ教えていただいた．
「Tinn-R 起動時にデスクトップ上の R & Tinn-R
自動レイアウトされてしまう」
呪われぎみな機能をあるていど制動できる設定わざについては
R のインストール
の下のほうに追加．
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新入生対応とかしてるうちに
……
1800 より A804 室で新歓こんぱ．
本日も大学院生たち力作の料理がならびました．
ごちそうさまでした．
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2050 研究室発．
2105 帰宅．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0850):
パンケイキ．
- 昼 (1250):
研究室．
サンクスのにぎり飯．
- 晩 (1810):
新歓．
