ぎょーむ日誌 2006-12-13

2006 年 12 月 13 日 (水)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 曇． 今朝は気温高い． 現在 +2°C ぐらい． 0825 研究室着． お茶部屋かたづけ． 朝飯．
• 稲葉さん 石狩浜海浜植物 データをゑくせるファイルからサルベイジする作業 (Perl プログラミング)， つづく． 午前中ついやしてどーにかこーにかできたんだけど， いまいち何かヘンだという気が．

• 洗濯のためいったん帰宅． ついでに昼飯． 1320 研究室もどる．
• そしてお茶部屋で夜までかかって稲葉さんとデータ救出 & R 作図 …… というのもゑくせるから正しく取りだせているかどうかを判定する 有効な手段のひとつは「図に描いてみること」 なのである． すごく苦闘． 今年 6 月ごろは稲葉さんの気分がおちつかない時期だったらしく， 「週ごとにデータ記載のルールが変更される」 という苛酷なデータセットになっているんで ……
• 生態学では季節変化するデータのことをフェノロジーデータなどと よんだりすることがあるんだけど， こういった固着性生物 (すなわち「個体識別できてしまう」) フェノロジーデータのような経時変化データってのは …… ゑくせるでデータ管理をした場合， 過半数の大学院生はその管理システムの設計に失敗する， という経験則が得られつつある (とくに枝わかれなど形態構造変化や plot 内個体数の増減変動を含む場合)．
• 来年度までにはデータベイスとかもっと勉強して， こういう経時変化データをとる院生たちには 「データを取りはじめる前」 の段階から横ヤリをいれてみることにしよう …… それで積雪期の苦労が少しは軽減されるはずだ．
• ときどきかなりの熟考が必要とされるトリッキーな サルベイジプログラミングすべき場面にぶつかる …… そういうときは「ちょっと休憩しましょう」とお茶部屋内をうろうろと． すると煮詰まりぎみな M2 なヒトたちの R 作図問題， すなわち， 自分で作図関数を書くのはめんどう → できあい package で何とかならないかとさがす (これ自体は悪いことではない) → しかし必ずしもできのよい package ばかりではなく， しかも自分で control できる範囲が限定されているので， いろいろとフラストレイションがたまる， というありがちなパターン．
• 「そんなの基本的わざだけの関数つくって 組み合わせてやれば解決できる問題でしょう」 と言っても 「そんなめんどうなことやってられるか」 とのことなので， お茶部屋ホワイトボードに 「ぜんぜん難しくないでしょ」 を示すコード例かいて説明しなければならなかったり． 「関数」という概念は理解しているんだけど， それがまだ自分の道具として使えていない， という段階なのか?
• R のもっとも重要な機能のひとつは作図であり， 自分で思いどーりの図を描くためには
  1. data.frame() を自由に構成でき， ここから自由にデータをとりだせる
  2. plot() で「わく」を作り lines() や points() などで線・点を追加できる
     (par(new = T) は使ってはいけない)
  3. 適切な粒度の自作関数群を準備し， そのコンビネイションわざで (いっけん複雑にみえる) 作図問題を簡単に始末する
  ぐらいのことができないといけない．
• 院生にはご本人のデータにそって 1. と 2. については丁寧に教えることにしている． 3. に関してもコード例をいくつか作ってみせるんだけど …… 「こういうコード例を示せばあとは自分でどんどんやるだろう」 と考えてたわけだが (とくに R における作図は試行 → 結果表示の フィードバック自習がやりやすかろうということで)， まあ現状をみるに 関数こんびねいしょん攻撃で「いっけん複雑」作図問題を解決， についても演習的なものが必要なのかしらん? 個体差がかなりあるのも事実だけど．
• てなことでぢたばたしてみたり， 石狩浜の堅牢な複郭式の防御陣地を突破するトリックを考えたり， を繰りかえし …… 夜になってようやくにして「ゑくせるからの救出」 作業は無事に終了した．

• 嗚呼， しかしこれは石狩浜植物データ 4 種のうちの最初のひとつ (ウンラン)， にすぎないのである． そして他の 3 種はまたそれぞれ独自の ゑくせるデータ構造という牢獄にとらわれていて， ですね ……
• とはいえ， 本日はもう帰ろうとしたんだけど， バテるとお茶部屋雑談にとらっぷされやすい， という経験則が今回も成立してしまって， ですね …… 2200 研究室発． 2215 帰宅． 体重 71.0kg． 石狩浜やせ? 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 研究室お茶部屋． バゲット．
  • 昼 (1250): 自宅． スパゲッティー． ニラ・豆腐のトマトソース．
  • 晩 (2320): 米麦 0.7 合． ニラ・豆腐のトマトソース．