ぎょーむ日誌 2006-12-01

2006 年 12 月 01 日 (金)

• 0730 起床． 0745 自宅発． 晴． 歩道上はほとんど雪で被覆されている． 0800 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• シウリザクラ下うけ作文， TeX2Word で変換してみる …… が， MathType いれてない環境下では数式まわりがぼろぼろである． そうだよな， ここに流しこむ前にあれこれと工夫が必要であった．
• とりあえず (たいへんまっとうな) PDF 版と (あまりまともではない) 現時点の .doc 変換版， ついでに Table 1 の CSV ファイルをアップロード …… しました， という時間かせぎメイルを永光さんに送る．
• TeX2Word に食わせる LaTeX ファイル変換の Perl スクリプト書き． そして A801 室のわーどで文字列置換したり (わーど上で正規表現つかった文字列置換やってるヒトって どれぐらいいるんだろうか?)， 数式をかの劣悪なる Equation Editor で書き直したり． 合計 2 時間弱ついやす． ファイルアップロード． また連絡． 一件落着か? ぜんぜんそういう気がしないんだけど． まあ， この件を suspend もーどに．
• 東京出張準備の文献よみ．
• 生態学会松山大会の自由集会， ぜんぶ採択， か． 何をどうやったら 30 件以上の 自由集会をあの日程・会場に押し込めたのか? ひょっとして最終日も自由集会を? ともあれ， べいず自由集会やります (集会要旨は今後また変更される予定)．

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【登録番号】 W-031
【タイトル】 データ解析で出会う統計的問題 - ベイズ統計学の考えかた・使いかた
【略称】 ベイズ統計データ解析
【共同企画者】 粕谷英一 (九州大・理), 久保拓弥 (北海道大・地球環境)

【概要】 これまでこのデータ解析自由集会では一般化線形モデル (GLM)・モデル選
択・一般化線形混合モデル (GLMM) をあつかってきた．これらとの関連を検討しなが
ら，今回はデータ解析の強力な道具として近年普及しつつある「ベイズ統計学」を生
態学研究に役だてていく方法について参加者と議論したい．ベイズ統計学は事前分布
と呼ばれる確率モデルを導入することで観測対象を現実的かつ柔軟に表現する統計モ
デリング手法である．計算機のハードウェア・ソフトウェアの発達によって，事前分
布を「客観的」に規定できる階層ベイズモデルや経験ベイズ法が誰にでも手軽にあつ
かえるようになってきている．

この自由集会では「ベイズ統計，最初の一歩」となるような，階層ベイズモデルと経
験ベイズ法に関する入門的な話題を提供し議論の材料としたい．久保はごく簡単なデー
タ解析例題 (前回あつかった「架空植物の種子数の統計モデル」) を階層ベイズモデ
ル化していく過程を示し，その考えかたとマルコフ連鎖モンテカルロ (MCMC) 法によ
る推定計算を紹介する．粕谷は経験ベイズ法を使ったデータ解析の例を紹介する．
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• 1210 研究室発北大構内走． 雪がぱらぱらとふっている． 1245 研究室もどる． 昼飯．
• 1330 ごろから 2 時間ほど宮田さんとお茶部屋で 苫小牧シュートデータを教材に使った R 講習会． いつものごとく， まずは重要になる data.frame() まわりの操作と plot() まわり． 宮田さんのデータはデータ構造が単純で (経時変化いっさいなし，1 個体 1 sample)， 教えるのもたいへんラクだ．
• そして次に来週のセミナーにむけて鋭意準備中の松田さん のところで R の図出力まわりの試行錯誤． pdf() などで出力した図の ◯ が Illustrator 中では | となってしまう， と． とりあえず win.metafile() とかでしのいでもらうことに． そして上記問題は Illustrator の version 依存問題だと判明した． Illustrator ver.10 はダメ， CS1 (ver.11) 以降なら無問題．
• シウリザクラ問題は …… アブなそうな状況なれど静観， かな．
• 専攻科の院生むけおしらせ web site が壊れる …… ぶち壊したのは他ならぬ私自身なんだけど． 9 月の apache2 化で cgi プログラム挙動が変更されてしまい， そのことと関連して数日前に tDiary をいれかえた． ところがこのやりかたがマズくて， かかる事態を招来してしまった次第．
• 2 時間ほど試行錯誤して判明した tDiary まわりの重要事項 …… 「plugin ぱっく」をむやみにインストールするな (必要最小限なものだけインストールせよ)， ということ． tDiary は使う plugin を web 上の設定ペイジから取捨選択できるハズ なんだが， 実際のところ「インストールしただけ」で動作してしまうものあり． 「plugin ぱっく」をそのままいれると， 挙動が理解不可能なほどにわやくちゃになる． (後記: plugin については こちら も参照)
• もう一点． 安定版と開発版はまったく互換性ナシ (設定ファイルとか)， と …… などなどいろいろ苦闘しながら復旧に成功．

• 利用する人数がせいぜい数十人とはいえ， こういう公共的なシステムの設定作業は心理的重圧があり， やってるとけっこうへろへろになる …… そして今宵は院生密度がたいへんに低く， とても静謐な夜だ． 静かなお茶部屋雑談にとらっぷされる．
• 2030 研究室発． 雪． 買いもの． 2055 帰宅． 体重 71.2kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 35 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2140): 米麦 0.7 合． ニラショウガ麻婆豆腐．