ぎょーむ日誌 2006-11-27

2006 年 11 月 27 日 (月)

• 0800 起床． ごみだし． 朝飯． コーヒー． 0925 自宅発． 曇． 0940 研究室着．
• 昨晩命じておいた計算だけど …… 収束はややマシになったか? というような． しかしまだまだですなあ． この簡単な問題について， 私がまだまだ理解できてない部分がある， ということなんだろう．

• A 棟 6F 実験室に連行されアヤしげ測定機器につながってる PC の暴走処理 …… これって Windows95 か． 再起動する以外にテはないので， 再起動． どうやらデータファイルは保存できてたそーで．

[VarioEL]

A-606 実験室の通称 C-N コーダー． いきなり割算値 (窒素含有割合など) を吐きだす邪悪な機械． これまで何人かの院生がこれの扱いに苦闘してきたわけだが …… 私の偏見ではこの機械のおかげで何か現象が解明できた， という事例はほとんど無いように思えるんだけど．

• サロベツ ZIP 階層ベイズモデルのほうはよくわからないので， 事前分布から多変量正規分布を除去してみる． どうなることやら．
• 計算時間 (600 MCMC step) は 1500 秒から 1200 秒ていどに短縮された …… 収束はあいかわらず良くない． もうちょい長くサンプリングしてみるか?
• 査読報告ひとつ片づいた． 送信． 時刻はすでに 1155 か． 上記の長めサンプリングはいまだ終わらず． イヤなことに次の査読もある． 締め切りは来週の水曜日なんだけど今から着手しないと破綻するだろう． こちらはさらにややこしい内容． 来週といえば木曜日夜には東京出張に出発だな． かなり危ないような気がしてきた．
• 3100 秒 (52 分) ほどかかって 1600 MCMC step 計算終了． あいかわらずダメ． line と stage を分割してみるか．
• 600 MCMC step に 1500 秒かかったけど， やはりダメ． 策がないので， 漫然と長サンプリングを命じておいて ……
• 1300 より 2.5 時間ほど IPPB 輪読会， 本日は宮田さん担当で Chapter 10 の生活史戦略の進化みたいなところ． 教科書としてはこうやって幕の内弁当的に説明せんといかんのだろうけど …… 今日も Silvertown & Charlesworth てぬき説明とかを 私などが黒板に図を描いたりしながら補足説明してみたんだけど， こういう進化生物学がらみの個体群動態「理論」って
  • (あまり進化生物学に関係ないヒトたちばかりだけど) 植物生態学を研究している院生たちの 興味や学年にあまり関係なく知られていない (勉強してない)
  • 知らなくてもまあ (今までの例から憶測すると) 修論・博論で何も困ることなさそう
  というような気もする． そりゃあ， こういう「理論」にどっぷりひたった古典論文とかに対峙したときとか， 深く読んだりもできないだろうという気もするんだけど …… うーむ， 現状を要約できないんだけど， 私が院生だったころとは何かが変わっているのかもしれず， たとえば (院生の現状とはちょっとまた別に) こういう「植物集団の数の変化の理解」の最前線と IPPB みたいな古典的教科書の乖離がより大きくなっている， というか …… やはりよくわからん．
• その間に 1600 step MCMC 計算は 4100 秒を費して終了していた． そしてあいかわらずトリプルチェイン間の乖離が大きい (やちパワー関係のパラメーターとかで)． やっぱり私がでっちあげた統計モデル (ZIP + line ごとの random effects を階層ベイズモデルで表現) が不適切なんだろうなあ …… ということで， R に作らせたやちパワー地図などをココロしずかにながめてみる．

• 空間相関はとても気になるけど見えてないふりをするとして， だ …… やちパワーのすごく高いところ (赤) にあまり個体がいない， というのを表現できてないよね． これはやちぼうず直上でスゲがぼうぼうにはえてるから他の植物は 入り込めないわけだが． じつは， やっかいなことにハナシはそう単純ではなく， ブタナとかは一部が入りこんでいる場合が少数あるんだよね． モデル単純化を まんまと阻害してくれた この悪魔のごとき外来植物め ……

• そして zero-inflated Poisson (ZIP) ではなく zero-inflated negative binomial (ZINB) モデルかなあ， とか． うーむ．
• まあ， やちパワー計算をひねくるとなると， 手持ちのプログラムではできず， 小山さんのマシンに入ってる R コード群が必要． で， 小山さんは明日のやちセミナー準備でご多忙なので， 幸か不幸か 私はそれをじゃまできない状況 …… ということで， これからしばらくはやち計算からはいったん離脱して， ゆっくりとたてなおしをはかろう．
• 現状のしめきりあれこれを整理．
  • ややめんどう査読: これは来週の水曜日 (12/6)
  • シウリザクラ原稿したうけ: これは 12/1 (金) に提出せよとの永光さん指示あり
  • 12/9 (土) 東京 40 分間ひや汗発表: そうとうにアブないような気もする
  • ホントに心底ど忘れしてたんだけど， 母子里林冠モデルの論文原稿， さっさと文章修正してアップロードせんといかん
  …… やちモデルで楽しく遊んでいてよい時間は， 東京出張がオワるまでは じつはもうないという状況だったりするのかも． 他にも危険なニオイを発しているあれこれ ……
  • 予測不可能な突発的な難題したうけ
  • ポスター発表することになった屋久島計算やりなおしとか
  • アリはどこ? どこにいったの?
• 1800 研究室発． どうすればよいのかよくわからなくなった …… とりあえず散髪． クラーク会館地下の理髪店． 1845 同発． 閉店まぎわはしあがりが速い， というべきか． 1900 帰宅． 体重 71.6kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.5 合． ダイコン・ニンジン・ハクサイ・ワカメ・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1245): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (1930): うどん． ダイコン・ニンジン・ハクサイ・ワカメ・煮干の味噌汁．