ぎょーむ日誌 2006-11-25

2006 年 11 月 25 日 (土)

• 0720 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． 0925 研究室着．
• 昨晩命じておいた計算は 15 時間ちかく経過したのにまだ終了せず． えーと， 予想終了時間は …… あと 30 分ぐらいか? 1 植物種に 1 時間 50 分 - 2 時間 (6400-6800 秒) ぐらいを費しているんで．
• この計算， こんなに時間かかるようになったのは事前分布の設定がまずかったせいだろうね， と今朝になってよーやく気づいた． たとえば 6 個のパラメーターを多変量正規分布から生成させるときに， (なんとなく R 的発想で，というか) 6 個まとめてえいやっと計算するのはこの場合はじつはかえってまずい． というのも， Wishart 分布を超事前分布とする 6 次元の分散共分散行列には 36 個の (自由に決められるのは 21 個か?) パラメーターの Gibbs sampling が必要になるわけで ……
• おそらくこのサロベツ ZIP 階層ベイズモデルの場合， この 6 個のパラメーターは 2 個 × 3 回という Gibbs sampling で問題ないはず …… もしそうであるなら， これに必要とされる 2 次元の分散共分散を決めるのに必要なパラメーター数は 3 で， 7 倍のちがいがあるよな．
• で， このサロベツ計算に関する 2 個 × 3 パラメーター化を BUGS 言語で書くためにはおそらく 3 次元配列を使わんといかん， と …… このあたりの使えるデータ構造に制約があったりするところが BUGS のヤなところだ．
• うーむ， 最後の植物種 Carex の計算が今朝の 0815 に始まって 110 分経過したんだけどまだ終了しない． あ， ヌマガヤ (Moliniopsis) とかは 8000 秒， つまり 130 分以上かけて計算しているな． Gibbs sampling の難しい植物種とそうでないのがいるわけ?
• 昨晩から始まった計算， 8000 秒弱を費して無事に終了 …… と思ったら， ぜんぜん収束とかよくないし． モデル定義とか書きなおして， 再計算せんといかんね．

• 再計算命じておいて， ひさしぶりに映画みにいくことに． 1105 研究室発． 大学からもよりの (かなり小さな) 映画館 蠍座． 1130 から「うなぎ」， 今年なくなった今村昌平監督 (そういえば原作「闇にひらめく」の吉村昭も今年なくなっているな)， 役所広司・清水美砂主演 …… リアルそうに見せながら， じつはわりと空想的・幻想的な展開のハナシ． 役者はうまいヒトばかりだと思うんですが， それよりも舞台となり撮影も現場でなされた利根川ぞいにある佐原市 が何か不思議な水郷集落のように思えてしまうところがいいですねえ．
• 昼飯． 1520 研究室もどる． 計算のほうは …… やれやれ， 初期値の与えかたにおけるいいかげんな改造のせいで， 二つめの植物種の計算途中でエラー吐いてとまっていた．
• そしてめんどう計算担当 Dell 機の Wine が腐っている …… いや， またしても $HOME/.wine/ ディレクトリがやられていて， つまり「原因なにもわかりません」ということで …… おそらくゐんどーづに独特な ($HOME/.wine 内におかれている) れぢすとりファイルとやらが wine 自身に壊されているんだろうね． そんなものは手動で修正できんので， $HOME/.wine 抹消してから， 手もとの ThinkPad から rsync.sh でりもーと複写． これでなおった．
• R2WinBUGS な R コードをまた修正して再試行 …… 1000 MCMC step を 1360 秒． だいたい 6-7 倍の高速化か? ただし混交はへぼへぼ． もっと長く burn-in & sampling せんといかんわけ? 1000 MCMC step， 予想計算時間 2200 秒 (37 分間)， か．
• あららら， 上の計算試験はブタナ (Hypochaeris …… ってこんなタンポポみたいなやつだったのか) で今回は Solidago だからサンプル数がけっこう異なる． たぶん高速化も 2-3 倍程度だろう ……
• 1600 MCMC step に 84 分かかった， ということで高速化は 2.2 倍程度． これは 3 stage まとめての計算で， 1 stage ごとにみるとおよそ 28 分間 …… まあ， こんなものなのかな． しかし混交はぜんぜんダメ．
• 多変量正規分布の分散の事後分布がけっこう小さいので， 超事前分布にさかのぼってそれを少し「ゆるめる」よう設定して， 全種計算を命じておいて撤退． 1840 研究室発． 1855 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.5 合． ハクサイ・ネギ・ショウガ・豆腐・ワカメのシチュー．
  • 昼 (1420): 我が家の近くにある定食屋 「卯和」 の昼定食 (注文は 14:30 まで) 750 円． ベトナムふうカレー焼鳥が主菜のあとはふつうの和定食． おいしかった．
  • 晩 (2030): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ネギ・ショウガ・豆腐・ワカメのシチュー．