ぎょーむ日誌 2006-11-09

2006 年 11 月 09 日 (木)

• 0730 起床． 0745 自宅発． 曇． そういや， 昨晩のラジオのニュースによると， 今朝は水星の太陽面通過が見られたそうな． 0800 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• うだうだとぎょーむ日誌かきとか．
• 午前中は， (多忙ぎょーむからいったん開放されてよーやく大学にくることできた) 志水さんと地衣類モデリング相談． まあ， だいたいこういうかんぢでよろしい， ということで． 当方はアタマからこの階層ベイズモデルの詳細が消えぬうちに， 作文として残さねばならないな ……
• 熱帯林データどたばた問題， 関係者全員の総意として 当方に面倒をおしつける方向でハナシが収束しつつあるようだ …… ということで 37.6 万個体 20 年ぶんのデータをながめて， 作戦を考える．
• 昼飯．
• 日没ごろまでこの莫大なデータから「使いものになる部分」 を選びだす Perl フィルターをくみあげる作業． 熱帯方面に問い合わせたり， 甲山さんにも採否の判断を投げたり．
• 生態学の莫大なデータというのは「まちがいのそうくつ」 みたいなものだが， かくのごとく数百万アイテムにのぼるデータともなると， もうどこもかしこもエラーだらけに見えてしまう． 簡単なやつはどんどんフィルタリングできるんだけど， そのあげくに残存しているまちがいはなかなか手ごわい． R はまちがい発見能力に関しては Perl より格段にすぐれているので， R にも手伝わせる …… がこいつはその高性能とひきかえに動作がのろかったりすることもある．
• けっきょく
  • 2005 年観測時の新規加入個体は対象としない (新規入力データは不完全かつまちがいだらけなので)
  • 2000 年観測値が欠測な個体は使わない (甲山さんのよくわからぬ趣味)
  • 観測はされているけれど， 2005 年時点のコメントで D (死亡) または B (破壊) とあるものは除外 (2000-2005 年のあいだの D/B 個体数は 2.3 万ぐらい)
  • バットレスのせいで 2005 年どうまわりが測定できてない ちょー巨大個体はいちおう採用 (2000 年観測値で一部を代用 …… これまた甲山さんの趣味)
  • ヘンな座標の個体もとうぜん除外
  と選抜すると 25.7 万個体まで削減された．
• お， マレイシアからも「絶対必要です」攻撃が．
• さらに細かい選抜がつづく． この段階で残存・潜伏しているのはかなり「独創的な」エラーだったり．
• とりあえず R で作業できるところまでスクリーニングが終了． まだまだ長びきそうなので晩飯調達してきてお茶部屋で晩飯． 送粉ねっとわーくとかを説明してる文献勉強してる院生たちと connectivity なる index を検討 …… なんかこれってアヤしげな割り算値だという気がする． まあ， グラフ上の統計量は組合せ論的というか数えあげ値の割り算値になりがちだけど．
• タイムリミットつき 国際救助隊 ぎょーむ， まだまだつづく． このあとはいよいよサンダーバード 2 号で現場に輸送された救助メカならぬ 以前つくった自動作表・自動作図の R プログラムたちを投入するばかり， なんだが …… 前回の (2000 年データと詐称していたけどじつは) 1995 年データと 今回の 2005 年データはあれこれとかなり異なる (これは前回のデータが人手をわたるうちにこねくりまわされたため)． ということで， 救助メカたちを活躍させるための状況， 「書式」みたいなものをととのえる作業がいろいろあるわけで． 「絶対必要です」仕様変更もあるしね．
• なンかまたあとでやらされそうなので， その手順を記録．
  • SPRITdata.R で 50ha データを樹種別・セクター別に分割 (これは元データが変更されたときに一回やればよい)
  • select_all.R で 50 樹種 1000 個体を 9 set 選抜．
  • make ds で generate_datasheet.R が動いて LaTeX ファイルを出力， その後に LaTeX が召喚されて 50 ペイジの野外調査シートの PDF ファイルを生成
  • make maps (特にこちらは R のフォントまわりの面倒を回避するため， R --vanilla モードで動かす make を使う) で generate_map.R が動いて標的 1000 個体ぶんの近傍 5m 四方の局所地図 84 ペイジぶんを R から直接 PDF 出力; さらに map50ha.R で 50ha 全図も出力

• 作業終了 2315． アップロードは明朝でいいだろう． (これは毎日やってることだが) 差分ばっくあっぷをとり 2325 研究室発． 雨． 2340 帰宅． ばてた．
• [今日の運動]
  • うんどう不足週間になりつつある
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (1930): セイコーマートのサンマ鮨． 380 円．