ぎょーむ日誌 2006-10-28

2006 年 10 月 28 日 (土)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． ひたすら怠業． 昼飯． 1330 自宅発． 晴． 1355 研究室着．
• また大雪山系地衣類繁殖努力のベイズモデル， R → R2WinBUGS → Wine → WinBUGS な MCMC 計算のつづき． WinBUGS を使おうが何をしようが， この計算には時間がかかることが明らかになりつつある ……
• R メイリングリストに流れた情報によると， Thomas Yee さんの R package VGAM が CRAN 上で公開 されたよーで …… ただし， CRAN ミラーサイトに行きわたるにはまだ数日を必要とするようだ．
• 地衣類繁殖べいづモデルの計算を試行錯誤しつつ， R2WinBUGS めもペイジの整備， とか．
• 「明るさ」 (0 - 1) みたいなものは log link 関数の線形モデルの中では， log(明るさ) でいれたほうが解釈しやすいな …… こうしておけば完全暗黒のもとでは (カウントデータである) 繁殖努力の期待値がゼロになるんで．
• で， このあたりをいろいろとひねくっては MCMC 計算 …… という悪しきループにつかまる．
• まち時間にいろいろと志水さんデータながめてみる． 事後分布にみょーな傾向があったので， ひとつの岩面に複数種いる事例はどれぐらいあるんだろう， と調べてみた …… R の tapply() は便利なわざでこういう集計にむいてる． これはうっかりまちがいなんだけど，

  > tapply(d$species, d$face, function(x) length(x))
   1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 
   6  5  5  5  4  7 11  9  8  8  6  7  8  7  7  6  7  5  8  6  4 10  6  9  8  8 11  7 11  6 
  31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 
   9 11  9  7 11 19 11 12  7 10  6 14 15 15 12 11 10 10 11 12 16  6 11 14  9 19  8 13 13 17 
  61 62 63 
  25 13 17 
  

  63 面ある岩面でそれぞれ何個体の地衣類を観察したか， という集計になっている． 各面で何度もサンプリング (4-25 個体) してることがわかる …… ということで岩面の random effects を考慮しないといけない， ということで， すでに「岩 - 岩面 - 個体」と三重に nest した random effect factor はベイズモデルに組みこまれている．
• では， 各岩面に「何種の地衣類がいるか?」 を正しく集計させると，

  > tapply(d$species, d$face, function(x) length(unique(x)))
   1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 
   1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1 
  31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 
   1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1 
  61 62 63 
   1  1  1 
  

  …… となり， 私にとっては意外な結果だったんだけど， じつは志水さんの調査では 「ひとつの岩面に複数種がいる」 という場合がひとつもない， と今さらながらわかった． みょーな事後分布 (モデルによっては岩面の random effects と種の効果がみょーに相関してるようにみえる) はこれで説明されるわけだ．
• それでは「岩面」 (63 面) ではなく「岩」 (24 個) でみた場合， 「ひとつの岩にいる地衣類の種数は?」 をみると，

  > tapply(d$species, d$rock, function(x) length(unique(x)))
   1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
   1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  2  2  1  2  1  1  1  2  2  1  2  2  1 
  

  24 個の岩の中で複数種いる岩は 6 個だけ， ということか． ふーむ．
• ついでに 63 面の岩面が 24 個の岩にどのように配置されてるか， は

  > tapply(d$face, d$rock, function(x) length(unique(sort(x))))
   1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
   2  2  2  2  2  3  2  2  2  2  3  6  4  4  2  2  3  2  3  3  2  2  4  2 
  

  こうなる．
• ベイズモデルの計算はうまくいかぬまま撤退． 2325 研究室発． 2340 帰宅．
• [今日の運動]
  • いやはやうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): バゲット． チンゲンサイ・ネギ・豆腐のシチュー．
  • 昼 (1230): うどん．
  • 晩 (2145): 研究室お茶部屋． 豚角煮弁当． 500 円．