ぎょーむ日誌 2006-04-12

2006 年 04 月 12 日 (水)

• 0500 起床． さくばんは， いきなり寝てしまった． 朝飯． コーヒー． やちだも Burczyk 的モデルぷろぐらみんぐのつづき． 0700 自宅発． 小雨． 0715 研究室着．
• やちだも計算プログラミング， (花粉親成功確率をあらわす) 対数尤度関数の定義は行列の転置とかにひたすら注意してれば， それほど難しくなく書ける …… しかしながら， あとから見ると

  v.likelihood <- apply(
  	t(t(phi) / phi.denominator) * matrix.mendelian,
  	2,
  	sum
  )
  

  これってたしかに意味はわかるけど， どうにかならんのかねと思わずにはいられない (しかしこういう行列計算にしてやると速い)．
• 1010 (時間ぎりぎりではあったが) ひとまず R の最適化関数 optim() によって Burczyk タイプ花粉親競争モデルの パラメーター最尤推定できるようになった． 昨日の「系外問題」のめんどうを (とりあえず) 回避するために， 「花粉親が特定されたもの」 のみを対象とする 「R 説明のための簡略化した推定問題」 になおしたためか， 得られた推定値がもと論文とはずいぶんと異なるものになってしまったけれど ……
• 1100-1630 東大富良野演習林から来てくださった後藤さんと 風媒花粉親成功モデルの検討と R での推定計算実装例に関する議論． たいへん勉強になった．
• 後述するように， 本日はばてきったので詳しくは明日にでも …… と書いて「後頭部に狙撃者の視線」的イヤな予感を感じたので 思わずうしろをふりかえってみる …… やはり 富田君 の監視下にあったか． ということで， 最小限のことだけ書いとくと
  • 昨日ひっかかっていた 「系外からの流入確率計算に関する疑問」 は必ずしもマトはずれではなく， この確率と花粉 dispersal kernel のカタチを どう関連づけるかはぜんぜん自明ではない
  • Burczyk 的な系外・系内分割方式もまた 「ホントにこれでいいのか?」 をしつこく検討してみる必要あり
  えー， つまり Burczyk 的 な多項 logistic モデルによる花粉親成功の表現， というモデルは興味ぶかくかつ有用なんでしょうが， 「もうこれで疑問の余地ナシ完ペキなる定式化」 などではなかろう， と．
• そしてど忘れせぬうちに書き記しておかねばならない …… 本日の最重要検討事項のひとつ 「このポーランド人らしき Burczyk はなんと読むのか?」
  • 後藤説: ばるざっく
  • 久保説: ぶるくつぃく
  ポーランドではよくある名前， みたいなんだけど． 折り紙研究家 として著明らしい Burczyk さんもいる．
• 後藤さん富良野に帰られると同時に M1 なヒトたちも ちかん研「これがちきゅうかんきょう科学の基本だ最初の三日間」講義 (きわめて猛烈に不評) からもどってきて， またいろいろと …… 早朝プログラミング → モデルの対話的検討 & R 議論 → 新年度年頭 M1 さぽーと (Outlook Express の設定までやってしまった …… 末世だ)， という連鎖でへろへろになる．
• そしてこういう状況で， データ解析こんさるメイル (破壊力のつよいやつ) 二通ばかりいただくと， アタマの中がホントに真っ白になった …… はい， 復旧してからお返事さしあげます．
• ふらふらと撤退． 1945 研究室発． 2000 帰宅． 晩飯． いきなり寝てしまい， そして真夜中におきてしまって， ぼーっと ……
• [今日の運動]
  • またうんどう不足すぱいらるにおちこみつつある
• [今日の食卓]
  • 朝 (0520): 米麦 0.6 合． 海藻・豆腐のスープ． コマツナあえもの．
  • 昼 (1210): 百周年記念会館のきゃら亭昼定食 680 円． 後藤さん・亀山さん・平尾君と． なんと， 亀山さん・平尾君は生態遺伝学方面における 「大御所」 だったのか!
  • 晩 (2030): 米麦 0.7 合． ネギ卵炒飯． 海藻スープ． サバ電磁波酒蒸し．