ぎょーむ日誌 2006-04-11
2006 年 04 月 11 日 (火)
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0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
0850 自宅発．
晴．
本日は今年はじめて札幌市の気温が 10°C
こえるそうで．
0905 研究室着．
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昨日の新歓コンパ会場 A804，
にぎやかな宴のあとというか
「あけがたまで飲んで騒いでたんだろうな」
と思わせるなかなかの惨状
……
小山さん・工藤さん・亀山さん・井田君とかたづけ & 皿洗い．
一時間ほどかかる．
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ヤチダモ遺伝子計算，
昨日のつづき．
これは明日こちらにみえる後藤さん
(東大富良野演習林)
データ解析のてつだい．
例によって例のごとく
「そんなの簡単にできますよ」
なる自分のセイルストークの責任をとっているのである
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めんでる計算まわりは昨日で片づけたつもりだったが
……
200 種子の「父親さがし」の関数つくりに苦闘する．
しかも計算に時間かかるし．
私の ThinkPad X31 だと 4 分間ぐらい．
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しかも 200 種子のうち 99 で
「探索範囲内では父親みつからず」
だと?
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昼飯．
活力ありあまりの
女性大学院生たちもさすがに
昨日の盛大きわまりない新歓コンパで燃えつきてしまったらしく，
本日は影もカタチもみえない
……
M1 のヒトたち (の一部?)
は地環研・最初の三日間せんのうセミナーとかにでてるのかな?
A 棟 8F は平和で静かだ．
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ヤチダモ遺伝子計算つづき．
R
においてたくさんの処理を行列計算に帰着できると，
すごく速く処理される
(上記めんでりあんはどうやっても行列計算にならないので
時間がかかる)．
しかしこれはプログラムつくってる人間のアタマがけっこうくたびれるんだよね
……
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父親樹-母親樹の距離行列計算に疲れたので，
お茶部屋でなべ洗い．
昨日の新歓コンパでつかわれたもので，
直径 80cm ぐらい．
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計算プログラムかきのつづき
……
うーむ，
このヤチダモ花粉モデルの論文，
すでに Molecular Ecology に accept ずみなんだが
……
なんか確率計算がヘンだという気がする．
まあ，
このあたり気にせず書いてあるとーりにプログラムを書けばよい，
のかしらん?
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しかし気になる．
母親樹があたかも花粉親であるかのように考え，
このニセ花粉親がまきちらした花粉が「系外」
(plot の外)
に飛びだす確率を p とする．
この確率 p こそがその母親樹が系外から花粉うけとってる確率?
どうしてそんな計算になるわけ?
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この件うだうだ考えてもよくわからん
……
亀山さんと相談してるうちに少しわかってきた．
けっこうネが深いかも．
というのも，
そもそも Burczyk ふうの
p ×(めんでる確率 | 系外)
+
(1 - p) ×(めんでる確率 | 系内)
という確率 p の「いれかた」からしてぢつはスゴく
……
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と考えてるうちに M1 なヒトたちが授業からもどってきたので，
あれこれとまきこまれてしまう．
ThunderBird
のインストール & 設定，
とか．
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違法こぴーやめましょう，
ということで
OpenOffice.org
とか．
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えーと，
MacOS X つかうかもしれない M1 に対しては
……
かとーさんに教えていただいたところによると，
NeoOffice
のほうがいいかもよ，
と
……
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時刻はすでに 2100．
いかん．
しかしばててきたので，
撤退．
2210 研究室発．
2230 帰宅．
晩飯．
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ふにおちない確率計算にツマってしまってプログラミングは進捗しなかったわけで
……
ここを回避して，
例題的な推定問題を構成してその計算プログラムをつくるか?
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.6 合．
ダイコン・ブナシメジ・豆腐・油揚・海藻・サバぶしの味噌汁．
- 昼 (1250):
研究室お茶部屋．
新歓コンパの残りもの．
鶏なべ．
- 晩 (2340):
米麦 0.7 合．
海藻・豆腐のスープ．
コマツナあえもの．