ぎょーむ日誌 2006-03-10

2006 年 03 月 10 日 (金)

• 0830 起床． 東京出張三日目． 本日は札幌に帰るだけ， のはず． 東横イン 蒲田東口． ねむい． よく眠れなかった．
• 0905 チェックアウト． 雨． 京急蒲田に向かう． 途中のコーヒー屋で朝飯． のんびりと論文なんぞ読む．
• 0949 快特にのって京急蒲田発． なンか羽田空港とは逆方向に行ってるような気がするな． 0959 快特なので無停車で品川着． 空港にもどるべく同じホームからとりあえず都営浅草線なぞのってみる． しかしこれも空港とは逆方向なので， 三田で降りて三田線に． 1011 同発． これまた逆方向で大手町で降りる． うーむ， おそるべし東京地下迷宮． とりあえず山手線にたどりつきそうな千代田線を …… で， 気づいたら都心から見て二時方向の根津まで輸送されてた． 時刻は 1030． ここまで 440 円．
• 地下はもはやわけわからんので， 地上に出る． あいかわらず雨． 見とおしのよい方向を探索するべく斜面をのぼっていくと …… なぜかしら東大本郷キャンパス着． まあ誰かに羽田空港に到達できる経路を教えてもらえばよろしかろう， と内部に進入． これまたなぜかしら農学部の建物の位置関係の地図がアタマの中に (一時的に) 入っているので …… 生物多様性科学研究室 の七号館 B へ．
• ぜんぜん面識なかったんだけど宮下さんにごあいあさつして， いきなり 鈴木牧さん の研究室の位置を教えていただく． あらら牧さんだけ一号館の弥生講堂側の林学の部屋に机があるそうで． うーむ， そんなことはぜんぜんおそわらなかったよーな． そちらに移動．
• で， 「何でもできる PD」 と評判 (あとで昼食いただいたときの研究室のみなさんのコメント) の牧さんに空港への経路を教えてもらい， ついで R の geoRglm， これは Gaussian Random Field (GRF) くみこみの generalized linear spatial model (GLSM) 計算まわりの package なんだけど， についていろいろと教えていただいた．
• いままでよくわかってなかったナゾがいろいろと解明された． 以下は現時点の私の理解なんだが:
  • たとえば GRF Poisson モデルまわりだけでも似たような 関数があり， その区別が重要である
    1. pois.krige(): これは GRF Poisson 乱数を生成させるだけの シミュレイション
    2. pois.krige.bayes(): これは 1. に加えてパラメーターの事前分布 (おそらく離散化一様分布) も指定して GRF 生成と同時に パラメーターの Bayes 推定をおこなう
    3. likfit.glsm(): これは 2. とは異なり非 Bayes な GLSM 最尤推定， おそらく周辺尤度最大化 (GRF の分散共分散パラメーターは推定されない?)
  • おもしろい (そしておそらく重要な) のは 2. かもしれない． そしてここでは推定すべき GRF のパラメーターの 範囲と「離散化」 を指定する必要がありそうだ …… randomwalk 型 sampler による MCMC 計算をやっているように見える．
  • これらのモデルでは空間は常に格子に切られていて， 近傍格子間だけで相互作用が指定されているように見える． GRF の MCMC 計算は Langevin-Hastings 法で動く． 格子点ではない場所の linear-predictor の値 (s) は (これまたおそらく) 内挿で得られている? (やりかたまだわからん)
  そして， これらの生成・推定関数を使うためには， mcmc.control() だのいろいろなおぶぢぇくとの準備が必要 …… ふーむ， たいへん勉強になりました． ありがとうございます．
• 1330 ごろ， 牧さんや宮下研の皆さんと農学部三号館地下の生協で昼飯．

[農学部ほじょう]

都会の中の実験農場， といいますか． 七号館からのながめ．

• さらに七号館 B でコーヒーいただきつつ雑談． この研究室の皆さん， けっこうシュミが楽しいというか …… そのあと藤田さんと牧さんから房総半島のシカ集団シミュレイターについて 詳しく教えていただく． 空間構造・齢構造ありの個体ベイスモデル． なるほど， シカ管理のモデリングとかこういうふうにやるのか． その後， 宮下さんもまじえて動物分布拡大自由集会 (3/24 (金) 夜) に関する雑談．
• 空港への経路もわかったので 1645 東大発． 東京メトロ千代田線に乗って 1655 根津発． この時間はまだ帰宅ラッシュではないので快適に移動できる． 1705 日比谷で降りる．160 円． 徒歩で JR 有楽町へ． 山手線にのって 1713 同発． 浜松町まで 130 円． ANA チェックイン機で搭乗便を早いほうに変更． 東京モノレイルにのって 1726 同発． 1750 羽田空港第二ターミナル着． 470 円． 空港まで長い寄り道でした．
• 検問とおって搭乗口へ． すでに機内への搭乗はじまっている． 金曜日夕方であるせいか札幌いき B-747-400 は満席． 1820 離陸． 機内で「『葉数』を変えない Gibbs 林冠 MCMC 計算」 の方法を思いつく． あらかじめ現実の何倍もの葉面積ぶんもの葉をつっこんでおき， それらの葉に属性を追加してやって (……は しばしばまた面倒のもとになると伊庭さんに教えられたのだけど)， 「見える葉」「見えざる葉」にわければよい (そしてこれらのあいだで状態遷移させる)． 1945 新千歳空港着陸． JR 快速エアポートにのって 2004 同発． 2045 札幌着．
• 買いものして 2105 帰宅． 晩飯． いきなり寝てしまった．
• [今日の運動]
  • すごく運動ふそくな一週間でした
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 蒲田駅前商店街のはずれのコロラドコーヒーで， トーストなど． 530 円．
  • 昼 (1340): 東大農学部地下の生協． サバ味噌とか． 440 円．
  • 晩 (2140): タラコスパゲッティー． 海藻スープ．