ぎょーむ日誌 2006-02-18

2006 年 02 月 18 日 (土)

• 0955 起床． なんか不調ぎみなんだよね． 朝飯． コーヒー． 怠業．
• 前から書いてるよーに， 当家には TV 無いんでおりんぴっく観戦夜ふかしやってるわけではない．
• 怠業ばかりしてるわけにもいかんので， 1515 自宅発． 曇． 1530 研究室着．
• 母子里 Gibbs 林冠まわりをうろうろの続き． こりゃー， 難しい．
• 研究室内では唯一あしたの生態学会 北海道地区会に参加する小林君からデータ解析質問． ブナの実生の生残が何で決まるか， というハナシなんだけど， よく見るとこれは難問である．
  1. 同じ方形区内の同じ個体から最大 7 回データをとっている (pseudo replication)
  2. 7 回の観測が一定間隔ではなく， しかも季節変動が入っている
  1. の理由から， glm() な logistic 回帰はダメ． ふーむ， 標本個体数 200 ちょい …… さて， どこまで面倒なモデリングが可能か． ともあれ明日にはまにあわないので， 本日は必要最小限の解説のみ．
• 牧さんから空間相関考慮した zero-inflated Poisson (ZIP) モデルの論文教えていただく．
  Agarwal DK, Gelfand AE and Citron-Pousty S. 2002. Zero-inflated models with application to spatial count data. Environmental and Ecological Statistics 9: 341-355. (link)
  これは Langevin なんちゃら法で「地形」を推定しており， Langevin-Hastings 法つかう geoRglm (という R の package) とかなり近いコトをやっていそうだ．
• 三月上旬の東京出張， ネット上から航空券をとったのはよいが， 予約番号をひかえていなかったので便の変更ができん …… ネットから予約したら必ず確認メイルをおくらせるよう設定せんといかんね． 便とかは記録してたんだが． しょうがないので ANA 予約センター 0120-029-222 に電話して利他的なおねーさんをわずらわせて予約番号おしえてもらう． 帰路の時刻を遅い方向に変更．
• 母子里 Gibbs 林冠 MCMC 計算， けっこうややこしいプログラムだ． 現時点で動くのは 昨年 8 月 に作った Perl 版のみ． ぎょーむ日誌みて自分で驚くんだけど， これがかくも短期間に作られたとはとうてい信じがたい， といったシロモノで．
• で， ALL C++ で作りなおすのは無理， と投げてしまう． 入出力まわりというかとくに入力まわりがめんどうなのだ． このあたりの面倒を軽減する自作 C++ ライブラリあるんだけど (Filereader クラスとか)， それの改造も必要になってくるんで面倒なんだよね．
• ならば SWIG で Perl (インターフェイス) & C++ (計算中核部) といったはいぶりっどなプログラムでも作るか …… しかしよくわからん． Perl & C については 昨年末 に理解がススんだわけだが …… 2140 研究室発． 2155 帰宅． 晩飯．
• うだうだするよりうろうろするがやすし， ということで Perl & C++ の世界に問答無用とばかりにとびこんでみる． 本家サイトの SWIG and C++ は (ばか) 丁寧だけど 「あれもできますこれもできます」 てな内容ばかりで現時点ではあまり実用的ではない． きまぐれ日記 とか C++のクラスから Rubyのクラスへ を見ながらサンプルコードを作っていく ……
• うよきょくせつあくとうくせんのすえに， とうとう Vine Linux 3.2 上 g++-3.3.2 と swig-1.3.21 の組み合わせのもとで， C++ クラスオブジェクトを Perl から作らせ， そこに値を押しこんでいく方法がわかった． 時刻はすでに 2724 …… やはり C++ はカラダに悪い．
• このあたりの詳細， まだまだまちがってるかもしれん． カギは SWIG や C++ のシンタックスではなく， g++ のコンパイルオプションとかにあるんでは， つまり Makefile の書きかたの工夫とゆー脱力な理解なんだよね ……
• [今日の運動]
  • C++ 呪われうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (1020): バゲット．
  • 昼 (1330): 米麦 0.7 合． レトルトパウチドのトマトソース． ふちょー感あると食事づくりもめんどうに．
  • 晩 (2250): スパゲッティー． タマネギ・シイタケ・豆腐のホワイトカレー (ハウス食品の例のいんちきっぽい新製品の残り)． コンブあえもの．