ぎょーむ日誌 2006-01-13

2006 年 01 月 13 日 (金)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー． 1045 自宅発． 晴． 1100 研究室着．
• 昨晩かなり方針転換した屋久島葉っぱ寿命計算， 50 MCMC step とばしの結果が出た． 重量窒素量モデルだと収束はそこそこか． ど忘れしそうなんで (作図プログラムをさっさと改めるべきだな)， また書いておくと ……
  • 線形部品の age と light は exp() 内の量である
  • nitrogen は hyperspecies の層だけにパラメーターがある

葉重量あたり窒素量モデル

• これの (推定) 平均葉寿命 vs (種内平均) 窒素量はこうなる． Hyperspecies におけるパラメーター事後分布のとーり， この窒素量は寿命とはあまり関係ない．

[平均寿命と葉内窒素量]

樹木個体ごとに計算して推定平均葉寿命の単位は年． 葉っぱ内の窒素量 (種内平均値) の単位は重量パーセント． ○が明るい場所． 全般に明るい場所のほうが寿命短い． しかし個体ごとにみていくと， 必ずしもそうはなっていない場合もある．

後記: ここで図示してたのは平均葉寿命 (死亡時葉齢の平均値ではなく) 平均葉齢だった …… 訂正版は 15 日に．

• 上の図のもとになるのは， こういう樹木個体ごとの葉齢分布だ． 全 22 樹種 195 個体． 推定されたパラメーターから再構成されたもの． 個体差も入っている．

• パラメーター推定がヘンになってないかどうかをチェックしておくか． まず種内平均値とかいう窒素量は，

> (vn <- tapply(d0$Nper, d0$sp.ab, mean))
   Caj     Cc    Clj     Cs     Ej     Ia     Ir     La     Ms 
1.1274 1.6848 1.0637 1.3963 1.2388 1.6717 1.8478 2.0641 1.0313 
    Na     Pe     Pj     Pn     Pt     Qs     Rt     Sb     Sg 
1.6605 1.3734 1.7203 1.5064 1.6077 1.7730 1.3779 1.2652 1.5140 
    Sl     Sp     St     Vo 
1.2686 1.4350 1.2639 1.5053 
> sort(vn)
    Ms    Clj    Caj     Ej     St     Sb     Sl     Pe     Rt 
1.0313 1.0637 1.1274 1.2388 1.2639 1.2652 1.2686 1.3734 1.3779 
    Cs     Sp     Vo     Pn     Sg     Pt     Na     Ia     Cc 
1.3963 1.4350 1.5053 1.5064 1.5140 1.6077 1.6605 1.6717 1.6848 
    Pj     Qs     Ir     La 
1.7203 1.7730 1.8478 2.0641 

• …… となっている． まあ， こんなふうに「平均値」とか計算してしまってよいのか， というのはよく考えねばならんところだけど．
• 全体 (hyperspecies) では窒素の影響はゼロまわりにあるのに， なにかみょーな傾向を作りだすとすれば， それは定数項 (const) で， ということになる (窒素に関しては species - tree のパラメーターがないので)． そこで， const の事後分布を樹種ごとに集計してみる．

> (vp <- tapply(al$p.const, al$spc, mean))
    Caj      Cc     Clj      Cs      Ej      Ia      Ir      La      Ms      Na      Pe 
-4.0325 -2.9567 -5.7822 -2.4042 -1.4108 -2.7917 -1.4450 -1.1217 -3.5808 -3.8033 -2.6600 
     Pj      Pn      Pt      Qs      Rt      Sb      Sg      Sl      Sp      St      Vo 
-2.9200 -3.4333 -1.5117 -3.3558 -2.7925 -1.8383 -2.5200 -3.7600 -2.6958 -3.7750 -1.9750 
> sort(vp)
    Clj     Caj      Na      St      Sl      Ms      Pn      Qs      Cc      Pj      Rt 
-5.7822 -4.0325 -3.8033 -3.7750 -3.7600 -3.5808 -3.4333 -3.3558 -2.9567 -2.9200 -2.7925 
     Ia      Sp      Pe      Sg      Cs      Vo      Sb      Pt      Ir      Ej      La 
-2.7917 -2.6958 -2.6600 -2.5200 -2.4042 -1.9750 -1.8383 -1.5117 -1.4450 -1.4108 -1.1217 

• 窒素 (vn) と樹種ごと・個体ごとに決められるパラメーター (vp) のあいだにみょーな関係はなさそう．

[vp vs vn]

図にしてみるとこうなる． 窒素が少ないところにサカキ (Clj)， 多いところにバリバリノキ (La) があるんでそちらに注意うばわれてしまうわけだが …… const において樹種差を random effects としてあつかっているので， この程度では「傾向あり」とはならない．

• そもそも， この標本セットでは窒素量は樹種差とかあまりないんだよね． ここから葉っぱの死亡確率を「説明」できる情報がひきだせるか， ということだ． もちろん「明るさ」との交絡は除外したうえで， ということで．

• 「葉面積あたり窒素量」 (ということになっている量) モデルのほうは 50 MCMC step の 1500 sample ではまだまだ収束してません， というかんぢ． 個体ごとに平均寿命計算してみたけど， すごくヘンだ． 明暗の効果が個体差でキャンセルされたり．

葉面積あたり窒素量モデル (LMA にちかい量)

• 作図プログラムを改造したり， データ整理・バックアップしてから， 検算もかねて今度は 100 MCMC step とばしで計算全部やりなおし． 明朝までには終了するだろう．
• 昼飯．
• A802 のプリンター CANON LBP-2810 の印刷面黄色よごれ問題， たぶんまた再生トナーカートリッジの不調だろうと交換してみたら， なおった． 残量 10% 以上ある問題カートリッジは回収してもらうことに． ついでに再生トナーカートリッジ屋に状況説明の手紙かく． 一本ぐらいおまけしてくれないものだろうか． さらに， LBP-2810 用の予備カートリッジは黄だけでなく黒・青も必要なので， 予算消化要請のきた東科研を充てる．
• そういやアリのモデリングとか何もやってなかったな． 今年度は無理です．
• 屋久島まわりの作図プログラム点検・整備． 本日は， もはや体力がつきてきた． アタマの中もホワイトアウトぎみ ……
• 夕方， キビしい計算発注者・牛原さんにモデル変更の説明と， 新しく得られた結果の説明をひととーり．
• 早々に撤退． 1835 研究室発． 1910 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • まずいねえ
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 食パン．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 食パン． タラすり身だんごカレー．
  • 晩 (2030): 米麦 0.7 合． タラすり身だんごカレー． 麻婆豆腐．