ぎょーむ日誌 2006-01-05

2006 年 01 月 05 日 (木)

• 0850 起床． 朝飯． コーヒー．
• 昨晩からやりなおししてた屋久島計算， しまった， 葉面積窒素量モデルの推定を終えたところで止まっている． 当方のうっかりミス． 葉重量窒素量モデルのほうも計算するよう命じる．
• さて， 昨日午後に ベイズモデルの Metropolis-Hastings 法をちょっとしくじっている (事前分布の確率を「二重」にカウントしていた) ことに気づいて， それを修正していま計算をやりなおしているわけだ． 以前とくらべて， 結果がどう変わっているか， なんだけど ……
  • この要因はプラスに働く， といったおおざっぱな部分はかわっていない
  • (パラレルテンパリングを持ち出さずとも) 値の動きがよくなってきた …… これは「事前分布の二重カウント」 がきつすぎる制約 みたいなものになっていたため， かな
  • 値の変化としては下の図のようなかんじで (これはシュート伸長の休眠・二度伸びに関する hyperspecies と全 22 樹種のパラメーターの事後分布に関するものである)． 事後分布の平均値は正負の方向が強調されるようにずれた． そして事後分布の 95% 信頼区間はひろがった． つまり事後分布のばらつきが大きくなっている．

• 1030 自宅発． 晴． 1045 研究室着．
• おっと …… 今朝やりなおしを命じておいた計算まだ終わってないんだけど， 葉っぱ生き死にモデルに関してはまた全部やりなおしだな． というのも， 再計算したシュート伸長の休眠・二度伸び確率の テイブルを更新してなかったんで …… ということに気づいて， 上のような図を作った次第．
• まあ， いまやらせてるのは試験運転みたいなもんだし． それに M-H 法のまちがいを修正したおかげで， 多くのパラメーターで値の動きが格段によくなっている． つまり， 計算時間がずいぶんと短縮されるわけで， その理由は 100 とか 150 MCMC step とばしでなくても 50 MCMC step とばしぐらいで十分 であるからだ．
• プログラムをみなおしたらい， 上のようなことをうだうだ書いたりしてると， A 棟 5F 大統領がやってきて動物の形態測定値に関する ANOVA 質問． このあたり苦手なんだがなぁ …… てきとーに回答．
• 一件落着と思ったら実吉さんが新しい種子データもってきて …… はい， 1330 から作業に着手します． 現在時刻は 1227．
• M-H 法改善の試験運転終了． 先ほど 「50 MCMC step とばしぐらいで十分」 と書いたけど， やはり安全のために 100 ぐらいにしといたほうがよさそう …… ということで， そういう設定で計算やりなおし (ついでにシュート伸長の休眠・二度伸びの確率を更新しておく)．

葉面積あたり窒素量モデル

葉重量あたり窒素量モデル

• 昼飯． 院生密度ぢりぢりと増大している．
• 1330-1530 お茶部屋で， 実吉さんが新しく追加した発芽データの変換作業など． データ変換にありがちな， ゑくせる手入力まちがいだの 書式変更だのその他あれこれにひっかかりつつ作業をススめる． 最後のつめは 「現象 (実験結果) をどう表現するか」 といったあたりだよな …… 発芽なヒトたちは「オッズ比」とゆー概念を知っているのか， そしてそのおっづ比に帰着させればいいのか， といったあたりか．
• 1/19 (木) - 1/20 (金) 東京出張の航空券うけとる． 出張準備を考えると気が重い．
• いまさらながらに (というか昨日は自宅におきっぱなしにしていた) 「 計算統計II　マルコフ連鎖モンテカルロ法の基礎」 の伊庭さんの章を読みなおすと， 基礎概念だけでなく 「アルゴリズム設計上の注意点」 (3.13 小節) といった具体的な詳細にまで及んでいることに気づいた． 昨日ぢたばたしていた， メトロポリスしくじりだの「はしっこ」どうしたらいいかだの， 何もかも「ありがちな間違い」としてここに列挙されている． いやはや．
• 「混合の遅さの意味を考えよう」 とかおもしろい指摘だよなあ． そして「乱数」． この屋久島計算の乱数はぼろぼろなんだよね (線形合同法)． めるせんぬついすたー に置き換えるか?
• と書いてしまうと気になるので (なにしろ莫大な個数の乱数を使うので)， 乱数全部を SWIG 経由で Mersenne twister 化してみる． 30 分ほどでできた． 計算速度はまったく遅くなってないようだ． てもとのマシンで試験運転．
• 春木さんから hosho にアカウント作ってほしいとの依頼あったんで， 作業してると …… なんか adduer したのにアカウントできないな? といぶかしく思ってるうちに HDD くらっしゅ． どうしてこのタイミングで壊れるのかね．
• とりあえず reboot して e2fsck． 非力なマシン (Duron 0.8GHz) に大きめの HDD つんでるので， チェック・修復に時間かかる． もし HDD の円盤が物理的にコワれてたら修復しようがないんだが ……
• すると hosho のトンネル使ってた雪野さんからも ……
• てなことでどたばたしてたら時刻はすでに 1900 すぎ． やれやれ．
• なンか屋久島計算のほうはパラメーター ちょっとふらふらしすぎなンでは， といぶかしく思って調べてみたら …… 昨日の Metropolis-Hastings まちがいどたばた余波とでも いうべきバグが一個残存していた． またしてもまたしても事前分布まわり． 今度は prior の確率の対数をたすべきところを引いていた． うう． この部分， もともと正しくたしていたんだけど， 昨日の「わーまちがえた，なおさなきゃ」というアセり状態で がちゃがちゃやってるうちに符号をひっくりかえしてしまったみたいで． いやはやー …… ということでまた計算やりなおし．
• A 棟 8F さーばーマシンは 2030 によーやく復旧． 1800 すぎに死んだので修理するのに 2.5 時間ほどかかったわけだ． 本日は災難つづき．
• 屋久島やりなおし計算， どうも事後分布の分散が増大するようになってしまった． まだバグが残存するのか． それとも事前分布のカタチが悪いのか．
• 計算おわらぬまま 2135 研究室発． 大雪． 2150 帰宅．
• 真夜中すぎても MCMC 計算追跡つづく …… なぜ事前分布の分散逆数の hyperprior (ガンマ関数， と言いたいところだがめんどうなので指数分布で代用している) のばらつきを小さくしたら， 事後分布のばらつきは少しおとなしくなった． ナゾ ……
• [今日の運動]
  • うーむ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 米麦 0.6 合． 卵かけ飯．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ハクサイ・ニンジン・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ニンジン・ブナシメジ・豆腐のシチュー．