ぎょーむ日誌 2006-01-01

2006 年 01 月 01 日 (日)

• 1020 起床． 昨晩ねたのは 2600 すぎだったか …… 朝飯． コーヒー．
• とうとう一月になってしまった． 今月はどたばたしそうだ． どうなることやら．
• 年の変わり目とは関係なく， 屋久島常緑樹 22 樹種の葉っぱ死亡モデルの推定計算はだらだらと継続している． 下の図は 1200 sample (100 MCMC step 間隔) ぐらいで停止させた 「5000 分の 1 の確率で M-H 法を破綻させる」 実験の結果． ごらんのとーりむちゃくちゃになる (図が乱れぎみに見えるのは hyperspecies の階層において 事後分布の分散がでかいためである …… このプログラムは hyperspecies の事後分布の 分散が全体の中で最小になることを前提に規格化されているんで)．

• ここからわかることは …… まあ， MCMC 計算という「移動手段」でさまよう Gibbs 分布の世界の地形はひどく複雑というか …… ある階層のパラメーターがヘンな値であっても他の部分で すばやく対応してるみたいで， 尤度自体は落ちてもすぐに回復する． つまりあちこちに「山」があるってことだよね， たぶん．
• 昨晩， 研究室から撤収する前に命じておいた計算のうちひとつは終了している． (明るさに依存して変化する) 休眠・二度伸びも考慮した改良版． 100 MCMC step とばしの 501-1500 番めの標本から作った事後分布， と． これは N_mass 版．

• うーん， 幸か不幸かあまり変わっていない． 葉齢に関しては全体としてはすっきりして， いくつかの樹種で「一斉脱落」的に葉っぱおとしているらしい， というかんじか． ただし個体差がわけわからん． あるいは， ここは個体差をいれるべきではない， とか? 明るさとの兼ね合いで定式化をいろいろと検討する余地はあるよな．
• 明るさと窒素に関しては以前のものと似たようなかんぢ， か． 明るさに関しては葉齢依存性の個体差に 「説明を盗られている」 ような気もする． N_mass 大だと長命ってのは単なる見かけで， じつは窒素とは関係なくて 「(暗いところで形成されるような) ウスい葉っぱは長命」 とかじゃないかしらん． まあ， 窒素といっても全窒素なんだけど．
• いま継続中の推定計算 (N_area 使ったほう) の終了予定時刻は本日の 1530-1600 ごろだろうな． 試行錯誤している現段階では 「100 MCMC step とばし」 はやりすぎで 50 ぐらい， あるいはもっと短くてもいいのかもしれん．
• 北大 A 棟 8F 闇ネットにもぐりこんで (これは ssh 二段重ねわざで安直に) 計算経過をのぞいてみると …… まあ， こちらのほうが (N_mass 版より) 尤度高めで， 窒素はほとんど効果ナシ (休眠・二度伸びで枝を「揺らしてやる」効果あるのか， 以前よりは N_area パラメーターは多少は振動するようになっている)． 明るいと短命， という妥当な効果あると思うんだけど， 事後分布の分散は (上と同じく) 大きな値になりそう． たぶん， ここでも葉齢パラメーターの「個体差」のばらつきがでかいはず．
• 全体に， このモデルでは「個体差」がうまく組みこめていないような気がする． ここでいう「個体差」は個体ごとの「計測まちがい」みたいなものも含むので， 「個体差」がもたらすばらつきが重要であることは， 依然として変わらないんだけど ……
• またハナシはちょっと変わるけど， なーんかこのべいぢあんな世界で 「モデル選択」 が必要になるかもね …… よくわからんけど， DIC (deviance information criterion) とか? おお， すでに Wikipedia に コンパクトな解説 が掲載されている． これってわりと簡単に計算できるんだよね． 尤度 (と表記しつづけてきたけど deviance とすべきか) の平均と， パラメーター事後分布平均値での尤度が計算すればいいだけだよね．
• しかし DIC とか使うためには， 細かいところをいろいろと改修せんといかんな …… たとえば， fixed effects ごとに unused 指定できるようにはしてるんだけど， これってあまりちゃんとしてないんだよね． 実験的に値をゼロに固定して計算させて様子をみる， というような目的のためのものなんで． 尤度まわりとかもきちんと設定， などなど．
• とゆーかそれ以前の問題として， 昨日書いたシュート伸長の休眠・二度伸びの部分， それなりに面倒なつくりになってるんでもっときちんと 動作確認をしないとだめだ． 枝を一本だけにして動かしてみる， とか?
• ややぼうぜんとしつつ昼飯． 昼飯後は怠業ぎみに．
• 1530 自宅発． 曇． 私の住んでるところと創成川はさんで位置する 札幌諏訪神社 はごく小さい神社なんだけど， この一帯には競合相手がまったくいないため (たぶん開拓時代に人口密度が低かったことと関係ありそう)， 北区・東区の人々を集めて長蛇の列が形成されている． 1545 研究室着． なにやら正月早々あやしげなコトをしている小菅せんせーを目撃． 年末は 「誰でも知ってることなのに， いつのまにやら大事件あつかいにされてしまった」 建築強度偽装関係の隠匿こんさるでいそがしかったそーで．
• N_area のほうの計算は 1542 終了． やはり 8 時間かかったか． まあ， やはりこんなかんぢで． N_mass に比べるとこちらのほうが対数尤度がやや大きい． sample 501:1500 の平均で -3968.0 vs -3954.1．

• いまさらながらに休眠・二度伸びまわりの動作試験． 昨晩， 帰宅する直前の「年末おいこみでばっぐ」がうまくいったらしく， 正しく動作してるように見える． これはある一個体の枝にある六個の芽鱗痕の状態 (根元方向の「みかけの葉齢」をどう変えるか) の (Metropolis-Hastings 法による) MCMC 遷移を表している． 一番左側は「枝」の先端なので (つまり芽鱗痕ではなく芽鱗なので) 「二度伸び」 (-1) はありえない， などなどといった制約のもとで Gibbs 分布の世界をさまよっている．

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  (... 中略 ...)
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  (... 後略 ...)
  

• で， こういう「隠れ状態の変化」ってのは DIC 評価とかではどうしろってのかしらん? 芽鱗痕ごとに事後分布の平均値とれ， とか? いやはや．
• 線形予測子の計算を改善したら， 一割から二割ほど計算時間が短くなった． といっても， このあたりまぬけっぽいままなんだけど．
• いろいろ試験運転してから線形予測子の構成をすこしかえてみる． 1 + age + light + nitrogen から 1 + (1 + light) * age + nitrogen というふうに (一年間 の死亡確率が logistic 式で与えられてれるモデル)． ここ数日の結果から考えて， たぶんこれがより良いモデルになっているはず． 計算開始． 今回は 100 MCMC step とばしではなく， 50 MCMC step とばしで． とりあえずは．
• 1800-2200 節句ばたらきな石橋君ミズキ修論データ解析． 29 個体しかいないんで， とにかく R 自動作図処理で個体別一覧をどんどん作っていく．
• 主幹の伸びに関してよーやくいくつかの法則性みたいなものはわかってきた．
  • 三年つづけて大成長するのはいない
  • 主幹の成長がよいときにはその年に 個体頂部に形成された側枝の伸びがよい (Cornus 特有の展伸による)
  • しかし景気よく展伸すると翌年は落ちこむ (かも) …… 特に主幹の伸びが短いくせに側枝にまわすと翌年へばる?
  • 個体頂部に側枝を形成しない倹約生活してると 翌年は伸びが良くなるかも?
  • 展伸による「伸び量」は気温か何かに左右されてるらしい …… 2003 年冷夏 のときは当年形成側枝の伸びがどの個体でも劣悪
  などなど． まだまだ前途遼遠だが．
• まあ修論なんて何でもアリだけどね …… 昨年度の 7F 「夜逃げ」退官教授のところの最後の修論， 北海道内の某小さな村落の経済活性化の秘策は 「燃料電池どんどん購入すべし」 とかいう「しみゅれいしょん」あったなぁ． その理由は， 燃料電池つかうと光熱費が節約できるので， 浮いたお金でもひとつ燃料電池を買えばますます光熱費が節約できて (と仮定してたわけですよ)， といった具合に次々と燃料電池を買っていけば GDP が指数関数的に増大してゆく …… うんぬんなる画期的なモノだった．
• 屋久島計算， モデルを変えたおかげで良い方向に改善されている． しかしうっかりミスで出力保存方法まちがえていたことに気づいた． 計算途中で止めてやりなおし． 再開した MCMC 計算もいー具合に値が揺すられている．
• 2215 研究室発． 2230 帰宅． 晩飯． 明日は日帰り京都往復強行軍だ．
• [今日の運動]
  • うんどう不足状態， 継続中 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): バターロール．
  • 昼 (1350): 米麦 0.6 合． ハクサイ・ネギ・卵雑炊．
  • 晩 (2300): 米麦 0.7 合． 麻婆豆腐．