KuboLog 2005-09-08

2005 年 09 月 08 日 (木)

0720 起床．朝飯．コーヒー．洗濯． 0930 自宅発．曇．台風あとにしてはおだやかだな，などと思ってたらいきなり風雨． 0945 研究室着．

朝から ThinkPad X31 不調に苦闘する．昨晩もいろいろ試行錯誤させられたんだが …… さすがにこれだけ実験をくりかえすと，原因がかなり限定されてくる．まず motherboard 上の video chip (ATI Radeon; ただし仕様書には i855PE とある?) 周りは明らかにおかしい．しかし，おかしくなる原因が熱なのかメモリとの相互作用なのか，それはよくわからない．そして厳密にいえば， video chip がおかしいのかそれを載せてる motherboard がおかしいのか要因を切り分けることができない．

次にアヤしいのがメモリなんだけど …… これは単体テストでは問題ナシとなっていて理解を難しくしている．たいへん奇怪なことに (オカルト的というべきかも)，メモリバンク (つまり motherboard) があたかも「いままで挿されていたメモリを記憶している」がごときふるまいをしめし，二枚ある RAM の挿し位置を換えるだけで挙動がかわり (boot できるかできないか)，しかもそれが時間変化する (昨晩と今朝では挙動が一致しない)．

熱は不調の引き金になっている可能性あるけれど，冷却しても再起動不能な場合があるので，それほど重要ではなさそう．

線形モデルとかぜんぜん役にたたない世界なのか? 隠れマルコフモデルとか?

とりあえずいったん boot してしまえば，一日中機嫌よく動いてるわけだが．

生態学会さーばー雑用．竹中さんが CGI プログラムに苦闘しておられて，入力データを受け取れないとのこと．当方で実験してみるとそうなる．いろいろ試行錯誤してるうちに，この原因はまたしても CGIwrap にある，と判明．はてさて，どうしたものか．

Document よむかぎり，現在の生態学会さーばーではデータ入力を伴う CGI プログラムはまともに動かん．

われながらイヤになる対処療法を考案してしまった． (腐れぎみの) TurboLinux Appliance Server の (腐れぎみの) 仮想さーばー設定ごとの httpd 設定，つまり /etc/httpd/conf/vhosts の site* の設定よく読むと …… ここで /usr/lib/cgiwrap/cgiwrap 呼び出してる，と理解できたんで，かくのごとくコメントアウトしてしまった:

#AddHandler cgi-wrapper .cgi
#AddHandler cgi-wrapper .pl

書き換えてから /etc/init.d/httpd restart …… いやはや，これで試験用 CGI プログラムで入力データ受け取れるようになってしまった． (後記: この方法はたぶんまちがい)

しかし，言わば安全装置を外してしまったわけで．すごく危険なことをしてるのかもしれん．ともかく生態学会さーばーのユーザーたちがヘンな CGI プログラム置いたりしないように注意せんといかんな．嗚呼． cgiwrap についてもさらに研究すべきだろう．

もう正午ちかいよよん．

気分かえるためと称して昼飯．

なぜか，いきなり，なりゆきで M1 小山さん・川合さんあいての R 講習会をやることに．教材は阿寒実習 (今年 6 月) のときのミミコウモリ追跡データ．データの data.frame() 化，個体「地図」自動作図法， glm() で「開花した・しない」のサイズ依存性のモデリング，といった内容．超高速つめこみ教育，というところか． 1730 ごろ終了．

「Perl と R は (生態学の道具として) どう違うんですか?」
女性大学院生からのまにあっくな質問．
「そうですね，ことデータ解析に限れば」
私は回答を試みる．
「Perl はそこらのスーパーで『ホットケーキの素』その他買ってお菓子作りをするようなもんだとすると， R はホテルのケイキバイキングに行くようなもんですかね」

そのココロはまあ「それぞれに一長一短ある」ぐらいのことで．たとえば，誰かが観測データをゑくせるファイルとかに汚らしいフォーマットにて拉致監禁しやがったのを「救出」しなければならぬという事態にあっては， Perl でやるしかないという場合が多々ある．ケガれ仕事はケガれ言語で．

ThinkPad X31 のちょーしいよいよ良くない．来週の広島出張大丈夫だろうか? 現状よりさらに悪化した場合に備えて，机の引出しの中で一年間ほど待機していた ThinkPad 240Z をとりだし「戦力化準備」にとりくむ．といってもデータの同期をとり (これは rsync で 30 秒ほどで終了)，あとは apt-get で Vine の rpm を更新したり， R の update.packages() やったり．

やはり M1 ふたり相手に R 講習会はばてきる． 1910 研究室発． 1925 帰宅．晩飯．

ここしばらく不調暴走状態の ThinkPad X31，これに関してオカルト的としかいいようのない「対処ワザ」「経験則」の発明・発見を積み重ねつつあるのだが …… 自宅で安定動作させようと思ったら，つまり X で video chip に高解像度処理させようと思ったら，筐体底面のメモリスロットふたつあるうちの「手前がわ」のメモリをぬきとって起動すればよい，というまったく理解不能なる方法を昨日発見してしまった (手前がわメモリの発熱が video chip を加熱暴走させている?)．本日もこれがまだ通用する，と確認．

今日の R 講習会でわからなかった，ミミコウモリ地図作図問題の未解決問題解決の宿題に着手． R で plot() するときに「box 内側で余白なく」なるように軸を描かせるにはどうしたらよいか? グラフィックスパラメーター指定関数 par() の help(par) 熟読する．

答えは xaxs & yaxs とわかった．これは par() だけでなく plot() でも指定できる．作図例は以下のとーり．

x <- seq(0, 20, 0.1)
par(mfrow = c(2, 1))
par(mar = c(2, 2, 2, 0.5))
par(cex = 0.7)
plot(x, sin(x), type = "l", main = "[xy]axs = \"r\"")
plot(x, sin(x), type = "l", xaxs = "i", yaxs = "i", main = "[xy]axs = \"i\"")

[xaxs & yaxs]

"i" を指定すると余白ナシになる． par() の手びき，あるいは舟尾さんの R-tips あるいは RjpWiki など参照． [xy]axs = "r" が default で，これは range の 4% の余白をつける，というもの (上の図)．

2220 自宅発北大構内走． 2315 帰宅．体重 73.0kg．

[今日の運動]

北大構内走 55 分間．

[今日の食卓]

朝 (0820): 米麦 0.6 合．タマネギ・ニラ・マイタケ・ホタテの炒めもの．
昼 (1220): 研究室お茶部屋．米麦 0.5 合．タマネギ・ニラ・マイタケ・ホタテの炒めもの．
晩 (1940): 米麦 0.7 合．タマネギ・ニラ・マイタケ・ホタテの炒めもの．

ぎょーむ日誌 2005-09-08

2005 年 09 月 08 日 (木)