ぎょーむ日誌 2005-08-22

2005 年 08 月 22 日 (月)

• 0645 起床． まだ雨ふってるな． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 曇． 0845 研究室着．
• 円盤葉っぱの光計算のしくみを作り直していく． これって以前のものより計算量ふえるんだけど， てぬきモデルとしてはすっきりしていると思う． すくなくとも短く書けている．
• ついでに Dell 機のほうで (昨日の計算プログラムをそのまま使って) 初期状態などを変えて試験運転のつづき． MCMC 計算が初期状態によらずに定常状態に遷移するかどうかのチェック， など．

• light interception (光遮断，遮光率) の反対語は light transmittance (光透過，光透過率) か．
• だいたい面倒な部分はかたづいたかな， というあたりで小林さんと昼飯にでる． 晴れてるけど涼しい． 気温 23-24°C ぐらい．
• 昼飯前に作った部分のバグとり． ひととーりできたようなんで， 1515 Dell 機で試験運転開始 …… ふーむ， 当然のことながら， なんだけど …… 葉っぱを球→円盤にしたんで， 葉っぱ枚数が増える． 8000 枚台 → 13000 枚台， というあたりか?

[円盤葉]

この計算世界では， 葉っぱのカタチを円盤にしたところで， 「せまい空間にたくさん詰めこめる (詰めこむ必要がある)」 ぐらいしか変化がないんだけど．

• 計算は遅くなってしまったか …… Dell 機でも 30 分で 65000 step ぐらい． まあ今までより倍の計算時間を必要としている， というところか． 葉っぱ生成で時間くってるんだろな (ここに面倒が集約されているから)． 収束はどうなんだろ (あと 30 分以上またないとわからない)．
• 小林さんのところにアカマツ原稿 (光合成補償) の直しがもどってきたんで， 私担当部分を少しばかり検討 …… 自分の作文ながら， あいかわらずヘンだ． このあと， 原稿はすばやく投稿されてしまった．
• 母子里 MCMC 計算， 葉っぱを円盤にしても定常状態での尤度はそれほど変わらない? いや， さすがに多少は良くなってるな． その代償として， というべきか収束そのものは遅くなってしまったみたいだ． まあ， 葉数もかなり増えてしまっているから， 当然そうなるんだろうな．
• ササ除去区のダケカンバ林分 MCMC 25 万 step で 120 分か． なンかまだ尤度が変化してるよーな気がするんですけど．

• で， 見た目に関してはすかすか林冠の葉っぱが増えた， という以外はよくわからんな． 観測データへのあてはまりは それこそケタちがいに改善されてるんだけど．

• まあ， 計算に時間かかるのはしょうがない …… あ， そうか． 保存してる計算途中経過から林分を再構成できるようにすべきなのかな． 入出力まわりの改造はめんどうだな．
• あと， ハコ内葉数の事前分布とか考えるべきかもしれんな． すごくばらついてる負の二項分布とかになってそうだけど …… いや， もっと 「葉数ゼロか，さもなくばたくさん」 といった分布か? まあそれは事後分布がそうなれば良いわけで …… えーい， そっち方面のモデル拡張はあとまわしだ．
• 晩飯．
• ササ区のダケカンバの葉っぱ分布 sampling 計算おわった． 25 万 step 112 分． まだ収束してないかんぢだ． そして， 尤度がだんとつに良くない …… Full model への近づきかた (deviance) でこれを見てるわけだけど， ササ除去区だともっと「尤もらしい」値になるんだけどな．

• まあ， あてはまりの「見た目」はもちろんかなり改善されてるんだが …… やっぱササ除去区と比べると， MCMC 標本の見た目もちらかってるような気がするな． ちらかってるとはすなわち， 下の図の赤 + 1320 個の観測点のうち数十個において格段にあてはまりがわるい， ということなのかしらん．

• 計算プログラムにはまだ何かバグがありそうな気もする． しかしササ除去区ではうまくいくのにな． ササ区 (にたくさんある) 欠側値のあつかいとかに問題あるのかな．
• 初期状態おなじにして今度はササ除去区でもういっぺん計算やらせてみる …… ササ除去区計算， 今回のほうが定常への収束が速い (ように見える)． そこで実現している尤度も先ほどと同じだ． Full model との対数尤度差は 3000 ていどか． つまり初期葉群分布の問題ではなさそうだ．
• 院生のこわれ計算機修繕商売． Apple 社の iBook (OS: Tiger) でモニター設定がヘンになってしまって， 再起動しても本体液晶ディスプレイになにも表示されない …… なんじゃそれは， と思いつつヒネってるうちに， ひどく古典的な手法で解決した． 新しい Mac においても依然として PRAM クリア わざが有効だったのである (再起動してすぐに command + option + P + R)． (後記: しかし結局のところコワれてしまって， 修理工場おくりに …… Apple 社の hardware って ……)
• 初期状態に何か問題あるかも疑念はなくなった． ササ除去区の場合， 上の「あわない」結果を出力した初期状態から出発しても， 他の初期状態と同じ結果が得られた (下の図)． やはり欠側値処理か?

• 2200 すぎ帰宅しようとしたんだが …… 「あてはまりの悪いハコ」に加重をかけてランダムに選択する， という方式を試してみたくなりプログラム改造．
• 試験運転開始． しかしあまりよくないような …… そのまま放置して 2310 研究室発． 2335 帰宅．

[北 12 条生協]

残暑おみまいもうしあげます． といっても当地はすでに「秋」になってるらしく， 札幌市のすーぱーではしばらく前から 「秋」 フェアやっております …… まぁ， 正月 4 日 から「ばれんたいんでー」売りするような店なんだが．

• 研究室の計算機の MCMC 経過をモニターしてるんだが …… こりゃだめだ． 「あてはまりが悪いところに加重をかけて選ぶ」 方式はちっとも良くない， とわかった． かえって悪くなっている． このあたり， やはりちょっとした思いつきでどうこうなる世界ではないみたいだ． 手もとの計算プログラムはもとにもどす． つまり無加重ランダム選択．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米麦 0.5 合． ニラ・ナメコ・豆腐・昆布の味噌汁． ミニトマト．
  • 昼 (1315): 小林さんと北大生協クラーク館食堂で． ライス S． 豚汁 S． サバみそ煮． サラダバー (海藻メインに)． 515 円． 580 キロカロリー．
  • 晩 (1930): 地環研前定食屋「天勝」 サバ塩やき定食． 650 円．