ぎょーむ日誌 2005-06-27

2005 年 06 月 27 日 (月)

• 0720 起床． 朝飯． コーヒー． 0825 自宅発． 曇． 0840 研究室着．
• 阿寒に行ってるあいだに粕谷さんから出された統計学 「宿題」を検討してみる． ちょっとぱらどきしかるなように見えるんだが …… 一時間ほど考えて， じつはこの状況でもふつーに推定計算やればいいんじゃない， という回答をまとめて返信してみる． さてさて．
• というような宿題メイルをいくつか．
• で， 私が阿寒でうろうろしてるあいだに， アカマツ原稿 (光合成補償のほう) もできてしまっていたので， さっそく拝読することに．
• うーむ， 私が書いたところってなんかヘンなんだよな ……
• 読んでるあいだ， R-2.1.1 をダウンロード & インストールしてみる (今までは 2.0.1 を使ってた)． まぁ． こういうこととかできたりするわけだが，

  	> (d <- data.frame("長さ" = c(1, 2, 3), "重さ" = c(8, 9, 10)))
  	    長さ   重さ
  	1    1    8
  	2    2    9
  	3    3   10
  	> d$長さ
  	[1] 1 2 3
  

  慣れないヒトにはわかりやすいのかしらん? なんか表示がびみょーにずれてるところがアレですね．
• 原稿よみ， なかなかススまんけどいったん休憩して昼飯．
• よーやく科研費つかってヨシの許可がでる．
• なぜかしら系統樹推定のことなどちょっと調べてしまうことに． 世の中には ``maximum likelihood phylogeny'' (最尤推定系統樹) なるものがあり， 私はこんにちの推定ソフトウェアの大半はこれを推定しうるのでは， と誤解していた． しかしながら PAUP 3.1 の manual を読むとそうはなっていないし， 最新版のよくわからん document ながめてもどういう計算やってるか， よくわからん (他のソフトウェアについては調べていない)． このあたりの user たちも系統樹推定と尤度計算は別モノ， としてやってる場合が多いような ……
• いっぽうで， ネット上で maximum likelihood phylogeny を検索すると， 尤度最大化する樹形を探索する論文に関してはいくらでも見つかる． でも， みなさん必ずしもこの路線でデータ解析してるわけではない， ということなのかね．
• ナゾをいろいろと残置したまま (というか単なる勉強不足なんだが)， アカマツ原稿みなおしにもどる． なんかやっぱり私の書いたところはかなりひどい ……
• 撤退． 1940 研究室発． なぜか富山から谷さんが来ていて (本日はまた別の研究室出身者をみかけたよーな……)， 谷さんといっしょに晩飯を食べにいくという「御一行様」 につかまる． 北 12 条駅そばでひさしぶりにスープカレーを食べた． 2050 帰宅．
• [今日の運動]
  • 期せずしてうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ニラ・エノキダケ・ホタテの炒めもの．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ハクサイ・ニラ・エノキダケ・ホタテの炒めもの．
  • 晩 (2000):

[スープカレー]

北 11 条のスープカレー Chelsea (紹介は ここ とか ここ )， 豚角煮カレー 800 円．