ぎょーむ日誌 2005-04-20

2005 年 04 月 20 日 (水)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． 0935 研究室着．
• まぬけなことに， いまだ片づかぬ論文査読， こいつが参照してるほうの論文原稿でやってる， 種間比較のやりかたをまとめてみる． 基本的な考えかたは 「いちゃもんつけられそうな対比 (contrasts) はさける」 というものだ． あるごりずむとしては， おそらく以下のごとし．
  1. 高次分類群は「属」， それに内包される低次分類群を「種」 と設定 (初期状態)
  2. それぞれの高次分類群ごとに， 内包する低次分類群間で (いまやりたい) 「比較」が可能かどうかをみる
     • 可能なら比較し， 形質間の対比の結果を記録し， さらにここで用いた低次分類群は 全て削除する (一度比較につかった標本は消す)
     • 不可能なら， そのまま何もしない
  3. 内包する低次分類群がすべて消えてしまった 高次分類群は消去する
  4. 残った高次分類群を低次分類群にする， それを内包する高次分類群を導入する; つまり第二ステップでは 低次分類群は「属」， 高次分類群は「科」 とする
  5. 1.-4. を 属 → 科 → 目 → ... にそってススめる (すべての標本が削除されるまで)
  6. 2. で生成したすべての対比の集合に関して， 何らかの統計学的な検定を行なう (この対比の集合が 「系統関係に依存する効果が少ない， current benefits の効果を反映した」 になってる， と考えているので)
• 「もと論文」の著者たちがやってること， ってのはこういうところだろう． 計算も再現できる． まあ， あちこちにつっこみどころあるんだろうけど． 具体的には 6. では符号検定 (片側) やってんだけど， たぶんこれはたぶんまちがい (というのも， すごく不自然な解析結果 table が示されていたりするんで)．
• で， 問題なのはこの方法を踏襲した， と称している査読すべき論文原稿のほうなんだが …… 公平に言えば， この説明では彼らが上の方法と同じ計算をやったかどうかはわからない (6. の部分は明らかに別ものであるが)． 私の邪推ではやっていない (2. と 3. の過程とか)．
• ということで， 少なくとも説明不足であり， 計算方法をきちんと明示すべきであり， さらにこちらで検算できるようにデータももっと示すべきである， とは言えるな．
• さらに， 6. の部分でヘンてこな自由度 1 カイ二乗検定を導入したのはなぜか， このデータからどうやってこのカイ二乗値が計算できるのか (私はあれこれ試行錯誤してみたんだけど不可能だった)， といったあたりも説明が必要だ．
• ついでに， くだんの「予選→決勝」方式 (?) とでもいうべき 意味不明な多段検定についても解説を聞きたいところですなぁ．
• 1310 北大構内走発． 曇天． ときどき強風． 1350 研究室もどる． 昼飯．
• 種間比較問題に関して， また粕谷さんからいろいろとメイルで教えていただく． その内容を私なりに要約してみると， いまどき系統樹つかわない種間比較なんて …… というようなことで (一番安全なのは「最近傍」ペア比較 …… まあ，たしかにそうでしょう)． 「点」 が独立でなければ， 簡単な解析は何もできないよなぁ． このあたり， べいぢあんなやり口が何か逃げ道を用意してくれるのかもしれんけど．
• 借りてた本を返しに図書館にいくついでに， Felsenstein (1985) が掲載されてる American Naturalist を探そうとする …… が検索してみると， ここにはない． なんと， 地環研の図書室にバックナンバーが保管されてる， とのことで． 地環研にもどって当該論文を複写する．

[大学図書館]

あるていど規模の大きい大学図書館の書庫の中はたぶんどこもこういうかんぢで． なんか迷宮ぢみた見かけではありますが， 北大の他部門と異なり， 情報がよく整理され (データベイス化され)， 利用者に便利なサーヴィスを提供する努力を怠らない．

• ぢりぢりと勉強ばかりしていたせいで， 本日も査読報告かきまでは着手できなかった． 1845 研究室発． 雨． 1900 帰宅． 体重 75.2kg． どうも急に運動すると一時的に体重が増加するような気がする． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.5 合． ピーマン・モヤシ・ニラの炒めもの．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ピーマン・モヤシ・ニラの炒めもの．
  • 晩 (2140): 米麦 0.7 合． ネギ・ミズナ・ニンジン・マイタケ・豆腐・昆布の味噌汁．