ぎょーむ日誌 2005-04-15

2005 年 04 月 15 日 (金)

• 0800 起床． 0820 自宅発． 雨． 0835 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 本日予定されるネット雑用は …… 講座まわりのメイリングリスト整備とかだけかな． だいぶ減ってきた． これは新 M1 アカウントがたぶん本日そろうだろうから， それから着手すべきだな．
• で， アカマツとかやるべきなんだが， その前にとある査読に手をつけてみることにする． 締め切りまで二週間ほどあるんだけど， ちょっと「分野ちがい」なんで 終了するまでの時間の見つもりがたたない， という理由で．
• ともかく扱ってる主題が鳥の産卵数だろうが植物生理学だろうが， データ解析にちょっと面倒な部分がある場合に 「久保にでもチェックさせればいいだろ」 というかんぢでまわってくる事例が， ときどきある． で， データ解析商売な私としては 対象が何であれ 「データの変形・モデルのあてはめ」 に関しては 「自分には理解できない」 と言わないのが職業倫理みたいなもんでして． というか， 「わからない」だらけの中の「わかりうる」部分 (人間に，というか自然科学者に「わかりうる」部分) の妥当性を調べたり考えたりするぎょーむ， と言いますか．
• しかし， 見知らぬ街のどこかにほうりだされたココロぼそさはありますな． ここはどこ?
• 地図を描きながらうろうろとさまよう， というかんぢで．
• ぱいぷ樹木 原稿校正， さらに問い合わせが． どうも LaTeX 入稿も万能ではないねぇ …… そして図のいくつかをカラーにすべきかどうか， という確認． 2 ペイジぶん 17 万円だそうです． もちろん断る．
• 査読， 最初のほうは「やったこと」記載のいいかげんな， ありがちな論文原稿だったわけだが …… うーむ， この系統関係を考慮してる (つもりらしい) 種間比較ってのは． よくわからん． よくわからん ==
  • ぱっと見たかんぢ著者のやってることが 正しい手法には見えない (この複雑な問題が自由度 1 のカイ二乗検定に帰着できるよーに思えん)， それに帰無仮説と検定手法が合致してないように見える
  • 分類群を系統関係とみたてるのはしょうがないとして …… 種間比較ってそもそもこういうのでいいのか (というような基本的な知識が私にないし， この原稿にはまったく説明されていない)
• ということで関連論文を読んでみたり． 少なくとも一部の人々のあいだでは種間比較なる手法の 「ぶらっくぼっくす化」 がひどくなってるのかも …… 引用論文たちももと原稿と同様に Harvey & Pagel (1991) だの Felsenstein (1985) だの見ろ， 詳細なんぞ知ったことかばかやろ， という説明で．
• 研究室お茶部屋の本棚に Harvey & Pagel 「進化生物学における比較法」 (粕谷さん翻訳; link1 / link2) おいといたんだが …… と探してみると見つからず． しょうがないので図書館まで借りにいく． いちおう講座内メイリングリストで 「だれか持ってませんか」 といあわせ出す．
• 本さがし後日談． この本を隠していたのは， やはり， 「隠匿」 界隈では高名なる某せんせーでした …… はい， 一昨日にわれわれの捜査を撹乱するべく ニセ virus を演じたかたです．
• 三浦さん ThinkPad のネット接続が不調とのことで， 調査することに …… 一時間弱ついやして原因を究明し， 対策をほどこす． 原因 (複数) は他ならぬ私でした．
  1. 昨日， 7F host 数増加 (in 高田さん部屋) にともない， 7F 闇ネットの根元 hub をばか hub から switching hub に交換した
  2. 三浦さんの部屋で使っている Ethernet ケイブルは私が作ったものなんだけど， これはデキが悪くて 100Mbps で通信が難しい
  3. にもかかわらず新設 switching hub は三浦 ThinkPad と 100Mbps 通信可能と 判断し， 高速で packet 送りつける
  4. しかし packet loss が激しくて， 通信速度がすごーく低下した
  とゆーことです． 対策としては， それこそばかばかしいのだが， 途中に「ばか hub」 (10Mbps 専用) を介在させることで switching hub に 10Mbps 通信やらせればよい． デキの悪いケイブルでも 10Mbps なら packet loss なくやりとりできるからだ．
• いやー， ここしばらく「ばか hub」大活躍ですな …… などと言ってないで， そのうちケイブルとか作りなおさなくては． ぢつは A 棟 7-8F のあちこちにこういう不出来なケイブルあるんですよ …… ほとんど私が作ったものなんだが．
• 査読にもどる． Harvey & Pagel 本よんでも， あるいは引用論文みなおしても， なぜ 128 種の種間比較がかくも単純な検定一個 (しかも自由度 1 …… ナゾの帰無仮説に比べてナゾの対立仮説はパラメーター数が 1 多いだけ， という ……) に帰着できるのか， わからん． 私の理解がまちがってるのか． それとも著者がなにかカンちがいしてるのか． 少なくとも原稿にはそのあたりの補足的な情報ナニもなし． この「手法に関する情報ギャップ」は， 先方の思考パターンをよみとり 当方の試行錯誤によってウメる …… というのが私の商売なんだろな． えーい．
• Table に示されている数字をひねくってみるけれど， そもそもこのカイ二乗値はどうやって計算したんだ? 単純な分割表， と考えてはいかんらしい， ということはわかってきた． そもそも分割表なら自由度がこんなに小さくなるわけない． 意味も不明だ．
• またお茶部屋雑談にとらっぷされる． 春おそい北海道といえど， 院生たちはそろそろ今年度の調査の準備などにかかっており (機材や調査許可申請書の手配)， そこから「今年はどういうことやるんだろう」 という方向にハナシが発展し， これはとうぜんながら長いものになってしまうからである …… うわっ， もう真夜中だ．
• 査読に関しては悪い予感があたり， 時間かかりそう． うう． 2355 研究室発． 2415 帰宅．
• [今日の運動]
  • またもや運動不足
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 「北欧」おにぎりパン．
  • 昼 (1510): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ネギ卵炒飯． 乾燥野菜海草・豆腐・コンブの味噌汁．
  • 晩 (2430): うどん． 乾燥野菜海草・豆腐・コンブの味噌汁．