ぎょーむ日誌 2003-01-28

2003 年 01 月 28 日 (火)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 曇． 気温が一時的に高くなって雨でも降ったのか 水たまりが多い． 0910 研究室着．
• そういや， 書くの忘れてたけど， 甲山さんが惑星周回出張 (日本→パリ→パタゴニア→日本) を無事に終えて戻っておられます．
• C++ 版の新汎用推定プログラムのバグ取りのつづき． 移植もとの Perl 版推定モジュール， さらにそのもとになったモジュールのコードを見くらべつつ ……
• Perl 版の「もと」になった CPAN モジュール Math::Amoeba (1995 年末に作成されて以来まったく改良されていない) に間違いというか， 計算量を無意味に増大させる書き間違いを見つけた． どうも原因は， この Math::Amoeba のさらにもとになった Numerical Recipes (in C) の C コードにありそうだな (第 10 章の 10.4)． やっぱこういう汚ならしい書きかただと， うっかり間違えてしまうのも無理がない， というか．
• 午前中の集中的な作業で Perl 版と C++ 版が だいたい同じ結果を出すようになった． 計算速度に関しては， 4 個のパラメーターの最尤推定値を同時に計算させる問題において， たとえば Perl 版だと 69 秒かかるところ C++ 版だと 7 秒， あるいは 79 秒 → 6 秒， あるいは 69 秒 → 6 秒， あるいは 24 秒 → 2 秒， あるいは 68 秒 → 5 秒， …… ということで 10 倍ほど速いのかなぁ． 計算時間ばらつくのは同じ確率分布から得られた ランダム標本集団であっても， パラメーター推定の「難易度」がかなり異なるため．
• Perl 版もまぁよくがんばっている， ということで． Perl モジュール内のサブルーチンよびだしの overhead を減じる例の邪悪な手段を使えば， もう少しは速くなるかもしれない．
• 結果が「だいたい同じ」というのは， 実用上では問題のない相違だと思うんだけど …… 有効数字の 5 ケタ目あたりから値が異なっている， ということ． 浮動小数点数の取り扱いが異なっている， というのが原因だと思う．
• 浮動小数点数といえば， 推定計算の収束判定が難しい． いまのところ， 最良のセットと最悪のセットの尤度の差をみてるわけだが ……
• 北大構内走にでようとして挫折． 今日は水たまりだらけでジョギングシューズでは走れず， ゴム長を着用したとしても周り歩いてるヒトたちに 迷惑かけそうなんで． まぁ， しばらくしたらまた全部凍結するだろう． 研究室にもどって昼飯．
• 午後は新しく作った汎用推定システム Perl/C++ 版の入出力まわりの整備．
• かとーさんと R に関する雑談をしているうちに， なぜ一般化線形モデルの関数 glm() で family = Gamma としたときに， デフォルトではリンク関数が 1/μ で分散関数が μ2 と設定されているかわかった． これは指数分布だ! R の family には指数分布がない …… つまり Gamma で代用しろってことなんだろう．
• 夕方すぎになって， M2 森君が修論のデータ解析がどーのこーのと言ってくる …… いまごろになって． そして現状をかんがみるに， 事実上まったく何もデータ解析できていない． いやはや．
• なかなか切り込むタイミングが難しい． こういうふうにぎりぎりもイヤなんだけど， かといって最初から「ああしろこうしろ」 とやると先方は何も自分では考えなくなる． これは院生によって反応にすごく個人差があるけれど …… とくに，もともと「自分では何も考えない」 ぽりしーを堅持しているヒト， ならばということで． また私じしんも先月・今月はひたすらばたばたしていた， ということもあるし．
• で， お茶部屋で 「そもそもどういうつもりでそういうデータとったの?」 というところから問診していく． でないとモデルが作れないし， モデルが作れないとデータ解析できない …… 現時点でこのあたりの説明があやふやなのがイタい． 苫小牧かつ樹木研究， ということで浦口さんにもちょっと同席してもらって 助けていただく．
• とりあえずサブモデルに分解するところまではできたんだけど， そういうのがどの程度まっとうなのか検討できる資料がない …… ということで今日はおしまい． うーむ． はやくも 半自動機械状態か?
• いやはやと思いつつ 2100 研究室発． 2120 帰宅． 体重 73.6kg． 晩飯．
• とはいえ， ああいうデータどうやって解析したもんか， と考えてしまう． 考え代行業者の看板でも掲げてみるか?
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.6 合． ハクサイ・ジャガイモ・豆腐のシチュー．
  • 昼 (1250): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ホウレンソウおひたし．
  • 晩 (2140): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ジャガイモ・豆腐のシチュー．