ぎょーむ日誌 2003-11-(21-30)

2003 年 11 月 21 日 (金)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 曇． ちょい雨． 気温は低くない． 0920 研究室着．
• 1000 より 論文セミナー ， 今日は D2 平尾君で種子の遺伝的不均質性から 樹木個体間の花粉やりとりなどを推定する， という論文を紹介． Wright の FST の連続距離版である ΦFT なる量を計算したりモデルから推定する， というもの (twogener analysis)．
• なぜかしら M2 大澤君いうところの human friendly モデリング話にトラップされる …… うーむ， この分野では 10 年ほど前に根絶させられたと言い伝えられてきた ratio-dependent model の残党がこんなところに． ということで， 本日は昼から夕方にかけて悪霊払いに時間を費す．
• ひさしぶりに北大構内走． 昼飯．
• カエデ原稿のなおし． なんかすさまじくリストラされちまって． まあ， 短くすることは良いことだと思うんだけど．
• Ratio-dependent な悪霊はこの世のキワまで追いつめた …… けど次の策がでないので， 時間かせぎのため R による作図を提案してみる．
• 某コンサル業の井田君からのメイル， 回答していて ふと気づくとどう見ても商売とは無関係そうな統計学問題が 混入してるよーな …… ともあれ来年 4 月までは無料御奉仕期間か? 将来の輝ける悪徳統計計算稼業における商業的成功を夢見て (「ふふふ， 私の手にかかればゆーいでない関係であっても ゆーいにしてみせますよ …… ただし金で買えるゆーい差には 相応の値段ってものがありましてね」 そうだそうだ， いわゆる p 値が小さいほど高い値段設定， 10000 / p 円てなかんぢにしてやろう)， 利害得失を見積もるのであった．
• しかしながら現実においては， 授業の準備と称して他のことをほうりだしてたツケを 支払う二日目であった． 下請け総量保存則の発見， いやいや「下請け仕事 == 利子つき借金」 の法則を見いだしつつありますよ． 2250 研究室発． 2310 帰宅． 体重 71.6kg．
• 2410 消灯．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 20. Just A Plain Texas Farm Boy
    • Statistics at Princeton
  • In spite of the general bent toward abstraction among the Princeton faculty, Sam Wilks was fortunate to have Luther Eisenhart as chairman of the mathematics department. Eisenhart was interested in all kinds of mathematical endeavor and liked to encourage junior faculty members to follow their own inclinations. Eisenhart hiered Wilks because he thought this new field of mathematical statistics held remarkable promise. Sam Wilks arrived in Princeton with his wife, pusuing a vision of applied mathematics that set him apart from the rest of department. Wilks was a getle fighter. He would disarm everyone with his ``just folks'' Texas farm boy attitude. He was interested in people as individuals and could persuade others to follow his vision, and he was extremely good at organizing work activities to accomplish difficult goals.
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1300-1340． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． キャベツ・タマネギ・ネギ・ジャガイモ・サケの味噌汁．
  • 昼 (1350): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． キャベツ・タマネギ・ネギ・ジャガイモ・サケの味噌汁．
  • 晩 (2320): 米麦 0.7 合． キャベツ・タマネギ・ネギ・ジャガイモ・サケの味噌汁．

2003 年 11 月 22 日 (土)

• 0920 起床． 朝飯． コーヒー．
• ひたすらでれでれと．
• 1330 小雪ふるなか自宅発北大構内走． 体重 71.2kg． 昼飯．
• 1610 自宅発． 曇． 1620 研究室着．
• しかし， 仕事すすまん． うう． 2150 研究室発． 2200 帰宅．
• 完全休養日とゆーか完全怠業日になってしまった． 2430 消灯．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 20. Just A Plain Texas Farm Boy
    • Statistics and the war effort
  • As the 1940s approcached, perhaps Wilks's most important work came from his consulting with the Office of Naval Research (ONR) in Washington. Wilks was convinced that experimental design methods could improve the weapons and the fire doctrines of the armed forces, and he found a receptive ear at the ONR. By the time, the United States entered World War II, the army and the navy were both ready to apply statistical methods in the American version of operations research. Wilks set up the Statistical Research Group-Princeton (SRG-P) under the National Defense Research Council. The SRG-P recruited some of the brightest young mathematicians and statisticians, many of whom would make major contributions to the science in the years following the war. These included John Tukey (who swung over entirely to applications), Frederick Mosteller (who would go on to found the several statistics departments at Harvard), Theodore W. Anderson (whose text book on multivariate statistics was to become the bible of that field), Alexander Mood (who was to go on to make major advances in the theory of stochastic processes), and Charles Winsor (who was to give his name to an entire class of estimation methods), among others.
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1330-1415． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): シリアル．
  • 昼 (1440): スパゲッティー． タマネギ・ブナシメジ・ホタテのシチュー．
  • 晩 (2330): スパゲッティー． タマネギ・ブナシメジ・ホタテのシチュー．

2003 年 11 月 23 日 (日)

• 0950 起床． なんかひたすら寝てるな． 朝飯． コーヒー．
• そして時間が有効活用できない． 1330 自宅発北大構内走． 今日は晴． 昨日の雪はほとんど融けてしまっている． 45 分間ほど走ってもどる． 体重 71.0kg． 昼飯．
• 1520 自宅発． 晴． 1530 研究室着．
• ぢりぢりと統計学授業の準備． あと一回で終了． 「割算すんな」 講釈の予定．

• しかしその後に日曜日の夜なのに， このようなところでくすぶってる大学院生たちの持ちこむ面倒にまきこまれる． 本日の教訓: 締め切りがせまってくると人間だれしも理不尽になる．
• 今年最後のサロベツ往復を無事に終えた M2 西村さんと， その子分 M1 たちが戻ってくる． 道北はけっこう積雪してたそーで．
• 2340 研究室発． 2400 帰宅． 晩飯．
• 2500 消灯．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 20. Just A Plain Texas Farm Boy
    • Statistics and abstraction
  • The theories of mathematical statistics, once thoght by mathematicians to be too mired in messy practical problems, have become clarified and honed into mathematical beauty. Abraham Wald unified the work on estimation theory by creating a highly abstract generalization known as ``decision theory,'' wherein different theoretical properties produce different criteria for estimates. R.A. Fisher's work on the design of experiments made use of theorems from finite group theory and opened up fascinating ways of looking at comparisons of different treatments. From this came a branch of mathematics called ``design of experiments,'' but the papers published in this field often deal with experiments so complicated that no parcticing scientist would ever use them.
  • The mathematics departments of American and European universities missed the boat when mathematical statistics arrived on the scene. With Wilks leading the way, many universities developed separate statistics departments. The mathematics departments missed the boat again when the digital computer arrived, disdaining it as a mere machine for doing engineering calculations. Separate computer science departments arose, some of them spun off from engineering departments, others spun off from statistics departments. The next big revolution that involved new mathematical ideas was the development of molecular biology in the 1980s. As we shall see in chapter 28, both the mathematics and the statistics departments missed that particular boat.
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1330-1415． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): スパゲッティー．
  • 昼 (1450): 米麦 0.7 合． 納豆． チンゲンサイ・ワカメ・煮干の味噌汁．
  • 晩 (2420): 米麦 0.7 合． ニラ・卵炒飯． チンゲンサイ・ワカメ・煮干の味噌汁．

2003 年 11 月 24 日 (月)

• 1020 起床． なぜか休みが続くと， どんどんずれてくるなあ． やれやれ． 朝飯． コーヒー． 1200 自宅発． 晴． 1210 研究室着．
• 授業の準備． いきづまると北大構内走に出たり， 昼飯くったり， リンゴをかじったり， 晩飯くったり．
• 2119 まーた地震か．
• 次回の統計学授業はひたすら下の図の説明に終始しそうだ． 生態環境の M1 連中の場合だと， 抽象的な例ではかえってアタマに入らんのでは --- 抽象的なハナシを聞くときに， 必要に応じて アタマの中で具象的な例を自力構成したりする習慣がないんでは， という憶測が形成されつつあるんで， 少々ばかばかしいような気もするんだけど 「架空のサカナ，サイズによって性転換する」 ということにしてみる． 90 分間とゆーのは聞かされるほうにとっては 長くて長くてウンザリさせられるわけだが， 説明するほうとしては何と言いますか 90 分間では一つのことぐらいしか 説明できんなあとゆーのと， 90 分間もぶっとーしで説明せんといかんのかよいやはや たちのせめぎあいなのである．

[さかな]

てきとーです

• 2200 研究室発． 2220 帰宅．
• 2420 消灯．
• [今日の素読]
  • 今日明日はむりそう
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1515-1550． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・ワカメ・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1610): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． サロベツ遠征隊の残りもの． 塩辛いサケ鍋．
  • 晩 (2020): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． サロベツ遠征隊の残りもの． 塩辛いサケ鍋．

2003 年 11 月 25 日 (火)

• 0710 起床． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 曇． 0820 研究室着．
• ちかごろ不動産うりこみ電話攻撃が多い．
• 授業の準備． 作図に時間とられる．
• 1300 講座セミナー， 今日は下野さんの軽井沢報告． 講座内の隠れ蟲まにあたちが喜ぶ内容でした．
• 授業の準備． なぜか， ススまん．

[某大学院生の机上]

まだどーぴんぐする季節でもないと思うんだが ……

• なぜか今回は準備の進捗がひどく遅い． 2330 研究室発． 2340 帰宅． 体重 7x.xkg．
• 2430 消灯．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・ワカメ・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1410): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． サロベツ鍋の残り．
  • 晩 (2030): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． サロベツ鍋の残り (終了)．

2003 年 11 月 26 日 (水)

• 0710 起床． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 雪． 0820 研究室着．
• よーやくにして， 授業の準備がぢりぢりとススみはじめる． どうして， いつも直前にならないと進捗しないのだろう ……
• 1400 前にひととーり準備できた． 昼飯． 昼飯後も見なおし作業．
• 1630 統計学の 授業， 全 3 回の最終回． 今日は二項分布なハナシとモデル選択のとりかかりをゆるゆると説明する． いつもより 10 分ほど早く終了． とゆーのも， いろいろな教官が交替で授業していく， この「生物多様性論 I」もこれにて終りなんで， とりまとめの木村さんが登場して受講者に 何やら書かせたりする時間をとらねばならんので．
• 研究室にもどってばてる．
• う． 浦口さんから作図プログラムのバグ指摘． 胃が痛い …… 調べてみると， 単純ミスだとわかったんでひと安心， と言いますか．
• なぜか， 某院生が違法 copy インストールしてるゐんどーづ 2000 のプリンター設定 …… 時間かかる． なるほど， Epson の Postscript プリンターであっても， そのドライヴァーは Epson にとりにいくのではなく， 独占企業 Adobe 社のサイトに行くべきなんだな． どうにかこうにか設定できた．
• 授業おわってひと安心， と言いたいところだが， 来週もまた解説セミナーやらんといかんような事態に追いこまれつつある …… 対象はおもに講座内外の一部の人々， なんで M1 あいてのそれよりはラクなんだろうけど．
• 脱力したのか何もかもススまず． あれこれ締切その他が見えてくるこのシーズンにになると (今年度最後の D 論予備審期限は来月上旬なんだよね)， お茶部屋にあやしげな人々がたむろして あやしげな会話に没頭していたりする (それはむしろ目前の問題とは まったく無関係なコトどもに関する議論であったりする) …… これにトラップされるとかなり疲れる． 2210 研究室発． 2220 帰宅． 体重 70.8kg． やや統計学やせ．
• 2410 消灯．
• [今日の素読]
  • うー
• [今日の運動]
  • うんどうもしてないなあ
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 米麦 0.7 合． ハクサイ・マイタケの炒めもの．
  • 昼 (1410): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ハクサイ・マイタケの炒めもの．
  • 晩 (2250): 米麦 0.7 合． ニラ・卵の炒飯．

2003 年 11 月 27 日 (木)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 晴． 0900 研究室着．
• くねくね曲線の生成に午前を費す． ふーむ， くねくね．

• 1300 北大構内走． もどって昼飯．
• うーむ． M2 大澤君が glm(..., family = poisson(log)) の推定結果にみょーな「意味」を見いだしてしまってるよーな． アヤしいので， かとー先生ともどもに「ともかく図に描いてみたら」 と …… じつはこれは本日の夜にある種の artifact だったと判明する． ということで， 統計学的解析における最重要技法のひとつは， 「可能なかぎり作図してみる，作図を工夫してみる」 ということである．
• 一般化線形混合モデル (generalized linear mixed model; GLMM) を計算する R package である glmmML について， ひとつまた明らかになった …… glmmML 作者の Göran Broström 氏が 回答 してるよーに， 推定結果の data frame の中の frail なる項目が， ランダム変量の条件つき期待値 (conditional expectation) である．
• 1630 より Trendy セミナー， 本日は城田さん (北大農造林 サイトに紹介あり)． ヤクーツク近辺のカラマツの樹冠， 20m ちょいでそれ以上は高くならないんだけど， その状況でどうやって葉っぱを維持してるのか， という問題． 樹冠が横にひろがる， ということはなさそうで， 樹冠「うちがわ」の後生枝がぢりぢり伸びてと葉を展開していくらしい (カラマツの後生枝な短枝の実例の写真は道立林試験上の ペイジ にあったり)．
• その後に城田さんたちと晩飯に出る． 研究室もどる．
• 2250 研究室発． 2300 帰宅．
• 2430 消灯．
• [今日の素読]
  • なかなか再開せんのう
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1300-1340． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.7 合． 納豆．
  • 昼 (1410): 北大生協サンドイッチ．
  • 晩 (1840): 駅南の マンジャーレ でパスタなどなど．

2003 年 11 月 28 日 (金)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 晴． 0850 研究室着．
• 1000 論文セミナー， 今日は小菅せんせーが subdioecy --- 雌雄異株 (dioecy) と雌性両全性株 (gynodioecy) の中間 --- な植物の fruiting male (結実オス?) な花の存在が何で決まるか， という論文の紹介． 進化生物学的には わけわからんパターンがいろいろでました， という内容を選ぶところは さすが情報隠匿者として高名なる小菅せんせー， というかんぢなんだが， その内容すら隠匿しようというするんで (おそらくいつものごとく 「この内容は自分だけが知ってれば楽しめばいいんだ」 というような出し惜しみであろう)， いろいろ査察質問してみたり．
• 北大構内走． 寒いけど雪なし． 晴． 昼飯．
• 授業おわったと思ったら， 一般化線形混合モデルに関する 小解説やることに． 私は自滅願望があるんでしょうか．
• 講座内外の大学院生その他のあいだで風邪が蔓延してるよーで ……
• 1820 研究室発． 現金取得すべく南下する． 財布中の残高 13 円なんで． そしていったん駅の南から北上しようとすると， 毎度毎度のごとく本屋にトラップされてまっすぐ帰れん． 2030 帰宅． 体重 71.4kg．
• う， 粕谷さんからまた難しげなコトを ……
• 2400 消灯．
• [今日の素読]
  • うーむ
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1240-1315． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． ハクサイ・マイタケ・豆腐の炒めもの．
  • 昼 (1340): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ハクサイ・マイタケ・豆腐の炒めもの．
  • 晩 (2100): 米麦 0.7 合． ハクサイ・タマネギ・ブナシメジのカレー．

2003 年 11 月 29 日 (土)

• 0910 起床． 朝飯． コーヒー． 1100 自宅発． 曇ちょい雨． 1110 研究室着．
• いまだに続いてるシウリザクラ下請けぎょーむ．
• 雪はふらずに雨がふる．
• どうも昨日あたりから額右にみょーなできものというか 腫れがあってですね …… こいつが原因で顔表面右側の神経がぴりぴりと痛みつづけ， ときどき頭痛がバーストする， と少しばかり悪しき症状． 寝込むにはほど遠いんだけど， 常に不快感がつきまとってるわけで．
• こういうときにかぎって難しいプログラミングぎょーむ …… なかなか拷問的状況だ． バグがとれん． しかも近ごろ R ばかりでプログラム書きばかりやってて， Perl の複雑なコーディングはひさしぶりだ． syntax error その他連発．
• 2330 すぎによーやく完成． 個体内の一部の葉だけなんだけど， それを 70 個体ぶん以上を毎週しつこく追跡してる 大澤データ (2002-2003 年) つかって， 一般化線形混合モデル (GLMM) を使った葉っぱ動態の パラメーター推定やってきたわけだが …… 今日つくったのはその結果をもちいた葉っぱ動態シミュレイションだ (つまり GLMM の結果を「もどす」)．
• 葉のフェノロジーとか研究してるヒトはたくさんいるんだけど， それをこのように確率論的モデルとしてとらえ， 個体群動態的に再構成しようといった試みは ほとんどないに違いない． とゆーのも， その「もと」となるのはかくのごとき観測に労力を費す面倒データだし， 解析するためには面倒データベイスと面倒推定計算が必要とされるからだ．
• ずつーがひどいので本日はここまで． というか， ここまで作ってしまえば後は大澤君 (Perl 3-4 段) に引き継いでしまえばよいだろう． 2410 研究室発． 2425 帰宅． 体重 71.2kg．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 米麦 0.7 合． ハクサイ・タマネギ・ブナシメジのカレー．
  • 昼 (1430): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ハクサイ・タマネギ・ブナシメジのカレー．
  • 晩 (2440): 米麦 0.7 合． ハクサイ・タマネギ・ブナシメジのカレー．

2003 年 11 月 30 日 (日)

• 0920 起床． 朝飯． コーヒー． 自宅の救急箱をひっくりかえす． 福利厚生がみょーに充実していた NASDA 傭われの時期にもらった 薬品類がいろいろストックしてある …… 殺菌消毒パット リバガーゼ Fなるものがたくさんあるんで， それを使うことに．
• 仕事あるのに病気を口実にでれでれする．
• 昼飯くってから 1300 自宅発． 曇ちょい雨． みょーに気温が高いな． 1310 研究室着．
• さっさと一般化線形混合モデルの小解説の準備をせんといかんのに， (まあ，無関係とはいえんが) R の xyplot() による作図問題に没頭してしまう．

[xyplot() とは]

こーゆうものです． nlme library に入ってる． 個体ごとに観測データとモデルによる計算を比較している． よけーな割算などやらずにこういう作図するのが重要であり， それゆえに R には「データを視る」ための工夫がいろいろとある．

• このあたり大澤君にわたす． で， よーやくにして一般化線形混合モデル (GLMM) の例題づくり．
• 2050 研究室発． 2100 帰宅． 体重 71.2kg． 晩飯．
• 神経痛 & 頭痛な奇病に関して 「帯状疱疹では?」 とのご指摘いただき …… たしかにこれって 疱疹 (herpes) では， という気がしてきた． 単純性疱疹 ではないかなぁ． 原因は下請け生活でアタマを使いすぎてるためだろーか …… うむ， アタマを使うと頭部の免疫力が低下， という新理論はどうだろう．
• しかしそうすると「殺菌」は意味ナシか?
• 粕谷さんの統計学啓蒙文書に返事を書いてみる． やはり時間がかかってしまう …… 2 時間ほどか．
• 2430 消灯．
• [今日の素読]
  • とゆーことで， 本日も時間ナシ
• [今日の運動]
  • 病休っつーことで
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): 米麦 0.7 合． 卵炒飯．
  • 昼 (1230): 蕎麦．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・タマネギ・エノキダケの炒めもの．