ぎょーむ日誌 2002-03-25

2002 年 03 月 25 日 (月)

• 0610 起床． ねむい ……
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． シャワー．
• 0700 自宅発． 晴れ． 特急に乗って 0709 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0733 京急上大岡発． 0750 研究所着．
• 東京都太田区は転出届を郵送で処理してくれるらしいで， 区役所サイトから書式の PDF ファイルをダウンロードして記入する． あ， 切手とかないや． あとで出そう．
• 往路の京急電車の中で眠気をこらえていると， また研究発表とは直接には関係ないアイデアを思いつく …… 現在， 三次元虚業ライブラリでやらせている開空度 (らしきもの) の計算， PipeTree なんかだと自宅の非力闇ルーター Mate (メモリ 128MB) でもなんとかできるんだけど， 小川計算でちょっと樹冠つぶつぶの密度を高くすると paging が発生して計算速度がガタ落ちになる． つまりはメモリの使いかたが贅沢すぎるわけで．
• これを解決するにはどうしたらよいか …… いろいろ策はあるけれど三次元実存 Vit に持たせる情報を減らすってのはどうだろう． たとえば座標セットを文字列で持たせるとか …… と思ってコード見直してみると， それ以前にいろいろと削れそうな部分があることに気づいた．
• いずれにせよ改造は今後の課題だ．
• …… と思いつつ， ちょっと改造してしまう． 各種の Vit に持たせていた nearest_point という座標を削除してみた． しかし， xosview でながめてるかぎり， あまりメモリ使用量が減ってないなぁ．
• もうちょっと削ってみる． こんどは top コマンドでちゃんと調べてみると …… メモリ占有率 52% (166MB) → 37% (118MB) と減少してるか．
• それじゃあ， 鏡面地形 & 周期境界条件をやめて， もともとの 6ha 地形 & 反射境界条件を採用してみると (Vit の個数が約 1/4 になる) …… メモリ占有率 10% (32MB) か． 計算時間は 16 分→ 10 分． 観測点の個数は同じなのに計算時間は短縮されている． fvision.RegistVit() に意外と時間がかかっていたのか．
• これの計算結果はどうだろ． 全樹種・全個体の直径成長確率論的モデルの 最大化対数尤度 (MLL) は 4.834e+3． ちょっと減少してる． たぶん境界付近でヘボくなってるんだろう (完全に「筑波ガマ油流し状態」なってるため) …… しばらくはこっちの境界条件を使いましょうかね． パラメーター推定しかやらないし．
• もいっぺんしつこく計算してみると， 最大化対数尤度 (MLL) は 4.842e+3． やはりこのあたりか．
• おなじ条件で「明るさには無関係」 という直径成長モデル (パラメーター個数が樹種数ぶんだけ少ない， つまり 24 個少ない) で計算してみると MLL は 4.796e+3． ということで， 順当に AIC の基準は満たしている (「明るさ依存モデル」のほうがマシ， というモデル選択)． 「明るさ無関係」を帰無仮説とする χ二乗検定では p = 6.71e-10． ま， これだけ尤度に差が偶然にでてしまう確率は 10 億ぶんの 1 未満ということのようで．
• とはいえ， 24 樹種まとめて AIC モデル選択も検定ってのも …… いや， どの樹種も関数型は同じだからこういうのもアリか?
• などと今回の話のキモである尤度 (ゆーど) のまわりでうろうろしてるうちに 午前中終了．
• 1205 トイレでジャージ上下に着替えて 独房群内の人目につきにくい経路を選んで脱柵． 今日も晴天． 富岡総合公園 前峰までゆっくり走って登り， 頂上でストレッチング． 反対側に降りて主峰に登る． 南東展望台から房総半島眺めて 引き返して 1245 独房群帰着． 昼飯．
• 昼飯食いつつ確認計算してるうちに， 上記の「明るさに依存」しないはずの帰無仮説ちっくモデルが 「明るい・暗い」の度合に依存してると気づいた． 単純ミス． で， 再計算してみると
  • 「明るさ無関係モデル」最大化対数尤度 4.631
  • 「明るさに依存モデル」最大化対数尤度 4.825
  じつに対数尤度差 (尤度比の対数) が 200 ちかくもひらいた (パラメーター数の差，つまり自由度は 24) ……
• いやー …… 私はこんなふうに計算機内の三次元仮想森林で 「明るさ」つまり開空度 (らしきもの) の計算 うだうだやってるんだけど， 「もしかしたら局所的明るさの憶測値の影響って， そんなにはっきり観測データからは読めないかも」 などとときどきは疑ってみたりはする．
• ところがこの結果みたいに， 明るさを考慮した直径成長モデルのほうが 対数尤度差にして 200 つまり 7.23 かけるの 10⁸⁶ 倍も 「尤もらしい」(データに当てはまってる確率が高い) という結果になってしまうと， かなりびっくりさせられる．
• ということで， まずはこういう計算結果は信用せずに， とりあえず再計算させてみながら どこかに間違いがあるんでは， と考え直してみる．
• いぜんとして樹冠はすかすか． しかしこういう形態のほうが 直径成長をうまく説明できてしまう， というのが不思議なところだ． まだまだ謎が多い．

• 複写機置場兼流し区画で緑茶を淹れていると 観測水環境の栗田さんがコーヒー淹れにこられたんで， ひさしぶりに雑談 (独房郡内雑談は数ヶ月ぶり， というような)． 実力者が次々と去って行く北大某部門ネットワークで 今後はどう快適に暮らしたらよかろーか， という議論． とりあえず私は研究室闇ネットを整えるという方向で．
• 最大化対数尤度の差， ちょっと調べてみたら 一年前にやった計算 でもほとんど同じぐらい変化してる， とわかった (たぶん今回のも周期境界条件にもどせば 200 超えるだろう)． 自分で計算しててまったく忘れてた． まぁ， こういうモンなのか．
• ちょっと発見 GhostscriptViewer の小技． gv file.ps -scale 2 で二倍に拡大されるのは man gv にあるとーりなんだけど， gv file.ps -scale -2 と負の整数を指定するとサイズが半分になって出る．
• メモリ使用量も減ったことなんでもうちょっと「暗い森」 を作ってみる …… 最大化対数尤度 4.796． なんで「すかすか森」のほうが「よくあてはまる」んだろうね． 謎．
• 1800 より今日は NASDA 傭兵更新しない面々 (事務の人たちと研究屋) の追い出しなど小宴会が 独房群食堂で開催され， おそれおおくも私も呼んでいただいたので出席した． ふだんしゃべる機会がないヒトたちと とりとめもなく雑談してみたり．

[利他的なパーティー] 楽しいひとときでした． どうもありがとうございます．

• 2055 研究所発． 普通に乗って 2111 京急杉田発． 快特に乗り換えて 2118 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 2138 京急川崎発． 2200 帰宅．
• 宴会ばて． あ， 区役所に転出届けを送らなくては． 返信用切手も買って．
• 今日の食卓
  • 朝 (0620): 米 0.6 合． ダイコン・ニンジン・シイタケの味噌汁． コマツナおひたし．
  • 昼 (1255): 弁当． 米 0.8 合． コマツナおひたし．
  • 晩 (1815): 独房群食堂料理 …… よくもわるくも大学生協食堂準備の 気軽なパーティー料理， みたいな．