ぎょーむ日誌 2002-12-(01-10)

2002 年 12 月 01 日 (日)

• 0930 起床． 朝飯． コーヒー． でれでれと． 1230 自宅発． 晴． 無雪状態． しかし， ちかぢかまた雪がどかっとふりそうな気がする． 1240 研究室着．
• これまた博士論文準備が「佳境」に入りつつあるユニさんから 統計学相談． リター落下量と窒素・リンの …… ぢう回帰ですか． いや， 私が「やったら」とか言ったんですけどね． いかんせん窒素-リン間の相関が強いので， これらそれぞれを独立変数とするモデリングはあまりよろしくない， という結果のよーで …… まぁ， 野外観測データなんてそんなもんです．
• ユニさん・下野さんの博士論文予備審は次の金曜日． 本審査がなかばセレモニーと化しているので， 予備審こそが defense のカナメとなる …… と言いたいところだが， 北大では候補者と審査員の猛烈なる取っ組み合い， というのを見たことがないような．
• また PipeTree の改造 …… というより三次元虚業ライブラリのほうの改造ですな． ライブラリの虚業度を高め， 汎用性を増す方向に変えていく．
• ひと段落ついたので北大構内走に出る． 1650 研究室発． 札幌でこの時期の 1650 といえば， すでにほとんど夜である． さすがに寒い． 1720 研究室もどる． 昼飯． すでに夜なんだが．
• ふたたび PipeTree + 三次元虚業ライブラリの改築作業． 今回の改築のポイントはライブラリの虚業化， とくに抽象化された三次元実存 Vit への視線 Gazeの アタリ判定にまつわる周辺のそれををさらにススめることにある．
• この部分はいまのところこのように変更された． 以下は虚業ライブラリの中の動作だけを書いている．
  • 総合虚業窓口 Fvision が観測視線 Gaze を一本えらび， が観測眼 Eye にこの Gaze を始めると宣言する．
  • なにしろ虚業なので Fvision はすぐに下請けにして 三次元区画 (ヴォクセル) もとぢめたる Voxels に Eye と Gaze をそえて仕事を丸投げしてしまう．
  • Voxels は三次元検索やって この仕事を担当すべき下請け Voxel 部分集合を探しだすだけ． で， そちらに Eye と Gaze をそえて仕事をまた丸投げしてしまう．
  • Voxel はその三次元区画内にうろうろしてる Vit にアタリ判定をまかせてしまい， アタってるようだったら その後の処理は Eye に押しつけてしまう．
  • 虚業ライブラリ内における Vit と Eye は純粋仮想関数なるものを ならべただけの文字どーり 無能な基底クラスである． そこで上のようなアタリ判定だの その後の処理だのはライブラリ利用側 (つまり PipeTree とか 小川シミュレイターとか) で準備されるこれらの派生クラス (VitCylinder だの EyePipetree だの) へ実際の計算ぎょーむは 託されることになる．
  • ここまでの一連の処理が終ったら Fvision は観測視線 Gaze 上の近傍観測点を動かす． しかしながら， それも面倒なのでまた別の下請けたる TravelGuide に丸投げしてしまう．
  • TravelGuide は視点を動かすにあたって， しち面倒な周期境界条件計算その他をこなす． このあたりはなぜかしら ライブラリ内でまぢになって精密複雑計算しており， 虚業ライブラリらしくない． 将来的には虚業化すべきだろうか? しかし三次元実存・観測眼とは異なり 境界条件処理は generic かつ 書き直すのがたいへんなので， 利用者側にやらせるべきではない．
  • Eye もしくは TravelGuide が終了宣言をだすまで上のループを繰りかえす (つまり一本の Gaze の処理)． 終ったら Eye にこの Gaze を終ったと宣言する．
• 改造前はもう少し総合虚業窓口 Fvision が細かい仕事をしていたんだけど， やはりこのあたりは無能に徹するべきだとサトったので， かくのごとくいよいよ空洞化が進行している今日この頃なのである．
• 予備審接近美談． 食べもののにおいがするので， ふらふらとお茶部屋にいくと， 「予備審なヒトたちのために作りました」 というカレーの大鍋が． これを準備したのは， いつも不審行為ばかり記録されることの多い D1 小菅せんせーであった ……!

[予備審対策カレー] 私もおしょうばんにあずかってしまった． 小菅せんせーには善行章一本がついたのは 言うまでもない．

• PipeTree + 三次元虚業ライブラリ改造だけで土日が終りつつある． とくにつまずく箇所もなく たんたんと改築作業と動作試験がはススんでいるんだけど， まだ終らない． 2310 研究室発． 2320 帰宅． 体重 73.4kg． 晩飯後だとこんなもんかな．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1650-1720． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): パンケイキ． コーヒー．
  • 昼 (1750): 研究室お茶部屋． 蕎麦．
  • 晩 (2100): 米麦 0.7 合． 予備審対策慈善カレーの おしょうばんにあずかる．

2002 年 12 月 02 日 (月)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0855 自宅発． 雪． 0905 研究室着．
• 午前中もしつこく三次元虚業ライブラリ改善のつづき． 天球光源分布モデルのりすとら．
• 1210 北大構内走に出る． 晴……と思ってたら雪が少しぱらついてきた． 1245 研究室帰着．
• 1300 講座セミナー， 今日は D1 平尾君の方法論紹介， ということで植物メタ個体群における遺伝子流動の推定， というハナシ． セミナー室で昼飯を食う． 地理的距離-遺伝的距離だの季節的距離-遺伝的距離だのの Mantel 検定もよろしいが， やはりこれってサイト specific な メタ個体群動態モデルを作らんといかんのではなかろーか．
• 英国から巨大な袋に入ったクリスマスプレゼントがとどく …… Bazzaz 本 が Cambridge Unversity Press から到着した． ちょうど 2 週間ぐらいか． さいしょ Amazon.co.jp に頼んでたんだけど， いつまでたっても発送されないんでキャンセルして 出版もとに依頼したわけだ． なんでもかんでもよく考えずに Amazon してはいかんな．
• またまた三次元虚業ライブラリの手直し．
• D 論予備審ふたり組から原稿見て下さいとか 明日の練習きてくださいとか， いろいろと依頼をいただく …… いちばんヒマそうに見えてるんだろうなぁ． 実のところ私にできる芸はせいぜいデータ解析のひねりぐらいなんで， 予備審が今週金曜日にせまってる現状では むしろ主査・副査に特化した対策を 考えたり練習したりするほうがよいような気がする ……
• お茶部屋で浦口さんにあったので， 10 日ほど前に話して 「あとで考えます」 状態におかれていた計算改善のアイデアについて ご意見うかがおうとしたところ …… またまた時間かせぎに持ちこまれそうになったんで， ここは捕捉して細部の検討にもちこんでしまう． これを逃すと今度は半月ほど待たされそうだったんで． 私が細部を説明して浦口さんがそれにつっこむ， というふうにハナシがすすむ．
• まぁ， だいたい想定範囲内の defense で片づいた． しかし概念の説明の順番を間違えてしまうと， わき道にそれちゃって元に戻るまでえらく時間がかかるんで， このあたりは時限爆弾を解体するがごとくに慎重に慎重に …… と注意したんだけど， 何度か爆発させてしまったのでした．
• だいたいツメられてきたかなぁ， というところで日朝交渉打ち切り通告． うーむ． 今後に交渉の余地を残してるようなんでヨシとするか． 2050 研究室発． 2105 帰宅． 体重 73.2kg．
• 晩飯．
• [今日の素読]
  • Fakhri A. Bazzaz. 1996. Plants in Changing Environments: Linking Physiological, Population, and Community Ecology. Cambridge Unversity Press.
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1210-1235．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． ハクサイ・タマネギ・シイタケ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1255): 弁当． 研究室セミナー室． 米麦 0.8 合． ハクサイ・タマネギ・シイタケ・卵の炒めもの．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・シイタケの炒めもの．

2002 年 12 月 03 日 (火)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． おっと呪われ C++ 本を読んでたら時間が． 0900 自宅発． 晴． 0910 研究室着．
• じつは小型ハードウェアも熱心に布教しておられる 京都の長谷川宣教師殿から某背教者弾劾の激烈なるメイルいただく． 一連の経緯はネット上のあちこちで読めるんだが …… たとえば これ ．
• また三次元虚業ライブラリの手直し． 最終的には抜本的な高速化というかオプショナルな手抜き計算も 選択できるようにしたいわけだが …… その準備段階というか． コード書き直し， make， 試験運転 …… のくりかえし．
• まーた北大と外部のネットがとぎれた． 1120 ごろから． 1200 ごろ回復．
• 1220 北大構内走発． 快晴． 路上に雪ナシ． これでホントに 12 月の札幌かと思う． さすがに太陽の南中高度は低いが． 1255 研究室帰着． 昼飯．
• 今度はライブラリ利用者側つまり PipeTree の 動作試験が延々とつづく ……
• 計算待ち時間に統計学ソフトウェア R で遊んでみる …… こういうふうに 関数ならべるだけ で下のような解析ができてしまう (もとデータはこれ)．

	Call:
	glm(formula = y ~ 1 + x, family = binomial(logit), data = xy)

	Deviance Residuals: 
	     Min        1Q    Median        3Q       Max  
	-3.04534  -0.31143  -0.06511   0.31177   2.66082  

	Coefficients:
		    Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)    
	(Intercept)  -2.2899     0.5224  -4.383 1.17e-05 ***
	x             1.0172     0.1844   5.518 3.43e-08 ***
	---
	Signif. codes:  0 `***' 0.001 `**' 0.01 `*' 0.05 `.' 0.1 ` ' 1 

	(Dispersion parameter for binomial family taken to be 1)

	    Null deviance: 167.535  on 120  degrees of freedom
	Residual deviance:  63.984  on 119  degrees of freedom
	AIC: 67.984

	Number of Fisher Scoring iterations: 5

deviance の訳語として 尤離度 なるだじゃれたものを S-Plus 訳本でみかけた． ネット上で検索してみると， ある程度は普及しつつあるようだ．
• さらに描画の関数を 追加 していくと， こういうふうに楽しく作図ができてしまう．

• 1800 からユニさんの予備審練習に出る． すでに前回で内容についてはいろいろと指摘したので， 今回は「全体が 40 分ぐらいで終るか」 というような時間配分のチェックなど．
• PipeTree は問題発生してないようなので， 計算させたまま帰宅． 2050 研究室発． 2100 帰宅． 体重 73.4kg． なぜか体重増．
• [今日の素読]
  • Fakhri A. Bazzaz. 1996. Plants in Changing Environments: Linking Physiological, Population, and Community Ecology. Cambridge Unversity Press.
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1220-1255． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・シイタケの炒めもの．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 蕎麦．
  • 晩 (2150): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・鮭のカレー． いやはやクリームシチュー作ろうと思ってたんだけど， 固形ルウの買いおきがなかったもんで． 研究室の冷凍庫からいただいてきた 鮭の切り身にはなぜかしら燻製香らしきものが付着している ……

2002 年 12 月 04 日 (水)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 晴． 0900 研究室着．
• この程度の計算やるには十分な性能もってるんでは， と思ってた BookPC (PentiumIII 733MHz, RAM 256MB) で実行させていた PipeTree 集団状態， 現在のパラメーターセットのもとでは シュート数が増えすぎてしまったんで， それを救済するべく Linux カーネルは 猛烈なる paging をやってる． とりあえず試験運転停止．
• 今日， 登校中にいろいろと考えてみたんだけど， 近ごろ計画している三次元虚業ライブラリの 怪しげなる「高速化」という技法では それほど速くならないかもしれない …… 一方で， いったんこういう paging が生じてしまえば 事実上作動停止に近い状況に追い込まれてしまうので， 1 ステップの処理の効率が悪くなっても まずは「そうならない」ことを保証する技法が必要とされる． で， これらふたつの技法は共通のワザによって達成される …… すなわち， ランダムアクセスファイル (RAF) である．
• 整理しておくと
  • 三次元実存 Vit をなんらかのカタチでシリアライズして RAF に書き出し・読みこみを やるとメモリ不足からはまぬがれる． ただし計算速度は遅くなる．
  • 明るさ計算を高速化するために， 三次元区画空間 Voxels の三次元明るさ分布を RAF に caching しておくと全体の計算速度は …… 速くなるハズなんだが見積りとしては びみょーなところですよね， これが．
• いずれにせよ， 汎用 RAF 操作クラスというのを作って， それを要所に組み込んでいくことになるので， 大改造になってしまうのは間違いないところだ．
• さらに私は計算業者やりはじめておよそ 10 年が経過してしまったんだけど， いままで一度として RAF を使ったことがない． 試行錯誤と動作試験にあけくれることになるんだろう． ついでに呪われ C++ が吐きだした RAF つまりバイナリファイルをケガれ Perl で読みこんだり， という派生ワザの開発も必要だ．
• しかしこれをやらないと …… PipeTree 簡単化がススまなくなる． 簡単化は至上目的なので 技術的に可能なかぎり達成されなくてはならない． ということで， RAF 技術系の開発に着手しなければならないんだけど， そのタイミングと工程が問題だ．
• 他の計算ぎょーむもあるので， この件に関してはしばらく「待ち」とする． 三次元虚業ライブラリの今のヴァージョンと それに対応する PipeTree は現時点をもって凍結． 保管処理． 次に手を加えるときは新ヴァージョンとする．

[PipeTree 2002e] …… とゆーヴァージョンでした． 左の図 (age 21) は， 毎年のかせぎの 25% を意味もなく 地下部に投入してる状況． 「純粋炭素植物」でなくなったため， それなりに見てくれは良い． 次は 2003a とする予定．

• う， 召集令状がきた …… 1/19 (日) センター試験監督， ですか． これはとてもイヤな 悲惨きわまりない雑用になりそう ……
• 1210 北大構内走発． 今日も気温高い． 1235 研究室帰着． 昼飯．
• 1300 より Bazzaz 本解読会 ． 今日の担当は M2 奥田君． 草本植物間競争なかなかおもしろそうに見える． 1520 終了．
• いろいろやらねばならぬ作業のうち， もっとも安易そうなものに着手する． すなわち M1 大澤君シウリザクラデータの 簡易データベイス．
• しかしバテたので撤退． 1840 研究室発． ひさしぶりに古本屋をうろうろする． 1930 帰宅． 体重 74.2kg． なぜか急増．
• 晩飯食ったらすぐに寝てしまって， 目がさめると真夜中．
• [今日の素読]
  • うーむ．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1210-1235． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・鮭のカレー．
  • 昼 (1250): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・鮭のカレー．
  • 晩 (2000): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・鮭のカレー．

2002 年 12 月 05 日 (木)

• 0830 起床． 0840 自宅発． 晴． 0850 研究室着． コーヒー．
• 1000 から 1300 まで博士論文予備審練習につきあう． 今日は下野さん．
• 1305 北大構内走発． 晴れてるけど寒い． 1345 研究室帰着． 昼飯．
• ホントかどうかよくわからぬところだけど， 樹木の太さ成長の平均値とゆーのが その標準偏差にほぼ等しい， というようなハナシを甲山さんが持ってくる． なにか面倒なところにくっつけようとするので， そこはまず分断しておいて， 問題を考え直してみる．
• つまり太さ成長に関与する内在的・外在的因子が固定されている， とみなしてよいある観測期間において， その太さ成長量がどういう確率分布に従うのか， その確率分布はどういう確率過程が生成したものなのか， を特定する問題に他ならないということだ．
• しかしそれ平均値と標準偏差の計算以外はあまりやる気がなさそうなんで， この問題はそれ以上はススまず． べつに私のほうはどうでもいいんだが．
• 昨日古本屋で買った 「推定と検定のはなし」 (蓑谷千凰彦, 1988, 東京図書) がなかなか面白いので， ついつい読んでしまう． フィッシャー，ピアソン親子，ネイマン，ゴセット，エッジワース たちの評伝のところとか．
• しかし仕事はススまず． 1850 研究室発． 1900 帰宅． 体重 74.0kg．
• どうも仕事がはかどらん．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1305-1245． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 研究室お茶部屋． リンゴ． コーヒー．
  • 昼 (1400): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・鮭のカレー．
  • 晩 (1920): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・鮭のカレー．

2002 年 12 月 06 日 (金)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 晴れ． しかし寒い． 0840 研究室着．
• 朝からお茶部屋で D1 小菅せんせーが小麦粉をくるくるとといているので， 粘度からみてクレイプでも焼くのかネと尋ねると， 今日はユニさん・下野さんの予備審慰労をせねばなりません と答へるので， そりやあ感心ゝゝといつて褒めると， ぢつは横須賀出身宰相のちかごろの有言不実行ぶりは 横須賀市民として慚愧に耐へぬので， 自分ばかりはこうして 「予備審終了→クレイプ焼く」 という以前からの約定を果たし 面目をほどこすつもりでありますと言ふ． いろいろな歳末の過ごしかたがあつたものだ．
• 予備審は (誰の場合でも) 非公開， ということなんだけど 私は (審査員でもないのに) 出ろということに． なぜかとゆーと ……
• 1000 から 1140 までユニさんの予備審． 私は質疑応答の記録． 無事終了．
• 1150 から 1310 まで下野さんの予備審． 私は質疑応答の記録． 無事終了．
• お茶部屋では 小菅せんせーがクレイプ助っ人として招集した田口君なども 準備作業にくわわりクレイプ焼き．

[予備審クレイプ] ということで 横須賀市民の面目は保たれたのでした．

• 昼飯食ってから午前の記録のまとめ． 下野さんのほうは質問多くなかったので (昼飯時間にかぶさる予備審だったせいかも)， 紙に書いた記録メモをそのまま渡した． ユニさんのほうの試問では細かい質問が 脈絡なくたくさん出たんで面倒だ． しかも審査員たちが日本語でややこしいこと聞いたんで， 英語・日本語に堪能なるインドネシア人・ユニさんも 質問ききとりにやや不安でしたというので， 英文に直して清書してみる …… で， いつものごとくこういう作業は時間くって， 1600 すぎに終了． 送信．
• どうもバテたのか， 今日も仕事はかどらん …… 1850 研究室発． 1900 帰宅． 体重 74.4kg． この急増は水分収支の問題に他ならないんだろうが …… いったい何が原因なんだろね．
• [今日の素読]
  • うーむ
• [今日の運動]
  • こっちもナシ， か
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.8 合． ナバナ・タマネギ・マイタケの炒めもの．
  • 昼 (1330): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ナバナ・タマネギ・マイタケの炒めもの．
  • 晩 (2000): 米麦 0.8 合． ナバナ・タマネギ・マイタケの炒めもの． ネギ・マイタケ・豆腐の味噌汁．

2002 年 12 月 07 日 (土)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー． でれでれと本など読んでみたり．
• 1320 自宅発北大構内走． 曇． 雪は降ってないけどそうとうに寒い． 1420 帰宅． 体重 73.2kg． ということで， やはり水分収支による体重急増急減が生じてるわけだが …… とはいえ， 一日の中の瞬間最低体重が 73.2kg というのも いささか高いよーな．
• 1450 自宅発． 曇． 1500 研究室着． 昼飯．
• 来月後半に空間構造と統計学的問題の関連について， 何かハナシをしなければならない仕儀になってる． で， 生態学で何か関係ありそーな問題ということで 環境の空間的な不均質性の統計学的推定問題 というのをとぎれとぎれに考える日々が続いている． これがなかなか面倒になってしまいそうで …… と懸念していたんだけど， さきほど北大構内走によってアタマを物理的にゆすってるうちに， 少しはマシな改良案がでてきた (たぶん神経細胞の配線・接続が 強制的に組み替えられてしまったんだろう)． とはいえ， この計算方法でうまくいくかどうかは， 例によって数値的に実験などしてみないと よくわからぬわけだが．
• で， 最大の問題はいつになったらこれに着手できるか， ということだ． 次の問題はそれがどれぐらいの期間で片づくんだろーか， ということで ……
• いつものごとくうだうだとしてススまず． 2050 研究室発． 2100 帰宅．
• 晩飯食ってもどうも活性が …… ひょっとしてこれって室内が寒いせいか? 気温 10 ℃． これは寒いのか寒くないのか． ともあれこの冬シーズン初めて 自宅暖房器具・小型セラミックファンヒーター起動 …… うーむ， 温風によってすこし生物機能が改善されてきたよーな．
• せめて滞納してるぎょーむでも列挙してみるか．
  1. めんどう感ばかりの再査読
  2. 意味不明もの知りよーご集ゲラ直し
  …… お! ホントにやりたくないイヤな腐れきったぎょーむはこの二項目ばかり， か． こやつら以外はそんなに悪くない， むしろまっとうな商売といえる．
  • M1 大澤君発注の シウリザクラ観測データベイス.pm の設計・開発 (.pm は Perl モジュール)
  • M2 井田君発注の 花粉銀行.pm の設計・開発
  • D3 浦口さん発注の ThinkPad 日本語入力問題 on X の解決
  • 帯畜大・紺野さん発注の I_δ 計算.pm の開発
  • 甲山さん発注の Bootstrap-Resampling.pm の開発
  • 環境不均質モデルの最尤推定法
  • 汎用ランダムアクセスファイルクラス (in 呪われ C++)
  • 三次元虚業ライブラリと PipeTree の改良 (簡単化)
• とゆーことで， 遅滞しているぎょーむ群の中にとてもイヤな内容が混入していると， 全体までがとてもイヤに思えてきて， 作業がとどこおりますますイヤになる， という現象が発見された． すなわちもっとも重要な教訓は 「これはイヤなものになりそう」 という押しつけは 絶対に 断るべきだ， ということなのだろう．
• [今日の素読]
  • なかなか復帰せん
• [今日の運動]
  • 自宅発北大構内走 1320-1420． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1000): パン． コーヒー．
  • 昼 (1515): 研究室お茶部屋． パン． コーヒー．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・エノキダケの炒めもの． ネギ・マイタケ・豆腐の味噌汁．

2002 年 12 月 08 日 (日)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー．
• 1145 自宅発北大構内走発． 曇． 寒い． 現時点の気温 -2.6 ℃． これは最高気温が氷点下になる 真冬日 というやつになりそうだ． ちなみにこの真冬日なるものはだいたい富山-福島 以北 で見られる現象． 西日本出身の私にはオドロキと言いますか．
• 1240 帰宅． 脚冷却． シャワー． 体重 73.8kg． なんでー． 昼飯．
• 今日も寒い中の北大構内走でアタマを物理的にゆすっているうちに， 環境不均質性の最尤推定に関する計算方法の 改善方法を考えついた． 個体間相互作用の項を固定しておいて不均質マップを推定生成， ということをさまざまな強度の相互作用で計算しておいて， その中からモデル選択すればよい (くり返し計算で相互作用強度を変化させながら)． つまり推定計算の二段階化で片づく．
• これでこの推定問題の計算方法に関する難点はすべてクリアーした． 問題はうまくいくかどうか， どういう設定では推定がハズれてくるのか， というあたりの見極めなんだが …… それ以前に， だ．
• 1440 自宅発． 曇． 北 12 生協で展開した牛乳パックを回収に出す． 半年分なので重い． 合計 2kg ぐらいか? 1450 研究室着．
• まずはイヤなことを片づけていこうと思う． 意味不明よーご集ゲラ …… 二項目なんで 40 分ほどで終了． 「でーたべーす」とか「個体べーす」とか ヤメてくれと書いてみる (無視しやがるんだろうな)． ふう． しかしまだゲラが来着してない一項目あったはずだ． 気分わるい．
• 次． 査読やりなおし． いろいろと言ってやりたいんだが一番重要な問題二点だけに 焦点をしぼる．
• 今回の原稿で追加された強い仮定 「すべての集団はつねに負の二項分布に従う」 …… こいつは自殺点に近い． せっかく準備してもらったこの王手飛車的な状況に対する改善案を 二者択一で出してみる (あくまでこの仮定に執着する場合と捨てる場合)． さーて， どちらを取るか． それともまたあーだこーだ言ってごまかすかな?
• も一点は説明手ぬき指摘の逆ギレ， ですか． ほうほう modern で powerful な一般加法モデル (generalized additional model) を． そのような結構なモノを使ってたとは初耳ですな． 本文にはまだ書いてないし． だったらためしに その計算に必要とされる統計学的前提をそこに列挙してみたら， ちょっと面白いことがわかってくるんでは …… としつこく追及．
• という面倒感あふるる報告書を書いてメイルで提出． 時刻はもう 2050 か．
• 九大の粕谷さんと生態学会の 次の大会 (つくば) で 「デ−タ解析の落とし穴，穴から脱出する計算機ワザ」 という自由集会をやるんで， その集会案内作成の準備． また作文で行き詰まってしまったんで， とりあえず主企画責任者・粕谷さんに「書いて下さい」 メイルを下っぱ企画責任者から差し上げる．
• 明日から平日だしさっさと撤退するか． 2240 研究室発． 2300 帰宅．
• 手ぬき晩飯， まずい．
• [今日の素読]
  • Fakhri A. Bazzaz. 1996. Plants in Changing Environments: Linking Physiological, Population, and Community Ecology. Cambridge Unversity Press.
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1145-1240． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・エノキダケの炒めもの．
  • 昼 (1320): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・エノキダケの炒めもの．
  • 晩 (2340): スパゲッティー． タマネギを牛乳で茹でて粉末スープで調味したもの …… まずい． カラダは温まるが．

2002 年 12 月 09 日 (月)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 晴． 0850 研究室着．
• う， 昨日のうちにめんどーも片づいたことだし， まっとうな仕事にかかろうとしたのに …… システム管理の utility づくりなんぞに没頭してしまった． ふと気づくと時刻は 1040． いかん．
• で， シウリザクラのデータなんだが …… 大澤君の Linux 機上の Galeon (ゑくせるもどき) 使って自分でゑくせる.xls → CVS.txt に変換したのに， なんだかフォーマットがわけわからんことに ……?
• とりあえず昼飯． 昼飯後に寒いなか北大北辺の低温研まで歩く．
• 1300 より地域生態・低温研 (原・隅田研究室) 合同セミナー ． まずは原さんがいろいろな一年草・多年草のサイズ-成長量の グラフをやたらと示していく． シロイヌナズナの phyA なる (フィトクロム A 欠損) 突然変異と野生型の集団動態の 相違が面白そうだと思ったんだけどよくわからなかった． 次に D3 谷さんが高茎草本の光・温度環境と高さ成長の関係のハナシ． 会場使用時間が終ったために質問時間ナシ．
• 1510 終了． また北大構内を縦断して地環研にもどる． 高茎草本のギロンなど．
• 京都の宮本さんから， 私が作った (しかし近ごろはあまりメンテナンスしてない) 汎用最尤推定プログラム mlfitting に関する質問など． うーむ， その問題は mlfitting でやってもいいんだろうけど， お手軽さから言うと R の一般化線形モデルにおいて quasi-likelihood model を使うのがよさそーな気がする (R の glm の family の説明は こちら )．
• 大澤君にいろいろと教えてもらって， よーやく私の変換失敗がわかった． わーくぶっくとやらをまとめて テキストファイルに変換したらいかんわけね． ということで呪われ作業本を解体して シートを取りださねばならんのだけど …… 手作業ではやりたくないところだ． Perl の CPAN モジュール Spreadsheet::ParseExcel に取り組んでみる．
• 粕谷さんからすばやく文章が送られてくる …… 当方もさっさと対応しなくては， と思いつつ撤退． 2040 研究室発． 2100 帰宅． 体重 73.4kg． 晩飯．
• [今日の素読]
  • Fakhri A. Bazzaz. 1996. Plants in Changing Environments: Linking Physiological, Population, and Community Ecology. Cambridge Unversity Press.
• [今日の運動]
  • む， 運動休養日になってしまった
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・卵の炒めもの． ネギ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1220): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・卵の炒めもの．
  • 晩 (2150): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・卵の炒めもの． ネギ・豆腐の味噌汁．

2002 年 12 月 10 日 (火)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 曇． まだ雪は降ってない． 0900 研究室着．
• また Spreadsheet::ParseExcel という呪われファイルを解体する Perl モジュールにとりくむ．
• 1000 苫小牧研究林 の村上さんと M2 松田さんがみえる． お茶部屋にご案内して樹木とその葉もぐり虫連中 (leaf miners) とそれをつけ狙う捕食寄生者たち (parasitoids) のハナシを伺う． 空間構造も考慮する統計モデリング構築にむけて ぢりぢりと検討をすすめる．
• 1200 ごろにだいたいのめどがたったので (といっても統計モデリング前処理にやるべきことを決めただけ) 生協で昼食． こちらでやる計算はまた後日に， ということで．
• 昨日 mlfitting のことを書いたら， これのユーザーである牧さんから質問メイルいただく …… 悪夢のごとく非線型なる非直角双曲線， すなわち光合成曲線の推定に関して， である．
• 「非線型パラメーター推定ってこんなに難しかったか」 と悩まされつつ mlfitting と R の両方で推定を工夫してみる． 推定すべきパラメーターに与える初期値に スルどく反応してしまうあたりが， なんとも面倒なところで． R では下のように nls という 関数を用いる．

	xy <- scan("sample.txt", list(x = 0, y = 0))
	require(nls)
	Pmax = 10.2 # きめうち
	psynthesis <- nls(
		y ~ (f * x + Pmax - sqrt((f * x + Pmax)^2 - 4 * (f * x * q * Pmax)))
			/ (2 * q - C), # この式は間違いと翌日判明
		data = xy,
		start = list(f = 0.1, q = 0.5, C = 0.0)
	)
	summary(psynthesis)

	(結果の出力例)
	Parameters:
	  Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
	f  0.04712    0.00218  21.612  < 2e-16 ***
	q  0.75033    0.05345  14.038  < 2e-16 ***
	C  0.10854    0.01582   6.862 6.63e-10 ***

• しかし苦労したわりには良い推定結果にならない． 原因は「まがりかた」を規定する q の推定が悪いためで， R では下の図のように過大推定となり mlfitting では過小推定ぎみになる．

[推定されたセン] 上の R コード例の sample (ねつ造曲線+正規乱数) を用いた推定． q の真の値は 0.7 …… あ， 推定値は 0.75 だから値としては そんなにズレてないぞ． f と C はほぼ正しく推定できてる．

• R の nls では Gauss-Newton 法でパラメーターを推定値に 収束させている …… いっぽうで牧さんにご教示いただいたところによると， 先方でよく用いられてる「でるたぐらふ」 では Levenberg-Marquardt 法を使ってるそーだ． このアルゴリズムは知らなかったので 手元の数値計算本をながめてみると， なかなかホメられている．
• でるたぐらふめ， あなどれん …… と思ってたら R と言いますか S 言語 いやいや統計学全般に関する 一言居士たる英国人 D. Ripley 教授が 「Levenberg-Marquardt 法なんてたいしたこたねーよ」 と いちゃもんつけてる と， これはかとー先生に教えてもらった．
• いずれにせよ私が作った mlfitting はヘボいわけだが …… 今回の体験から， 自前の汎用最尤推定プログラムがあれば 他のソフトウェアが出してきた結果を突き合わせたり できるとわかった …… ということで， 使い勝手から推定精度にいたるまで あれこれ問題あるにせよ， これを運転可能な状態に維持しておくことは重要だな． 何人かの mlfitting ユーザーのおかげで存在価値がわかった， と言いますか．
• 宮本さんからは quasi-likelihood 推定 (これは R の glm による計算) がかなりうまくいってるようだ， という連絡をいただく …… ひょっとして実際の観測データにたいして この推定法を適用した 初めての日本人生態学者になるんではなかろーか．
• ということで， 今日は統計学コンサルタント業で終始してしまった． どうもみなさん寒くなってくると 統計学遊びをやりたくなるようで …… 1840 研究室発． 1900 帰宅． 体重 73.8kg．
• 仕事すすまん．
• 自由集会作文を書き直す． 「計算機実験用ランダム標本集団の飼い方・しつけ方」 …… いや「育て方」のほうがいいかな? 「ランダム標本集団と仲良く暮らすには」 だろうか． それとも 「おつきあいのしかた」 あるいは「交際術」のほうが …… どんどんイカれた方向に進んだり引き返したり．
• [今日の素読]
  • Fakhri A. Bazzaz. 1996. Plants in Changing Environments: Linking Physiological, Population, and Community Ecology. Cambridge Unversity Press.
• [今日の運動]
  • あ， 今日も期せずして運動休養日になっちまった
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・マイタケの炒めもの． ネギ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1220): かとー先生，苫小牧から来た村上さん・松田さんと 北大生協中央食堂で． ひじきご飯，豚汁 S，サバ味噌煮，こなご． 493 円． 696 キロカロリー． 塩 6.0g． 赤 3.7 緑 0.3 黄 4.7．
  • 晩 (1930): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・マイタケの炒めもの． ネギ・豆腐の味噌汁．