ぎょーむ日誌 2000-10-22
2000 年 10 月 22 日 (日)
- 1300 起床．
生活がどんどんずれていくな．
- 1404 自宅発．
雨の降りそうな曇天．
1424 東京モノレイル流通センター発．
浜松町の気温 19 ℃．
1440 研究所着．
- さて，
昨晩の「400 年間死の行進」試験で明らかになった，
「(とくに大径木の) 死亡率が低すぎる」
問題を改善するために，
24 樹種の死亡パラメーター推定をやり直す．
- 1710 よーやく以前より
「マトモっぽい」
死亡関数が得られた．
推定系がややこしくなってしまっていて，
自分でも使いかた間違っていた．
そのため一時間ほど無駄に失う．
自分のためのメモ．
推定した死亡パラメーターをシステム全体に
反映させる呪文は
make mortality_estimation
!
- 「400 年間死の行進」試験運転に再挑戦．
前回は 40 分ぐらいかかったな．
さて．
待ってる間に原稿の HTML ファイルの準備でもするか．
その前にお茶．
- 1725
「死の行進」試験続行中．
21 世紀半ばを待たずして小川群落保護林の
樹木数は半減．
よーし，
いいぞ．
- 1740
試験終了．
25 分ほどで終わったか．
死亡率高めにしてあるからな．
えーと，
生き残ってるのは
……
アワブキ (MLM) 2 個体．
それからコナラ (QRS) 34 個体．
それ以外の樹種は全滅．
[死の森 2387 年]
新規加入 (更新) なしの 400
年運転試験の結果．灰色の樹
冠は死ぬことを許可されてな
い樹種たちである．青いろ樹
冠はしぶといコナラ．
- 低木のアワブキが 400 年以上も生きるとは
思えないけど，
こいつは光依存性が強いからな．
コナラも光にすごく依存してる．
- そう，
いまの死亡モデルの弱点として，
これらの樹種のように光依存性が強いと
サイズ依存的な死
(太くなると死ぬ)
がうまく検出できなくなるのである．
わが最尤推定プログラムは
樹木を殺すときに「暗さ」による枯死という
「説明」を好み，
台風などによる撹乱をあまり重視していない．
- 1750 vim の操作間違いで
今日の「ぎょーむ日誌」のファイルを壊してしまった．
面白半分に虐殺してしまった
小川「24 ha」20000 本樹木たちの呪いか．
すみませんすみません，
と謝りつつ記憶をたよりに書き直す．
1800 とりあえず復旧．
- 1915 新規加入速度の憶測値が計算できた．
まぁ，
推定に使ったのは
1999 年版の腐れたモデルなんだけど，
得られた値が
いちじるしく破綻してるようには見えんから，
今のところはよしとするか．
rate
は 2 年あたり，
9600 コドラート (24 ha) の
どこかに
「わいて」
くると憶測される
新個体 (直径 5cm) の数を示している．
# quadrat_number 9600
# iteration 1
#spc rate range ghost_total
ACM 12.1 129 1560.7
ACP 14.4 163 2341.2
ACR 16.6 68 1129.1
ACS 2.1 274 575.3
ACT 3.7 88 328.5
BTG 2.0 337 686.5
CLB 12.9 68 880.0
COC 12.7 150 1900.3
COK 4.3 183 779.8
CRC 19.3 116 2234.5
CRJ 3.7 229 849.1
CRL 20.9 187 3909.1
CRT 3.8 336 1278.0
CSC 8.2 204 1664.4
FGC 5.9 188 1100.6
FGJ 32.2 217 6977.1
FRL 7.4 65 484.2
MLM 6.3 89 562.9
OSJ 3.5 196 677.1
PRV 7.0 142 987.0
QRM 8.3 186 1551.8
QRS 16.8 390 6552.9
STO 24.7 132 3256.7
ZZZ 18.0 226 4057.9
- 2100 いんちき新規加入モデルの新関数試験が終了．
これで ofr_simulator は
成長・死亡・新規加入の全機能を付与されたわけだ．
やれやれ．
よーやく．
さっそく 400 年間連続運転試験．
今度は「死の行進」ではなく
新しい個体が入ってくるんで，
そんなに簡単には全滅しないだろ
……
うーん，
50 年で 4500 個体死んだか
……
毎年 250 ぐらい入ってるんだが．
やっぱり死亡率高すぎるのかしらん．
- あ，
書き忘れてたけど，
新規加入モデルの要点は
- 樹種ごとに以下の操作を行う．
- 上の rate をλとする
Poisson 乱数を引く．
それがその step における
新規加入数．
- ある樹種が更新できる
コドラートをランダムに一個選んで
そこに新しい樹木をいれる．
更新できる場所は観測された分布に一致．
- 400 年連続試験続行中．
2087 年まで 20 分弱で到達したけど
……
うーん，
100 年間に 6000 個体はちょっと多すぎるな．
試験中断．
- 死亡率をもう少し低めに推定する関数型を調べてみるか．
- その前に新規加入まわりの不備を直す．
新規加入を許されない樹種を指定したときの
処理を書くの忘れてた．
- 死亡率関数をあれこれといじってみるが
……
やっぱりこれ以上変えるのはよくないな．
たくさん死ぬけどシンプルな関数型のやつにもどそう．
それより新規加入のほうをどうにかしたほうがよいだろう．
- 新規加入速度の推定において，
- 最近更新してきた樹木個体に着目し，
あまり過去に遡及して
新規加入時期を推定しない．
- ただし
近頃の更新がなくて
サンプル数が足りない場合には
(クリ (CSC) お前のコトだ!)
過去のある一定の区間の
新規加入数を推定する．
……
というふうに推定方法を変更すると，
速度が数倍上昇した．
やれやれ，
ロバストではない
……
# quadrat_number 9600
# iteration 1
#spc rate rng_min rng_max ghost_total
ACM 15.0 0 4 75.0
ACP 84.6 0 4 423.0
ACR 4.9 0 14 74.0
ACS 11.2 0 4 56.0
ACT 15.5 1 4 62.0
BTG 3.5 8 31 85.0
CLB 25.8 0 4 129.0
COC 7.0 1 9 63.0
COK 8.6 1 7 60.0
CRC 125.0 0 4 625.0
CRJ 4.1 0 14 61.0
CRL 53.0 0 4 265.0
CRT 6.0 1 10 60.0
CSC 3.7 54 97 163.0
FGC 11.2 0 4 56.0
FGJ 64.4 0 4 322.0
FRL 7.0 1 8 56.0
MLM 19.8 0 4 99.0
OSJ 3.2 1 31 100.0
PRV 4.9 0 13 68.0
QRM 10.1 6 25 202.0
QRS 4.3 9 23 65.0
STO 63.0 0 4 315.0
ZZZ 100.0 0 4 500.0
- 以前から成長率の推定に関しては，
それなりにマトモそうに見える
推定方法を開発してきた．
死亡に関しては，
今回あみだした手法で怪しいながらも
それっぽいパラメーターが樹種ごとに
ヒネり出せるようにはなった．
最後に残された「暗黒大陸」が
この新規加入速度の憶測で，
これは今のところ
お手上げ状態なのである．
神よ．
- ともあれ値が得られたので，
本日最後のジョブの準備．
やや過剰気味の死亡率を生成する plugin モジュール．
それゆえに
ちょっと多めかな?
と推定されてしまった新規加入速度を
生成するパラメーターセット
(これを推定するために成長や死亡のモデル用に
推定されたパラメーターが用いられて
……
死亡率高いと更新速度速くなる，
という関係がある)．
毒をもって毒を制すだろうか?
それでは
400 年連続運転試験，
はじめ!
- おっと時刻は 2325．
やばい．
浜松町深夜ランニング．
2333
いつもの東京モノレイル浜松町発の終電，
昭和島どまり
(流通センターはそのひとつ手前)．
ふう，
つかれた．
今日はおやつ食べてないんで腹も減った．
0010 帰宅．
- 晩飯食ってから研究所の BookPC に接続．
あー，
まだ西暦 24 世紀に突入したところか．
えと 20 年進むのに約 5 分かかってるね．
すると 400 年で 100 分．
終了予定時刻は 0100 すぎかな．
- で，
途中経過を除いてみると
……
シミュレイション開始直後はちょっと数が
減るけど，
5 ステップもいかないうちに
その反動で急増
(林内が明るくなるためである)．
21 世紀中盤からは安定，
か．
よしよし．
[仮想森林の興亡]
ま，こんなもんです．
横軸は西暦の年で，縦
軸は 24ha 内の個体数．
400 年間試験は 1987-
2387 年までをシミュレ
イトしている．
- 小川の森林の個体数が実際のところ安定するとは
思えない．
いや，
よくわからない．
しかし，
計算機上でいろいろとモデルの挙動調べるには，
あまりふらふらされると面倒なのである．
それゆえに，
安定→安心．
- とはいえ，
5000 字の解説記事ではモデルについて述べるて
7 割超えるだろうから，
結果はそんなに出せまい．
ベイスラインで走らせたのと，
撹乱頻発環境で走らせた場合の比較，
ぐらいだろうな．
つまり計算はほぼ終わってる，
ということだ．
- 0100 すぎたので，
また BookPC にアクセス．
ちょうど終わったところだな．
じゃ，
BookPC にはご苦労さまだけど，
もうひとつ拷問のような試験運転
やってもらいましょうか．
たぶん数時間かかるだろう．
- さてと，
明日は月曜日．
0820 ぐらいまでには自宅発しなければならんので，
風呂にでも入ってから，
寝る努力でもしてみようか．
- よく考えてみると，
さきほど命じておいた拷問試験．
ひょっとするとハードディスクの容量が
足りなくなるかも．
まぁ，
途中まででもいいや．
- 今日の食卓
- 朝昼 (1320):
パンケイキ．
コーヒー．
- 晩 (0040):
スパゲッティ．
ソースは
タマネギ・ニンニクの茎・シイタケを炒めたもの．