ぎょーむ日誌 2014-12-(01-10)

2014 年 12 月 01 日 (月)

• 0520 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0810 自宅発． 0815 保育所着． 0840 研究室着．
• なかなか進捗しない原稿かき ……
• 帰ろうとしたら， 生態学会大会のへるぱーぎょーむがとつぜんに …… R & Perl プログラミング．
• 1800 研究室発． 買いもの． 1820 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 角食．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． 豚肉． ブロッコリー． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 豆腐の味噌汁． 肉・野菜炒め． トマトサラダ．

2014 年 12 月 02 日 (火)

• 0600 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• 洗濯物ほしとかして， 0840 自宅発． 気温はマイナス 1℃． 0910 研究室着．
• ぎょーむは進捗しないが， twitter だけはススむ ……
  • 「どんぶり勘定」と聞いて食器的な何かイメージしてるヤツちょっと来い www.poc39.com/archives/2033
    どんぶり【丼】 1 (略)
    2 更紗・緞子などで作った、金などを入れる大きな袋。若い遊び人などが好んで用いた。
    3 職人などの着ける腹がけの前かくし。金などを入れた。   09:59:22
  • うつ病は感染症である？新たなる仮説が提唱されるkarapaia.livedoor.biz/archives/52179… 「うつ研究の1つのアプローチとして、免疫系や炎症に焦点を当てる方法が知られている」「病原菌が治療されないまま体内で循環を続けるうちに、炎症が悪化……精神状態が悪化すると考えられるらしい」   10:06:52
  • 東京理科大、機械式アナログコンピュータ「微分解析機」を70年ぶりに再生 ～常設展示室で一般公開へ - PC Watch pc.watch.impress.co.jp/docs/news/2014… 微分解析機は常微分方程式を解くための機械式アナログ計算機…積分機3台、入力卓2台、出力卓1台…心臓部は「積分機」   10:13:43
  • どうする？学童― 保育園母たちの少し未来の憂い mamapicks.jp/archives/52164… 「小学生の“学童保育待機児童問題”」「開所時間」「学童で補食が出ないために“食いだめ”をしようと給食を食べ過ぎて太ってしまった子や、帰りにコンビニに寄っての買い食いを懸念する親の声も」   10:23:02
  • 第2回 人は約3万5000年前から100キロの海を渡っていた NGJ nationalgeographic.jp/nng/article/20… 人類史上2回、核となる大きな移住があった…1度目はオーストラリアとニューギニアそしてメラネシア…2度目は…ポリネシアの島々に移住…なぜ拡散領域に差がでたのだろうか   10:29:07
  • magrittr 1.5 wp.me/p1h48z-qy いまハヤリの R パイプ演算子 %>% の解説． 他にも
    ・分岐Tパイプ演算子 %T>%
    ・exposition パイプ演算子 %$%
    ・複合代入パイプ演算子 %<>% (入力データの書き換え)
    などの紹介も   12:07:55
  • 分岐T (tee) ってUnixコマンドライン処理で使うやつで…Wikipedia の図がわかりやすい en.wikipedia.org/wiki/Tee_%28co… この解説によると今は Windows PowerShell とかでも使えるみたい．   12:26:39
  • 
  • exposition パイプ演算子
    mtcars %$% plot(mpg, wt) は
    plot(mtcars$mpg, mtcars$wt)
    plot(wt ~ mpg, data = mtcars)
    と同じ．これではご利益よくわからんけど，何かうまい使いかたあるんだろうな…   12:43:20
  • RT @Paul_Painleve : 非業な死をとげた数学者ジェームズ・モリアーティ教授の最期を、犯人側であるジャンキーな私立探偵シャーロック・ホームズ側の視点で描いたドキュメンタリー映画「シャーロック・ホームズ シャドウ ゲーム」はオックスフォード大学が協力している www.siam.org/pdf/news/1966.…   12:46:49
  • RT @Paul_Painleve : Oxford Centre for Collaborative Applied Mathematicsの調査によると、晩年のモリアーティはパンルヴェ性を持つ方程式を研究していたらしい。「小惑星の力学」でも衝突問題を考察していたのだろう   12:48:02
  • RT @hhayakawa : @Paul_Painleve @hashimotostring さんによる論考 www2.yukawa.kyoto-u.ac.jp/~koji.hashimot… があります。   12:50:38
  • . @hoxo_m はい，もと記事 blog.rstudio.org/2014/12/01/mag… によると %$% は with() のラッパーとか…うーむ，多変量の引数をとる関数はdata指定の引数を持っているので…まあ「何でもパイプ」というスタイルを貫徹できるところが，いいんでしょうかね．   13:10:06
  • RT @berobero11 : 最近、統計モデリングはオッサン芸だということに気づいてしまいました…。1) 数理モデルの試行錯誤の経験 2) 尤度などの統計の知識 3)プログラミング能力 この3つがほどほどにないとできない。すなわちオッサン。人気が出ようにも出ない。   16:53:51
• 1720 研究室発． 買いもの． 1750 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯． とら風呂．
• 食べすぎ (?) とらが夜中に吐いて， おたおたうろうろ ……
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • うーむ

2014 年 12 月 03 日 (水)

• 0550 起床． 朝飯・弁当の準備． 昨夜は突然「もどした」とら坊， 今朝は元気にぱくぱく食べてるな …… 朝飯． コーヒー．
• 0840 自宅発． 寒い． 0850 保育所着． 0910 研究室着．
• 原稿かき， ぢりぢり …… なかなかすすまない．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • また記録もれ & 記憶喪失

2014 年 12 月 04 日 (木)

• 0600 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• ひたすらに， ふちょー
  • Shell shock事件が明らかにするあなたの組織における情報セキュリティ力 #bash www.slideshare.net/tenpurasoba/sh… ・ShellShock事件とは？ ・脆弱性問題を０にするのは不可能 ダメージコントロールの重要性 ・アップデートして解決？それは幻想です   10:41:17
  • Japan’s Asteroid-Bombing Spacecraft Launches Successfully pops.ci/bL3usg @PopSci による命名「小惑星爆撃宇宙機」，いいねー…「はやぶさ2」は小惑星を自己鍛造弾で砲撃してサンプリング…   10:56:05
  • The EEB & Flow: #ESA100 : Statistical Steps to Ecological Leaps evol-eco.blogspot.com/2014/12/esa100… 生態学における統計学利用史．統計学不要の平和な時代から現代の階層ベイズモデル，Rによる手法共有まで概観．   14:33:16
  • . @simizu706 離散確率分布だと確率，しかし連続確率分布だと確率密度，の積を使って尤度を評価するので，両者は比較できないと思うのですが，どうでしょう？めちゃくちゃなハナシですが「離散化した正規分布」を使えば，離散確率分布を使ったモデルの尤度と比較できるのかもしれませんが…   14:41:17
  • @simizu706 あらら @ibaibabaibai さんが先に簡潔に回答されてましたね．きづきませんでした．   14:42:28
  • @simizu706 あらら，よく見たら広島大の清水さんでしたか…はじめまして&いろいろとお世話になっております…とごあいさつもうしあげます．   14:50:39
  • 乱数生成と計算量理論 (確率と情報の科学) 小柴健史 www.amazon.co.jp/dp/4000069756/ 何の規則性も持たない数列である「乱数」は計算量理論・情報理論・統計学の境界領域にあり、諸分野がうまく融合して基礎理論が構成されている…アルゴリズム的に乱数を生成する機構の背景に…   14:54:44
  • RT @Iwanamishoten : （新刊情報続き）『地球の教科書』『乱数生成と計算量理論〈確率と情報の科学〉』の以上6点です．目次などの情報はこちらで詳しくご紹介しています．☞ iwnm.jp/science   14:58:02
  • 乱数生成と計算量理論 (確率と情報の科学) のくわしい目次はこちら: www.iwanami.co.jp/moreinfo/00697…   15:01:23
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.5 合． 豆腐の味噌汁． ハンバーグ．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ハンバーグ． ミニトマト．
  • 晩 (1900): カレー．

2014 年 12 月 05 日 (金)

• 0 時すぎ， とらなき． おんぶうろうろ & おはなし …… 「みず，のみたーい」 とのことで水あげたら， ごくごく飲んで寝た．
• 0600 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• 洗濯ものほしとか …… 0840 自宅発． 0850 保育所着． 0920 研究室着．
• うー
• 生態学会さーばーの PostgreSQL ぎょーむ． 一般ユーザのパスワード変更方法：

  alter role postgres with password 'ほげ'; 
  

  こちら を参考にしました．
• Xfce4-terminal + GNU Screen + vim で「全角」記号を うまく表示する設定． ~/.xsessionrc ~/.screenrc ~/.vimrc に設定追加が必要．
• 今日も twilog 貼りでごまかしてみる ……
  • 帝国ニッポン標語集 - 本と奇妙な煙 d.hatena.ne.jp/kingfish/20141…
    昭和8年
      権利は捨てても　義務は捨てるな
    昭和11年
      黙つて働き　笑つて納税
    昭和18年
      長びけば　日増しに強し　共栄圏
      米英を消して明るい世界地図
      百年の　うらみを晴らせ　日本刀
      12:08:11
  • おや，kingfish さんとは（おそらく）別に @KokusakuHyogo というアカウントもあるな……日本人って（あるいは日本の権力機構って），じつは極論が好きだったりするのかな？さすがは「ことだま」の国だけのことはある．   12:20:17
  • 静かに「ぼろぼろ」進捗を自覚する水曜日 - ぎょーむ日誌更新 hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/log/2014… #KuboLog   13:20:25
  • へろへろもくようび - ぎょーむ日誌更新 hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/log/2014… #KuboLog   13:52:05
  • PostgreSQLぎょーむ 一般ユーザのパスワード変更方法：alter role postgres with password 'ほげ'; 参照： d.hatena.ne.jp/sin-j/20080814…   15:40:14
  • Xfce4-terminal + GNU Screen + vim で「全角」記号うまく表示する設定 d.hatena.ne.jp/miyakawa_taku/… ~/.xsessionrc ~/.screenrc ~/.vimrc に設定追加が必要   15:57:27
  • 
  • データ可視化の実践者が共有すべき知識 by @c_z on qiita.com/keiono/items/2… 「結果の共有からプロセスの共有へ」というスローガンいいですね．「キーワードはProvenance…データを扱う人々の間では頻繁に使われ…データなどの出自や履歴のことです」   16:09:25
  • . @c_z はい，ツールはいろいろあるのですが…データ来歴が重要なはずの科学の世界でも分野によってはまだまだ…といった感触です．たとえば生物学なんかでも，Excel 上でデータに対して再現不能な操作をして，来歴がアヤしくなったり（しかもそれが問題視されない）…といったことも．   16:26:41
  • RT @c_z : @KuboBook そうですね。私の職場は、生物学と計算機の世界を自由に往復できる人ばかりなので助かるのですが、外部とのコラボレーションでは、Excelのワークブックが基本という場合は多いです。それでも最低限操作前と後の履歴は残す、と言う習慣さえ広まれば随分変わると思っています。   16:35:52
  • …ということで，院生のみなさん，野帳とかから転記して作った「データ原簿」ファイルはいっぺん作ったら「書き込み禁止」とかにしてください．あとで気づいた「まちがい訂正」とかは「手動」でやらずに，R スクリプトとか作って「修正の履歴」がわかるようにしてください…   16:40:50
  • じつは，けっこう多くの大学院生が R を利用するときの問題点は，統計モデルを理解しないまま glm() ……とかよりも，じつは R 上で「表」などデータ構造あれこれの操作なんかが理解できない・うまくできない（とすると，じつは R 作図もままならない）といったあたりで…授業が必要？   16:45:26
  • . @u_ribo そういう方向が理想的ですよね（git ではバイナリファイルの差分も取れるようなので他にも使い道あるかもしれませんが）．生物学分野だと，それ以前の問題として，データの原簿みたいなものを手でごちゃごちゃ修正するという世界なので，まずはそれをなんとか……ということで．   16:52:57
  • RT @willyoes : 単回帰して残差を更に単回帰するのと、最初から重回帰するのは全然別のドラマなんだ。前者を彼氏と別れて新しい男と付き合う女だとすれば、後者は二股かけてる女だ。しかし回帰が女と決定的に違うのは、後者の方が誤りが小さいってことだ。   16:53:25
  • 「じつは」が三度も使われるめちゃくちゃ変な作文をしてしまった…じつはアタマがかなりぶっこわれているとしかいいようがない．じつは…   16:55:57
  • Rのデータ構造 data.frame などをうまく操作できない院生は「ゑくせる上の手作業」に走る…plot() を使うため glm() を使うため，といった理由で，かなり面倒な（再現性の担保されない）手作業をやるんだよね．もとデータに間違いがあったら，またひたすら手作業，とか．   17:18:13
  • ハナシの流れで，とりあえず「院生」などと標記しておりますが，院生ではない (たとえば生態学分野の) 研究者が R のデータ構造の操作・変換に熟達しているかというと…とくに，そのような事実はございません…やっぱり「難しい」…そうですか，そうなんでしょうね…   17:22:07
  • RT @willyoes : 自力でデータ分析するためには、統計モデルを理解したり統計ソフトの回帰用の関数を覚えたりするだけじゃなくて、基本的なデータ加工やコーディングのスキルがかなり必要。私のデータ分析の授業は最初の１ヶ月半はそれだけ集中的にやる。そこが一番ハードでドロップアウトする学生も一番多い。   17:23:48
  • RT @kohske : @KuboBook 「ゑくせる上のデータを我が目で見ないとデータの存在を認識できないシンドローム」というのも、相当数あるような気がしております。   17:25:11
  • . @kohske 私もそのような「シンドローム」があるのではないかと感じております．これは院生なら訓練と慣れで対処してもらうしかないのでしょうかね．プログラミングの適性と同様に，いくらかの割合でそういう R 操作が習得できない院生がでてしまう，となっても不思議ではありませんが…   17:30:41
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0620): 米 0.5 合． 豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． 点心． ブロッコリー． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 豚肉の水炊き． 雑炊．

2014 年 12 月 06 日 (土)

• 1 時すぎ， とら「おんぶしてー」 …… で一時間以上あばれる． おんぶと「おはなし」で対処． とくに体調が悪いわけでもないと思うんだけど．
• 4時ごろ， また泣きおき． 「はな，ふいてー」 が十数回． はなふきしながら， また「おはなし」で対処． これも 30 分ぐらい費やす．
• 0700 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• しごとがすすまない．
• 3 時間ほど研究室で作業をすすめる ……
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 昨日のことだけど， 何も記憶にのこっていない．

2014 年 12 月 07 日 (日)

• 1 時すぎ． またこの夜もとら泣き・おき …… おんぶうろうろ & 「おはなし」 でなんとか …… 1.5 時間もかかったか ……
• 0700 ぐったり起床． とら坊もすぐに「てけてけ」と足音をたてながらおきてきたので， 「ごはんまだー? ごはんまだー?」 とせかされつつ， 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 窓の外は雪． 路上もすっかり白く被覆されてしまったような．
• ということで， 午前は室内にて …… とらの「動物園趣味」 に対処すべく動物園本の音読ならびに動画の視聴&解説とか．
• 動物園でおもいだしたんだけど， 昨日午前はとらと円山動物園に行って， 新装おーぷんした モンキーハウス などに入っていたのだが …… ぎょーむ日誌かきのときには， その記憶が完全に消し飛んでいた．
• とにかく， とら坊がいまいちだと， 当方はぼろぼろ・へろへろ・ぐだぐだになってしまうのです ……
• ということで， 本日午後の記憶もあまりなし． 動物園ガイドブックと動物園動画， あとは「おすもう」とかでオワったような ……
• ぼろぼろなのは気分だけではなく， 手の指の先に断裂が生じたり， かかとなんかもぼろぼろになったり， あちこちカユくなったり (これは以前からだけど) …… よろしくない．
• ひさしぶりにハカリにのってみたら …… 体重 70.0 kg …… おや，少しおちた． 危険の兆候?
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): パンケイキ．
  • 昼 (1300): フレンチトースト． ジャガイモ． ソーセイジ．
  • 晩 (1800): ハクサイ・豚肉の鍋．

2014 年 12 月 08 日 (月)

• 0600 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• 昨日， ひさしぶりに測定したら体重 70.2 kg だった． ちょっと減った． 前シーズンの経験から 「冬・体重減」 という組み合わせは 「体・アタマがぼろぼろになる危険な兆候」 ではないか， と ……

• 0820 自宅発． 雪がつもってる． とらおんぶして歩く． 昨シーズンは …… 昨日はここでコト切れてしまったのだけど， 「昨シーズンはどのように体力消耗したか」 ということを書こうとして， 現在の「ばて」感に襲撃されて， 文章がとぎれたままアップロードされましたとさ …… いやはや．
• 0830 保育所着． 0910 研究室着．
• 生態学会さーばー雑用にとらっぷされた． えーい， こんなことやっている場合ではないのだが ……
• えーい， CentOS の yum がわからん!

  # yum list | grep -i "^php" | grep installed
  (インストールされてる php package の確認)
  
  # yum list | grep -i "^php" | grep sql
  php-mysql.i386                           5.2.17-1.el5.art              installed
  php-mssql.i386                           5.4.35-41.el5.art             atomic   
  php-mysql.i386                           5.4.35-41.el5.art             atomic   
  php-mysqlnd.i386                         5.4.35-41.el5.art             atomic   
  php-pear-MDB2-Driver-mysql.noarch        1.4.1-3.el5.centos            extras   
  php-pgsql.i386                           5.4.35-41.el5.art             atomic   
  

  しかしうまく yum install php-pgsql できない …… 依存性の問題で． とりあえず，

  # yum install yum-utils
  

  など．
• Error: Missing Dependency: php-common = 5.2.17-1.el5.art is needed by package php-ncurses-5.2.17-1.el5.art.i386 (installed) とゆーエラーがでたので， どうしたものかと 検索 してみたら， 単純に yum remove php-ncurses で良いとのこと．
• リポジトリの GPG 問題みたいなものが残存していて …… 乱暴ながら --nogpgcheck をつけて yum --nogpgcheck install php-pgsql …… これでなんとかなった， かな?
• この問題， いろいろと尾をひく ……
• 何やらあれこれメイルかきがおおくて， かんじんのぎょーむが進捗しない．
• 1730 研究室発． 1750 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯． とら風呂．
• とらねかしつけ …… いつものことながら， これはけっこう時間がかかる．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.5 合． 豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ブロッコリー． ジャガイモ． ミニトマト．
  • 晩 (1840): 米 0.7 合． ジャガイモ・タマネギの味噌汁． ハクサイ・タマネギ・鶏肉の炒めもの．

2014 年 12 月 09 日 (火)

• 0600 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0810 自宅発． 0815 保育所着． 0840 研究室着．
• 明後日の発表の準備をしないといけないのだが …… 昨日の PHP 5.4 問題に対応すべく， 生態学会さーば PukiWiki 1.5.0 更新の作業とか．
• 出張にいくとメイル返信がとどこおりがちなので， ついついそちらを先にすませてしまおうとする努力 ……
• ぢりぢりと発表準備をすすめてみようとしているのだが ……
• 1730 研究室発． 1800 帰宅． 晩飯． ラジオ体操． とら風呂．
• ぢりぢり ……
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 1 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.5 合． 豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． 鶏肉・野菜の炒めもの． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． ビーフシチュー． サラダ．

2014 年 12 月 10 日 (水)

• 0600 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． 「レンコンきりたかったー」 と， とら激怒． コーヒー．
• とら保育所がよい始まって以来の「朝食ぬき」状態で出発． 0810 自宅発． 0815 保育所着． 0840 研究室着．
• 今日から立川に出張．
  • RT @hrbrmstr : Why R is Hard to Learn l.dds.ec/1D6E3p1 #rstats   12:00:06
  • RT @MayumiPod : 朝食のレンコンのきんぴらを見て「レンコン、とらちゃんがきるの、とらちゃんがきるの」とレンコンが勝手に調理されたことに激怒→朝食ボイコット→朝食下げる→ご飯食べると泣く→朝食出す→レンコンきっちゃった激怒に戻る のリピートで結局朝ごはん食べられなかったボーイは元気だろうか…   12:28:41
  • 新千歳空港、なんとかまにあった…明日の発表準備、まだまにあっていないのだが…   13:44:44
  • 
  • なにしろ、すでに「冬の新千歳空港」なので、順調に出発おくれ中…よゆーのある旅程でなければならない。まあ、明日の朝までには到着するでしょう。   13:50:40
  • 東京、まだ秋。そしてこの時刻で電車こんでる。まもなく新宿はつ。   16:56:16
  • とりあえず，ローソン納豆まきの晩飯．すでにばてぎみ……   18:23:45
• 準備作業がおわらん ……
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.5 合． 豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 納豆まき．