ぎょーむ日誌 2013-05-(01-10)

2013 年 05 月 01 日 (水)

• とら坊にあわせて 0620 起床． とら坊の朝ミルク & おむつ替え． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0820 自宅発． ちょっと雨． 0830 保育所着． 0850 研究室着． かぜ薬をのんでしまったので， またアタマがぼーっとしている ……
• メイルかきとか研究室雑用．
• あいかわらず声がほとんどでない状態． ときどき咳． 体温とかはふつー …… これは 喉頭炎 かな? とりあえず， マスク着用．
• 昼飯．
• 熱はないのに， どーにもしんどいな ……
• あれこれ進捗しないまま 1720 研究室発． 気温 4 度ぐらいで寒い． 1740 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0710): 雑炊．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． 紅茶豚． サケ． ミニトマト．
  • 晩 (1930): 米 0.7 合． 豚スペアリブ・エノキダケ・ネギのスープ． キャベツ・タマネギ・キュウリ・シーチキンのサラダ．

2013 年 05 月 02 日 (木)

• 0620 起床 …… ねむい! そして今日も声がでない (ささやき声になる)． とら坊の朝ミルク． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• さっさと保育所に …… と思っていたら， タイミングをねらってたらしいとら坊の ばくはつぶつ事件 …… 技術的に難しいおむつ替えに時間とらえる． 0820 自宅発． ぱらぱらと雨． 今朝もかなり寒い． 0830 保育所着． 0900 研究室着．
• けっきょく本日は， ノドも痛いしアタマもかいふくしてないし， とゆーことで …… 〆切がまだしばらく先の報告書かき． 内容的にはそんなに難しくないしろものなんだけど， MS わーど使えとか， そういうばかげた指示をしておきながら， style の使いかたがめちゃくちゃだったり， とか …… ホントにどうしようもない連中だな．
• 1800 研究室発． 買いもの． 1830 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0710): 米 0.7 合． ネギ・ナメコの味噌汁． ソーセイジ．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ソーセイジ． 紅茶豚． はんぺん．
  • 晩 (2020): 米 0.7 合． ギョウザスープ． 紅茶豚． ジャガイモ・タマネギ． キャベツ・タマネギ・キュウリ・シーチキンのサラダ．

2013 年 05 月 03 日 (金)

• 一日， とら坊保育とか， そういうかんじで終了． たぶん月曜日までこれがつづく ……
• セキはあいかわらず， 声もでない状態がつづく．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1000): パンケイキ．
  • 昼 (1330): ラディッシュぼーやのパンとか． スープ．
  • 晩 (1900): ハクサイ・ニラ・鶏だんごの鍋．

2013 年 05 月 04 日 (土)

• 0710 起床． 昨日と同じようないちにち． あいかわらず声がでない． 薬店で「のどにききます」とすすめられた ルル EX (なんだか凶悪そう) を服用開始．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): らでぃっしゅボーヤのパン．
  • 昼 (1330): 丸亀製麺のうどん．
  • 晩 (2100): 野菜の豚肉まき．

2013 年 05 月 05 日 (日)

• 0550 起床． 昨日と同じようないちにち． あいかわらずかすれた声しかでない． ちょっと腰痛ぎみ．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): パン．
  • 昼 (1300): ノボテル札幌 24F の和食の店で いろいろとおいしいものを ……
  • 晩 (1930): 米 0.7 合． ハクサイ・ギョウザのスープ． サクラマスの塩焼き． コマツナ．

2013 年 05 月 06 日 (月)

• 0540 起床． 連休でも規則ただしく早おきなとら坊． 今日も雨． カゼは治ったみたいだけど， 声はあいかわらず「ささやき」程度のものしかだせない．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): どんぐりのパン．
  • 昼 (1330): パスタ．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． ダイコン・油揚の味噌汁． チンゲンサイ・ブナシメジ・鶏肉の炒めもの． ハクサイ・キュウリのゴマあえ．

2013 年 05 月 07 日 (火)

• 0620 起床． とら坊はすこし寝坊してくれたので， こちらもすこし睡眠不足が解消されたかんじ． とら坊の朝ミルク & おむつ替え． 朝飯の準備． 朝飯． 0800 自宅発． 晴． 0810 保育所着． 0840 研究室着． コーヒー．
• どーにもこーにもやみあがり感があるな． カゼ症状はほとんどなくなったけど， 声はかすれたまま， なんとなく不調感もある …… ふちょーなのはカゼ薬なんぞ飲んでたからかな? おかげでセキ発作は止まったんだけど．
• 1030 から研究室セミナー． 今日はハイマツの測定をしますという研究計画と， 無限集団・2 資源の離散時間・無限集団モデル (かんがえてみれば本質的には一変数モデルか?) の挙動解説．
• 昼飯．
• どーもいまいちだな ……
• 1115 ころより北大ネット途絶． 私が調べた範囲では DNS がやられているような． えーと， Google の DNS は 8.8.8.8 だったな …… というのを (残念ながら午後になって) 思い出したので， そちらでつないでみる． 北大の情報基盤センターから復旧の連絡がきたのは 15 時すぎ， ただしそれ以前から部分的に復旧していたそうで． 8.8.8.8 わざが有効だったのかどうか， いまいちよくわからん．
• まあ， 8.8.8.8 利用がどんなかんじになるかよくわからんので， とりあえず A7-8F router の設定をこのまま維持することに．
• 遅くなる， とか危険であるというハナシもあるな．
• 帯広畜産大のまゆらさん から新しい 水田クモ論文 を送っていただきました． 二種類のクモが (あたかも) 「共同」 してエサをとっている …… といった不思議で楽しい論文です．
• お役所報告書の穴うめ作業を完了 …… とおもったらあちこちぬけがあった．
• 1720 研究室発． 1740 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．

[こんばんは]

とらです． なぜかおんなのこぱじゃまをきせられています．

• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0710): 米 0.7 合． ダイコン・油揚の味噌汁．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． イカのからあげ． はんぺん． ミニトマト． リンゴ．
  • 晩 (1910): 米 0.7 合． ハクサイ・油揚の味噌汁． ワカメ・キュウリのゴマあえ． サバみりん干し．

2013 年 05 月 08 日 (水)

• 0600 起床． 早おきとら坊の朝ミルク & おむつ替え． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 晴． 0820 保育所着． とらちゃん， 奇襲 & 略奪はやめなさい …… 0850 研究室着．
• 事務書類不備修正 & 研究室雑用 ……
• なにかきぶんてんかんが必要だと思ったので， あまりよく考えないまま， Ubuntu (Xubuntu になってないのか?) 13.04 を do-release-upgrade してみた …… ただしメインマシンの ThinkPad X201s (これはまだ 12.04) ではなく， X 端末的な使いかたをされている Dell Latitude E6500 で …… けっこう時間かかるな．
• 13.04 にしたけど， とくに何かがかわったようなかんじがしない …… カーネルが 3.8.x になり， (Xfce4 つかいであるにもかかわらず) Gnome 関連が少し変わったのはわかるんだが (お，Xfce4 の Thunar でも iOS device にアクセスできるな!) …… まあ， いろいろと改善されたのだと思いましょう．
• 昼飯．
• 低温研の隅田さんのヒノキ研究 (Tree Physiology の 論文) などをながめてみる …… データは公開されているので， あれこれできるハズなのだが (下の図は隅田さんの ESJ58 のポスター発表の一部) ……

• 公開されているデータをちょっと図示してみた． ヒノキ同齢林 21 年から 40 年まで， 数字は死亡した樹齢． ふーむ ……

• 生産力と死亡確率の関係といったことがわかるかもしれない． これって現代的な文脈で何かおもしろいことあるかな． まあ， このあたりはおいおい考えていくことにしませう ……
• アリ群集モデルの改良案と決着方法について検討 ……
• 1730 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米 0.7 合． ハクサイ・油揚の味噌汁．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． 塩鮭．
  • 晩 (2000): 米 0.7 合． ダイコン・豚肉のスープ． ゴボウ・ニンジンのきんぴら．

2013 年 05 月 09 日 (木)

• 0600 起床 …… なぜかしら， 本日とら坊は朝ねぼうでこの一時間後に起床． 朝飯の準備． とら坊の朝ミルク & おむつ替え． 朝飯． コーヒー． 0820 自宅発． 晴． 0830 保育所着． 今朝はあひる組 (一歳クラス) の子たちがひよこ組にあそびにきていたんだけど， 体格はとらちゃんよりひとまわり小さい子でも， きわめて安定した二足歩行をしているというだけで 「ぜんぜん別種のいきもの」 に見えるなあ …… 0900 研究室着．
• unix まめちしき: tar には --newer DATE というオプションがあり DATE より新しい日付のものだけを選択的に tar に追加する． 圧縮版である tgz でも OK．
• unix まめちしき: ファイルの変更日付 (でいいのかな?) をあらわす文字列をとりだす方法 …… おそらく他にもたくさんある中のひとつ．

    $ echo `ls -l --time-style=+%Y-%m-%d ファイル名` | cut -d' ' -f6
    2013-05-09 # ← 出力例
  

• いきなり大学院生 (カトリンさん) のぶっこわれ PC の HDD さるべいじ作業にかりだされる ……

[かなり難しい PC 解体作業]

HP ProBook 4420s とかいうやつで， 外観からは HDD 取り出し不可能に思えたのだが …… 不幸中のさいわいなのか， HP の web site に わりとくわしい解説 があったり， YouTube に 解体作業動画 があって助かった． HDD とりだすだけなら上記動画ほどあちこち外す必要はなく， HP の解説ペイジどおりにやればよい． それでもけっこう難しいけどね．

• HDD とりだしに成功したところで， いったん釈放されたので， 昼飯．
• 午後はファイルコピーの作業手順を確立， その作業を自分でやってもらうようにしたところで， また一時的に釈放された．
• アリ群集モデルの改善作業に復帰． とりあえず， density (連続値) みたいなものを occurrence ({0, 1}) に置き換えたモデルを試してみるか．
• 北大くらうどにもっていって計算させてみる．
• 待ち時間がけっこう長い．
• 二項分布とかの link 関数に complementary log-log というやつがあるが (そしてそれを今のアリ群集モデルで使っている)， complementary ではない log-log リンク関数もあるようだ (アイルランドのリムリック大学のサイト内の解説)．

• 一時間まっても終わらんな． やはり潜在変数を離散値にしたモデルってのは， ゐんばぐすは苦手そうだ ……
• というか， そろそろゐんばぐすとかヤメたい …… 以前は R 内では bugs オブジェクトを使いたい (mcmc クラスのオブジェクトとかではなく) などといった理由づけをしていたんだけど， まあ， これはいまや相互に変換可能になりつつあるしな …… 完全に変換できるわけではないが．
• 4600 秒ほどで (3 プロセス並列化) 終了． 結果は， やはり良くないな． 何か単純なまちがいが残存しているように見える．

• うーむ …… アリ種間相互作用をあらわすパラメーター alpha[defense, offence] の事前分布を「もと」にもどしてみるか …… すなわちあのヘンタイ的な切断正規分布 dnorm(mean, tau)I(-0.01,) に ……
• 推定計算やりなおし． また 5000 秒ぐらいかかるんだろう ……
• 3 月に発売された丸山さんたち (あ，あの小松さんも共著者の一人か!) の アリの巣の生きもの図鑑 (The Guests of Japanese Ants) の Amazon れびゅー， とてもアツいですなあ …… みなさんホントにムシ好きだ． 新聞の書評とかでもいろいろとりあげられている …… ネットで掲載写真の一部がみられるが， たしかに写真ながめるだけでもすごい本だという思えてくる (私はとくにムシ好きではないけど)．
• やっぱり c-log-log ではなく log-log をつかうべきだったかな?
• 計算はなかなか終わらないので撤退することに． 1720 研究室発． 1740 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• こそだてすとれすか何なのか …… 自分ではまったく気づいてないんだけど， 私は寝ているときにウナされていて， とつぜん「気をつけてー!!」とか叫んだり， ばりばりと歯ぎしりとかしているらしい …… なんかばててるみたいですね ……
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 米 0.7 合． ダイコン・豚肉のスープ． ゴボウ・ニンジンのきんぴら．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． 紅茶豚． ゴボウ・ニンジンのきんぴら． ミニトマト． リンゴ …… さすがに季節はずれになって (しかも安いやつなので) 内部が変質していてあまりおいしくない．
  • 晩 (1920): 米 0.7 合． ダイコン・豚肉のスープ． カマスの干物． カブシュート・ネギ・ショウガ・ブナシメジ・卵の炒めもの． オカヒジキのカラシマヨネイズあえ．

2013 年 05 月 10 日 (金)

• 0610 起床． とら坊の朝ミルク & おむつ替え． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 晴． 0820 保育所着． 0850 研究室着．
• 昨日， 帰りがけにやらせておいた計算， まあ 2 月のモデル と同じようなかんじではありますな． ウメマツオアリ (spcies No.7) の挙動があやしい ……

• 志水さんが (なぜか久保部屋で長期にわたって保管されていた) 地衣類標本を回収されていった． 院生数が減少して， 院生部屋 A710 に空き場所ができたため． 搬出のてつだい．
• さてさてアリ計算のつづきだが …… リンク関数を c-log-log から log-log に変えてみた …… やはりというか， おそるべきことにというか， とうぜんながらというべきか， 結果が変わった．

• さて， ここで切断正規分布というキモチわるい階層事前分布を排除してみると …… やはり， 以前に試したのと同じように， うまくいかないな．

• 昼飯． 昨日分解した院生 PC をくみたてる作業とか．
• 計算まち時間は論文よみとか．
• 種間相互作用の alpha (例のキモチわるい切断正規分布を事前分布とするやつ) の攻撃種間のばらつきを共通にし (今まで種ごとに自由に攻撃対象間のばらつきを選ばせていた)， 切断範囲を I(-0.01,) から I(-0.1,) に変えてごまかしてみたもの …… 何かが改良されたという気がまったくしないな．

• 推定計算はおわっていないけど， 1710 研究室発． 買いもの． 1750 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 帰りがけになげておいた並列計算， 12000 秒もついやして終了． モデルがよくなかったかな …… これは「説明変数」として --- かなりやけくそながら --- 「アリがみつかる確率」 をほうりこんだもの． そして切断正規分布の排除．

• ねらいどおり， ウメマツオアリみたいな比較的低密度なアリの効果は消えたのだが …… 他の alpha がめちゃくちゃぎみだな …… いや， そんなに悪くないかも．
• しょうがいないので， くだんの階層事前分布を「上下対象」に切断して， 計算をやりなおしてみる． つづきはあした．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米 0.7 合． タマネギ・油揚の味噌汁． ソーセイジ．
  • 昼 (1300): 研究室． 米 0.7 合． ゴボウ・ニンジンのきんぴら． ソーセイジ． 紅茶豚． ミニトマト． リンゴ．
  • 晩 (2020): 米 0.7 合． タマネギ・ブナシメジのスープ． カマスの開き． ホウレンソウのゴマあえ．