ぎょーむ日誌 2009-12-08

2009 年 12 月 08 日 (火)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． ちょっと雪． 今朝も寒い． 0910 研究室着．
• なぜかしら， 今日も午前中はメイルかきとかでオワった．
• 近日中に北大図書館の HUSCAP で公開しようとしている「『アリのケンカ』の統計モデリング」 で少し苦しんでみる． HUSCAP には別刷 PDF ファイルではなく， 私が最終的に「蟻」編集部にだした原稿ファイルを登録する必要がある． さてさて …… この原稿の執筆時点では Vine Linux の tetex-3 を使っていて， しかも日本語な参考文献リスト生成のため jecon.sty を改造して使っていたのだが (今年の 2 月末 に試行錯誤してる) …… これが Vine 上でありながら UTF8 なコーディングを要求され， しかも現状は何でも UTF8 な Ubuntu を使っていながら LaTeX まわりは EUC-JP でなければ動かない， というわけのわからぬ状況で ……
• 私が現状で login できる唯一の Vine Linux 4 機である， 非力な web server に LaTeX 一式を apt-get install して， なんとかコンパイル …… しかし dvipdfmx による PDF ファイル化ができん!
• そこでいささか乱暴ながら DVI ファイルその他一式を 手元の Ubuntu マシンに scp して dvipdfmx したら何とか原稿版「アリのケンカ」 PDF ファイルが生成できた． ぐったり．
• で， いつもお世話になっている北大図書館 HUSCAP 担当のかたに連絡． 近日中に公開されるでありましょう．
• 昼飯くいつつ， R の補間関数について調べる．
• 1300 より 1.5 時間ほど， 川久保さんデータ解析こんさるのつづき． 昨日は補間にヤラれていたわけだが …… どうせセンをひくだけの投げやりな問題なので， ならば標準とうけい package の library(stats) (ふつー起動時に自動 load されます) の approx() だの approxfun() だの 使えばよろしい， ということになる．

• 上の図で「なんとなく」示されているのだが …… 近似関数の「もと」になるデータが x と y があるとして， approx(x, y) でいきなり内挿点の値を生成し， f <- approxfun(x, y) で内挿値を出力する関数 f が生成される， というもの．
• で， まああとは library(lattice) 作図法のやりかたを示して終了． 生態学のデータ解析には lattice 図は必須ですな …… しかし lattice 図を作るためには， data.frame トランスフォーメイション (要塞型から強攻型?) な reshape() 関数の使いこなしが必要とされるんだよね． Sarkar 本にあるように xyplot(Y1 + Y2 + ... ~ X1 + X2 + ...) といったワザで切りぬけられる場合もあるけど．

[Sarkar Lattice 本の翻訳版]

出版社から贈っていただいた， 「R グラフィックス自由自在」， Sarkar の Lattice 本 (写真左) を石田さんたちが翻訳されたもの． 上に書いてるように lattice な図はデータ解析に必須． 翻訳版はなかなか高い (4700 円 + 消費税) のだけど， 原書にはない利点がある． それは「図が大きい」ことで， 紙面は原書と同じなんだけどすべての図がちょっと拡大されており， それでずいぶん見やすくなっている． 同じく石田さんたちが翻訳された 「R データ自由自在」 もあればさらに有用でしょう …… というのも， (上の reshape() わざのような) R 内でデータ変換がてきぱきできると lattice 作図にかぎらず R 作図が格段に良くなるからだ．

• 石田さんたちには ggplot2 本 の翻訳版も出していただきたいですね．
• メイルの inbox にまだ残存している何件かのデータ解析あれこれメイル， つらつらとながめてどうしたもんかなーと思う …… 岩波本作業をススめたいのだが ……
• しかし放置メイルも気になるので， 先日のやまとコトバな霊長研データ解析統計モデリング集中講義に果敢にも参加してくれた Andrew の質問メイルにぐだぐだと長い敵国語メイルを書いてみる ……
• また別のデータ解析こんさる．
• また別のデータ解析こんさるメイルかき．
• 残ってるのは甲山さん・Matt な Pasoh 熱帯林 rejected 論文のデータ再解析メイルなのだが …… まあ， これは放置して撤退しますか． 今日も岩波本はメモ書きぐらいしかできなかった． 1820 研究室発． 1850 帰宅． 晩飯の準備． うんどう． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 30 分間． 寒くなってきたので， 室内うんどう．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1300): 研究室． 北部生協に出張してきた屋台で買ったお好み焼き・たいやき． リンゴ．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． 豆腐・ナメコの味噌汁． キャベツ・ニンジン・ニラ・豚肉の炒めもの．