ぎょーむ日誌 2008-06-09

2008 年 06 月 09 日 (月)

• 0730 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 晴． 今日は暑くなるそうで． 0905 研究室着．
• データ解析こんさるメイル書き． 医療統計学， というか背後に何か病理学的なメカニズム・過程を考慮せねばならぬ 時系列データセットの統計モデリングは難しい． というか私ではなくそのスジの専門家にあたってもらったほうが よいのではないかなぁ．
• 帯広開花データ整理のつづき． data.frame 操作して， library(lattice) の xyplot() してみると， この複雑きわまりない観測データにおいて 「どこに何があるのか」 が少し把握できた． 入力まちがいもいくつかある， ってのも図示してみるとわかるね．

• 全データを使ったモデリングは可能． しかしやめといたほうがよさそう． 理由はふたつ． モデルが複雑になり推定結果の解釈が格段に難しくなる． そして， モデルが複雑になり共同研究者たちはそれを理解できない．
• 帯広分断林の開花モデリングの試作ってのを 昨年 7/2 にやったんだけど， そのときのモデルというのは
  • 2001 年データだけ使った階層ベイズモデル
  • 「開花した・しなかった」だけをあつかう
  • 種差 (25 樹種)，サイズ依存性， (ちょっとアヤしげな) 明るさ依存性 を考慮したモデル
  まあこのように単純なものであったわけだが …… もし上の全データを使ったとすると，
  • 去年さいたので今年はさかないといった一個体内の 連鎖を考えねばならない
  • とうぜん個体差・年差もみえてくる
  • さらに直径成長・ 高さ成長 (ほとんどデータなし) とのかねあいもモデリングする必要がある
  • あちこち欠側だらけなのでそれをおぎなう latent variable の数が膨大なものになる
  といった理解が難しいものになるだろう．
• そこで昨年つくった試作版 (これは今年 4 月にひととーり説明してみた) をちょっとだけ改良したモデル， にコマを一歩ススめるのが無難ではないかな?
  • ある年の「開花した・しなかった」 だけに着目， ただしその前年の「開花した・しなかった」 も考慮する (これが欠測の場合は latent variable を使う， とか)
  • 直径成長モデルはいれない
  • サイズ依存性・明るさ依存性などなどの 樹種差を説明できるようなモデル
  • 個体の性・樹種ごとの生活型など他にも必要な要因をいれる
  • 樹高を考慮するなら 2002 年前後のモデリングになる
  • 場所差を強調したいなら 2004 年
  といったところか?
• てなこと考えながら昼飯．
• この「無難そうなモデリング案」はどうでしょう， といったメイルを書いてみる． 帯広に送信．
• 日本学術振興会から「あんたの科研費申請が却下された理由」 が送られてきた． 申請課題名は 「生物群集データを解析するベイズ統計学手法の研究と応用」， まず区分内の採否はこんなかんぢで:

  	応募件数	採択件数
  萠芽研究	15605 件	1117 件
  (その中の) 生態・環境	67 件	5 件

  これは思ったよりキビしい競争だったわけだが， まあそれはどうでもよい …… というのは， 書類審査の結果がこのようにヘボいからだ:
  • A (上位 20%)
  • B (20% - 50%)
  • C (50% 以下)
  この敗因は
  評価要素ごとの結果 (4 段階の評定結果の平均点)

  研究課題の学術的重要性・妥当性	3.00
  萠芽研究としての妥当性	2.50
  研究計画・方法の妥当性	2.50
  研究課題の独創性及び革新性	3.00
  研究課題の波及効果及び普遍性	3.50

  まあ「萠芽研究としての妥当性」ってのは改善しようがないような気がするんだけど， 方法論屋としては「研究計画・方法の妥当性」が低いってのはイカンですな …… うん， バカ正直に 「データ解析したうけぎょーむがたくさん滞納してるので， いろいろやってみまーす」 といった方向性で書いちゃったのがマズかったんだろうな．
• まあ， つぎの科研費は 「私はもう○○にしか興味ありません，これしかやりません， もうこれしかないっスよ」 といった方向で書いてみるか． 方法論屋としてはアホらしい気もするが． ○○に入るのは …… 現時点で思いつくのは苫小牧樹木の成長モデル． はてさて， どうなることやら．
• さきほどだしたメイルの返信はすぐにはこないだろう， ということで 帯広開花データの複雑さを解明する作図作業のつづき．

• 開花データもけっこうぬけてる． そして一個体の中での開花連鎖はよくわからん． まあ， 図をかえたらどんな様子なのかもうちょっとわかるかもしれないけど．
• とりあえずさらに樹種ごとにわけて図にしてみる． これは長いので pdf() 関数で PDF file に出力．

• R 作図でよいところのひとつは， やはり「欠測はどこにあるのか?」 が見えやすいところかな． 1900 研究室発． 途中でわすれものに気づいてまた研究室にもどる． 1940 帰宅． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.6 合． キャベツ・ニンジン・ミズナ・ネギ・ハムのサラダ． ヨーグルト．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． キャベツ・ニンジン・ミズナ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 晩 (2100): 米麦 0.7 合． ニラ卵炒飯． ダイコン・ワカメの酢のもの．