ぎょーむ日誌 2008-03-09

2008 年 03 月 09 日 (日)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー．
• …… いかん， また怠業もーどに落ちこんでいた． ぎょーむ日誌など書いてぎょーむもーどにぢりぢりと移行してみる．
• R 自由集会 のメイルかきとか． 竹中さんがすでに発表の準備されたのでそれに関するコメント． 私が考える「初心者にとっての R 作図難所」:

  ひとつめはデータの入力に関する部分です．端的に言って，テキストファイル
  とか CSV ファイルといった概念がよくわからない，と言いますか「ふつうのゑ
  くせるファイルと何がちがうのか」といったあたりがわからなくて困っている
  ヒトがときどきいます．一番極端な事例ですと，foo.xls というファイル名だ
  けを foo.csv に変更して「read.csv() でうまく読めません」といったことが
  ありました．データが read できないと何もできないので，このあたり「(デー
  タ入力はつねにゑくせるでなされるという前提のもと) R では『名前をつけて
  で保存』された text, csv file でないと読めない」といった単純化した説明
  (R commander などではまた別の手口が準備されてるみたいですが) が良いので
  はないかと思います．ここは文字どおり入口の難所だと思います．
  
  二点目は R の作図関数の (おそらく初心者にはやや奇怪な) col, pch, cex,
  lty, lwd といった属性指定の説明が補足できないだろうか，といったあたり
  です．これはキリがないので，今回はごく簡単にしか説明できないと思うので
  すが……やはり上述の 5 属性ぐらいはひとつのスライドでごく簡単に説明さ
  れてよいのかもしれません．また今回の「ループ重視」な話とすこしずれるの
  ですが，単純な plot でも
  
  http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/IntroductionPlot1.html
  
  これの上から三番目のような図みたいに複数色を一度に指定できるといった点
  は R 作図初心者の皆さんにはいつも感銘をあたえるようです．
  

• あ， 自由集会といえば， うちあげの予約というか「人数確定してなくてごめんね」 予約フォーム投稿とか． こういう場合， 携帯電話をもっていない客 (すなわち私) なんかもイヤがられたりするんだよねえ ……
• 昼飯． 1445 自宅発． 晴． 1500 研究室着．
• またトドマツメイルかき． その他メイルかき．
• ここの研究院 (研究科) の web 管理委員会の wiki を PukiWiki で作る． PukiWiki のインストールはお手軽で， 5 分もあればとりあえず動くものが設定できる．
• さてさて …… 生態学会福岡大会初日 (3/14 金) まであと 5 日． 最低限のやることリスト:
  • (ひとまず終了) 一般講演: アリポスターの準備
  • R プログラミング自由集会: 前口上的な部分
  • ベイズ企画集会: コメント (まあ 1-2 分で終わるような)
  • (ひとまず終了) 山地生態学企画集会: 占部さんの計算したうけ，PP-ZP-Fish 系の再計算
  …… それでは， 次の準備， ベイズ企画集会のこめんとのため， WinBUGS に空間モデルの事前分布を提供している GeoBUGS の user manual を熟読してみる．
• 読んでみてだんだんわかってきたのは， この GeoBUGS 世界は巧妙ながらなかなかヘンてこだ， というあたりか． 少なくとも下のふたつの Gaussian な conditional autoregressive (CAR) model の区別はつくようになった．
  • car.normal(): intrinsic Gaussian CAR model を使っているので， 「隣接」サイトとの共分散構造は定義されているけれど， 「全体」のばらつきなんかは定義されていないモデル． つまり空間モデルではない GLMM なんかとの対応は見えにくい．
  • spatial.exp(): こちらはクリギングなんかで使われるような， 近傍と全体の分散をつなぐ semi-variogram モデルを念頭においたもの． ただし nugget が定義できないようで， そうだとするとやはり空間構造なしの GLMM との対応は見えにくい (あえていえば Φ がかなり大)．
  …… といったところか? 明日になったらまた訂正するかもしれないけど．
• 2015 研究室発． 2030 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): ヨーグルト． シリアル．
  • 昼 (1330): スパゲッティー． タマネギ・エノキダケのクリームシチュー．
  • 晩 (2120): 米麦 0.7 合． ダイコン・シュンギク・ネギ・マイタケ・タラすりみの煮物．