ぎょーむ日誌 2008-03-03

2008 年 03 月 03 日 (月)

• 0820 起床． よく眠れなかった …… すごくねむい． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 曇． 0945 研究室着．
• さすがに減ってきたデータ解析こんさる宿題， さっさとかたづけなくては …… と思っているんだけど， なかなか着手できない．
• 井田君とちょっとタチギボウシデータのモデリング雑談．
• かなり前に 「nested 事後分布図の作図プログラムください」 と依頼されてたので， その準備． 作図プログラムからよけーなところをそぎおとして， 抽象化というか一般化のどあいを少しだけ強めてみる …… という作業に時間とられる． とりあえず， nestedplot20080303.tgz (ゐんどーづなヒトなどはこの中の win ディレクトリ内ファイル を使ったほうがよいかも) というのを作って簡単な説明かき．

[簡単な説明]
とりあえず

・展開したフォルダ中の post.mcmc.RData をダブルクリックして R を起動し
  てください (これは R の起動と作業ディレクトリの変更を同時にやってい
  るだけで，post.mcmc.RData じたいはあとから作図プログラム中からあらた
  めて load() しています)
・とりあえず，R のコマンドラインで source("plot.R")

とすれば図を描くはずです．

ファイルについて解説しますと

・post.mcmc.RData: 例題データ

・plot.R: plot.func.R 内の関数をよびだして post.mcmc に格納されている
  データで作図する R スクリプト

・plot.func.R: 二段に nest している事後分布図を描く関数の定義，このと
  きに nestplot.R 内で定義されている関数を利用している

・nestplot.R: 汎用的な nested 事後分布図を描く関数群の定義，何段 nest
  していても作図できるように定義されている

• bugs オブジェクト (library(R2WinBUGS)) を mcmc オブジェクト (library(coda)) に変換するのは このあたり 参照．
• というふうにまた宿題が一件落着したら， とっくに昼すぎ． 北大生協中央購買まで昼飯調達の旅にでる． 歩いてると， さきほど井田君にかなりでたらめなコトを教えたような不安感がつのってきた． 購買に寄ってから 7F 井田君のところにいって詳細を確認． 結果としては， 当方の思いすごしで問題なさそうだった． いかん． やはり今日はばてぎみだ． 昼飯．
• また別のデータ解析こんさるメイルかき．
• 7F の Annika さんに呼ばれて， 彼女の assistant student の計算機不調の修理． Knoppix を使ってハードウェアや HDD の file system がこわれていないことを確認． 診断: ゐんどーづが自殺的な自己書きかえをしたので OS が起動しなくなりました． 処方: りかばりーディスクみたいなものをさがしてください …… ゐんどーづ一般ユーザーではこれは無理だろうなあ， と危惧しつつ．
• 私が共著者になってる苫小牧でんどろ論文， CJFR に却下くらったのだが …… うーむ， reviewer 二人とも GLM のたぐいの基礎をまったく理解できていない， という状況はなんともはや ……
• ばててきたので早めに撤退． 1750 研究室発． こういう日は散髪でも …… とクラーク会館地下にいくと， 閉店時間がちかいのに先行客が二人も． 気のヨワい私はすごすごと退散． 買いものして 1900 帰宅． 体重 70.6 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• 生態学会福岡大会初日 (3/14 金) まであと 11 日． 最低限のやることリスト:
  • 一般講演: アリポスターの準備
  • R プログラミング自由集会: 前口上的な部分
  • ベイズ企画集会: コメント (まあ 1-2 分で終わるような)
  • 山地生態学企画集会: 占部さんの計算したうけ，PP-ZP-Fish 系の再計算
  何も着手できていない． 明日はアリポスターをススめたい． 今日いろいろやったからデータ解析こんさる宿題は現時点では一掃されたんで． 嗚呼， データ解析こんさるではない宿題は一件のこっていたなぁ ……
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): ヨーグルト． リンゴ．
  • 昼 (1400): 研究室． 北大生協サンドイッチ．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． 麻婆豆腐． ダイコンサラダ．