ぎょーむ日誌 2008-02-08

2008 年 02 月 08 日 (金)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0825 自宅発． 晴． 0840 研究室着．
• トドマツ母子関係再解析にとりくんでみる …… なンかうまくいかないなぁ， と思ったらデータ行列の列名とかかなり変更されてしまっている， とわかった． これは R によるデータ変換プログラムの内部をいちいち修正していくほかない．
• とりあえずまた R2WinBUGS 経由でゐんばぐすに種子散布カーネルその他の推定やらせてみる …… 2000 MCMC step なのに計算にやけに時間かかるな， と不審に思ってぎょーむ日誌を調べてみると， 2007-04-09 の記述によれば， なンと! この計算には (A801 Dell desktop 機で) 7000 秒もかかる， とわかった．
• 非力な ThinkPad X31 での計算はただちに中断． Rsync で計算環境を A801 院生部屋奥の Dell 機に秘かに送りこんで， ssh 経由で計算を命じる． えーと 1150 ごろ計算終了， なのか?
• あと 20 分ほどで後藤さんがこちらに見えるので (何か札幌で開催される会議のついでにまたこちらに来てくださるそうで)， Molecular Ecology からの論文修正要求 (reconsider after revision) を今ごろ読んでみることに． いや， 以前にもざっと見たんだけど， 階層ベイズモデルまわりはあまりケチをつけられてなかったように思ったんで 放置してた．
• Molecular Ecology というと， なぜかしら 「拙速」「どたばた」とかいう印象なんかもあったんだが (実際ヘンな論文なんかも掲載されているように思えるが)， subject editor も refree もていねいに読んでいるなぁ ……
• 1030 すぎ， 後藤さんが見える． さっそく対策相談 …… といっても， 冷静にみれば私が担当した部分ってのは まあおまけ解析みたいなもん (「けっきょくのところ， 子供を残すことに成功してる母樹とはどれぐらいのサイズだったり どんな dispersal kernel をもってたりすると推定されるか」 問題) であり， しかもこのへんに関しては皆さん「そんなもんでいいんじゃないの」 なご意見のようなのであまり修正すべき点がない．
• いくつかの修正点の確認やって， 一時間ちょっとで終了． 北大正門前に昼飯くいに出る． R 勉強中の後藤さんから data.frame 基本操作 の参考になる書籍は何かありませんかね， ということで， そういう目的ならば 間瀬さん の R プログラミングマニュアル が最良でしょう， ということで食後にすぐ近くの紀伊國屋書店で「これです」と現ブツのところまで ご案内してみる．
• 後藤さんはその後， 札幌市内での所用 (というか本日のメインの用事) へ． 私は研究室にもどる．
• トドマツ階層ベイズモデルの再計算， 7800 秒で終了してた (事後分布表， BUGS code)． 子供樹木数が 413 から 419 個体に増えたけど， まあ以前とほとんど変わってないな．

	# median (2.5%, 97.5%)
	normal2D(sd.base)           31.2 (24.6, 38.2)
	normal2D(sd.base + sdMt)    28.9 (7.5, 180.3)

• このように R で作図プログラムを作っておくと， 論文の図の作りなおしなんかもすぐに終わるのである．
• と計算機に労働を押しつけてるにもかかわらず， 私のほうもなンだか体力ぎれ． うう． トドマツ原稿修正に関してはあまり労力をつぎこまなくてよい， と判明したので安堵 & 脱力してしまったのか?
• 院生が論文 PDF file 印刷問題 「縦方向だと指定してるのに勝手に横方向になる」 …… 自分でもよくわからぬまま思いついた直感的解決方法としては， Acrobat Reader の version を 7 から 8 (最新版は 8.1.2) にすること． で， この処置によってうまく印刷できるようになった．
• またトドマツ関係について文書よみなおしたりするのはめんどうなので， さきにこちらの修正文案作文とかにとりくんでみるか． えーと， 修正した図表はもう自動生成しちゃったわけで …… ただし図に関してはまだ追加 & 削除が必要． ただしこれは後藤さんの指示まちだな．
• 2/29 (金) 帯広畜産大の紺野さんのところにおじゃまするので， JR 北海道 で特急券の予約， とか． 毎朝の NHK のラジオとか聞いてると， 道内の鉄道はそれなりに「満席」状態とか報じられているので (北海道ではそういうことをラジオでお知らせしているのである)． で， この切符予約サイト， なかなかわかりにくい． 二度と使うかどうかもわからんのに会員登録させられるし ……
• そうだ， トドマツ改訂に関しては， 使うかどうかよくわからぬ図を一個つくっておかねばならなかった ……
• と思ったら， 次のデータ解析こんさる． 生態遺伝の岡田君で， クワガタの大アゴの形状の …… あろめとりーな解析． 植物ならともかく昆虫なんだから， 遺伝子とエサ食った量にもっときっちり支配されていてくれよ， という期待もむなしくけっこう個体差がある． variance の統計モデリングが重要になってしまう． そして「二型」というおもしろい問題を， こういうありがちなあろめとりー解析でどうこうできるかどうかも …… というか， 二型なるものの定義と至近要因を考えると ……
• などとうだうだ述べつつ， 安直な統計モデリングやってたわけだが．
• 意外にも， というかまたまた手こずってしまいましたよ． うう． 2130 研究室発． 2145 帰宅． 体重 70.2 kg． ばてばて． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 不健康なる日々， つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): ヨーグルト． リンゴ．
  • 昼 (1200):

[北大正門前「駿」]

後藤さんと昼飯． 本日の B 定食， サケのカマ焼き． コーヒーつきで 980 円 ちゃんとした昼飯を食うのはずいぶんとひさしぶりのような気もする．

• 晩 (2230): 米麦 1.0 合． 豆腐． ダイコン・ニンジンのコンソメスープ．