ぎょーむ日誌 2007-11-26

2007 年 11 月 26 日 (月)

• 0850 起床． 0900 自宅発． 晴． 今朝は比較的温暖． 0915 研究室着． 計算結果ながめつつ朝飯． コーヒー．
• 3.3 万秒つまり 9 時間 10 分ほど費やした Pasoh 熱帯樹木 200 種の 樹冠を表現する階層ベイズモデルの計算 (時間がやや短くなってるのは「種差」パラメーターの種類を 6 から 4 に減らしたためである) …… 10000 MCMC step を費やして， そうですなぁ， まぁ収束してるように見える (事後分布表， BUGS code)．

• 主要な「種間共通」パラメーターの MCMC されぐあいはこう． ホントはもっと長く sampling すべきだろうな．

• 「種差」パラメーターのばらつきぐあいはこう． 階層ベイズモデルで表現される生物群集ってのは， こういうふうに「ちょっとずれてる」事後分布の集合となる．

• 上の個々の図はこういうかんぢで．

• …… ともかく矢澤さんの修論中間発表的なセミナーは明日なので， この結果を引きわたすことにしようか．
• お茶部屋に招集されたので出頭してみると， 大学院生たちがベイズ新聞記事でもりあがっていた． なんでも， 朝日新聞土曜日版にベイズな記事がのってたそーで …… 統数研の樋口さんによる解説， あとは「ベイズってこんなに便利です」という工学系のヒトたちの解説だった． 「300 年後に脚光」 ってのは今から 300 年後にハヤるという意味ではなく， 300 年前の Thomas Bayes の発見にもとづく， とゆーぐらいの意味で．

• まだ樹高「逆」加重 resampling ができてないけど， 矢澤さんにここまでの計算結果のひきわたし．
• resampling の準備を …… とプログラムに入りそうになったところで， 午後からセミナーあること思いだしてその予習． 予習しつつ昼飯．
• 1300 から Novotny さんセミナー …… のはずだったんだが， セミナー主催者の村上さん (苫小牧) から「poorpoint 使える PC を一台」 といきなり所望されて地環研内を走ることに． 院生のマシンを貸してもらう．
• Novotny さんはこういう Nature 論文 とか出してるヒトで， 今回はパプアニューギニアの熱帯林内昆虫群集を研究するための logistic (これは個体群成長でもなければ統計モデルでもなく 「兵站」の意味) を含めた組織・システムづくり， ニューギニア島東北部の低地熱帯林 8 箇所間の比較， 低地林と山地熱帯林との比較， 熱帯と温帯 (Novotny さんの地元の中欧!) の比較， ムシを取りつくすための熱帯林分の皆伐的なサンプリング …… などなど．
• 熱帯セミナーきいたあとは熱帯したうけにもどる．
• 平尾君にゐんばぐすわざ講習， ちょっとばかり．
• Pasoh 200 樹種の憶測サイズ分布計算できた． パラメーター事後分布推定のついでに計算させてた Gamma 混交な指数分布からのランダムサンプル， こいつを対象樹木個体選抜時のサイズ依存 weight を「逆加重」して sample() (R の関数) してやると「もとのサイズ分布」が得られる， というコンビネイションわざ． 樹木のサイズ分布には指数分布みたいなの使うのがよいらしい …… ということでそれほどヘンではない憶測値がでている， と確認できた．
• ということで， これも矢澤さんにひきわたして， 熱帯したうけは一件落着 ……
• で， 次は宮田さんの苫小牧計算， と ……
• 1940 研究室発． 帰宅途中で苫小牧計算のまちがいに気づいた． いやはや． 2000 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 期せずしてうんどう休養日に ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 研究室． 食パン．
  • 昼 (1240): 研究室． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (2020): 米麦 0.8 合． ホッケ． ホウレンソウおひたし．