KuboLog 2007-11-24

2007 年 11 月 24 日 (土)

0900 起床．うー．コーヒー．朝飯．洗濯．怠業． 1105 自宅発．曇．今日は気温高い． +3°C．札幌駅で日本ハムリーグ優勝パレイドやってるみたいで，上空にヘリが 3 機もホヴァリングしている．北 12 生協で昼飯かってから， 1120 研究室着．

8000 step に 8 時間 28 分を費やして MCMC 計算が終了していた．やはり 200 樹種もいるとこうなるのかねえ．太さ vs 樹高に関するパラメーターに関しては収束はいまいちよくないけど，計算やりなおすと半日かかるのでとりあえずこの事後分布を調べてみるか (事後分布表， BUGS code)．

次のちょー長時間計算はまた今晩やらせることにして，こういう狂った 200 樹種階層ベイズモデルの MCMC 計算結果をとりまとめる作図方法など検討することに．

昼飯．

夕方までかかって， 200 樹種事後分布を作図する工夫．例によって， library(grid) を駆使してみたわけだが ……

やっぱりわけわからんかねえ …… 上のほうを拡大してみるとこう．

事後分布あれこれよくよく見てみると，推定された「観測誤差」がかなり大きいとわかった．平均の 20% ぐらいか? 下の図ぐらい小さいと良いのだが ……

[「観測誤差」が平均に比例モデル]

こんなかんじになるはず．ところで「観測誤差」だの「誤差」だの気やすく error よばわりされているこのばらつき，実態はもうちょい面倒なのである．たとえば，特にこのデータの場合，一個体から一データしか取ってないのでホントの意味での「観測誤差」は不明，個体差など random effects と区別が付かない，という悪しき状況にある．生態学研究者「えーと，これは誤差で……」とか言いたがるわけだが， (ホントの) 観測誤差と random effects がきちんと区別できるように観測してくれることは …… まったくマレともうしますか．

えーい，ところがところが

	log.err[k] ~ dexp(100)
	tau[k] <- 1 / (log.err[k] * log.err[k])

てなふうにしたら， Gibbs sampler は絶望的に時間のかかる値探索を始めてしまった．

しょうがないので，「誤差」の比例定数を 0.05 とかいうふうに固定してみよう．これによって，今朝得られた計算結果では「何もかも個体差もしくは測定誤差」だったものが，「やっぱり種差かも」になってしまうだろう．どっちの結果が正しいのかよくわからないんだけど．

研究室から脱出するときに，矢澤さんと話してみると「最大さいず」とかを計算しろ，という方向に．いやはや．

じつは，この問題についても以前から統計モデリング的な検討やってるんだけど …… 安直なるあろめとりーなヒトたちは漸近パラメーターのいいかげんな憶測値でもって「最大さいず」呼ばわりしてるのが現状で (少し用心ぶかいヒトは asymptote size とか呼んでる)，野外センサスデータしかないときにはこれはかなりまずい方法だ …… 今後もこのまずい方法が使われ続けるだろうけど．

そもそも「最大さいず」なるものはセンサスデータを逆さにふっても 絶対にでてこない数値なので (「仮に 100 個体サンプリングしたときに得られる最大サイズ」なる条件付き最大値の確率分布なら計算できるけど)，これは 95% サイズとか 99% サイズみたいな値の推定値を算出すれば十分だろう．で，樹高みたいなのは D-H 関係の経験式というか憶測式だけで算出できないわけで， D の確率分布もこんなふうに計算しないといけない:

樹種ごとの「みかけ」のサイズ分布 --- log(サイズ) が Gaussian-exponential distribution にしたがう，で十分だろう (パラメーターの分布を群集内でシバる必要があるか?)
「逆加重」 resampling
「上」のほうの quantile 値の確率分布の推定

なんでこうするかといえば，今回の Pasoh データの一樹種 20 sample はランダムに選ばれたのではなく，「でかい個体を偏重してとる」という重みつきランダムサンプリングになっているからだ．まあ，明日はこういうのも組み込んでまた MCMC 計算やりなおせばいいんだろう …… 2055 研究室発． 2115 帰宅．晩飯．

[今日の運動]

腹筋運動 30 × 3 回．腕立ふせ 10 × 3 回．スクワット 100 回．

[今日の食卓]

朝 (0930): 米麦 0.6 合．ネギ卵炒飯．ダイコン・キュウリのサラダ．
昼 (1330): 研究室お茶部屋．北 12 生協の納豆巻．野菜ジュース．
晩 (2240): 米麦 0.8 合．ジャガイモ・タマネギ・ナス・ニンニク・ブナシメジのカレー．リンゴ．

ぎょーむ日誌 2007-11-24

2007 年 11 月 24 日 (土)