ぎょーむ日誌 2007-06-19

2007 年 06 月 19 日 (火)

• 0740 起床． コーヒー． 朝飯． 0910 自宅発． 晴． 0925 研究室着．
• アリ作図のつづき． こういう図をつくってみる． 電気鼠もちいぬ LaTeX 作図をやってみたわけだが …… こういう LaTeX コード になってしまい， こうなるとわかっていたら， もっと「長さ変数」とか設定しまくるプログラム然としたモノ にすればよかったかも， と． あるいはこういうコードを生成する R プログラム作ればよかったかな．

• じつはこの図で表現されているモデルには問題があって …… 「ホントに antennation が先か?」 ということなんだよね． 岩倉さんに確認しておかなくては． まあ， おそらく攻撃に関しては攻撃→その後 antennation ってのは ほとんどないだろう， と思うんだけど．
• 1030 より 研究室セミナー， 今日は木村君で青森県 仏沼 の火入れ処理に対するヨシその他植物の応答しらべます， という自分の研究計画の紹介． 湿原のヒトたちは， 地面の PH とか測るの好きだねえ …… しかし (空間的にそれほど離れてない場所で測定された) こういった測定値が現象の説明に有用だった， という研究例はあるのだろうか?
• やっぱり何か周辺 (marginal) 事後分布図だしたほうがいいよなー …… と検討．
• しかしよくわからぬまま昼飯．
• ゐんばぐす出力をよみこんで， R の中で条件つき事後確率を計算するプログラム作り． 330 (個体) × 600 (MCMC step) の行列を 3 つ (antennation 確率，antennation ナシの場合の攻撃確率， antennation 後の攻撃確率) を生成させる．
• 1500 より 70 分ほど動物生態の藤原君とエゾアカヤマアリ相談． 統計モデルについて説明してみると， 用語でまずい点に気づいたり， あるいはちょっとヘンかもしれない点を指摘してもらえた．
  • 「antennation が先」 というモデルはどうやら正しいみたい
  • nest / colony はちゃんと区別して使わんといかん …… しかし polydomy の場合はあまり厳密にできんよーな
  • 「このコロニーは supercolony の一部」 ってのは， じつはケンカする・しないで supercolony かどうか定義されてるんだよね …… まあ， 「supercolony ということにされてたコロニー」 とでもしますか
  • supercolony を隠れ変数であつかう， ってのもおもしろいアイデアかもねー
  …… といったことども留意しつつ， さっさと計算メモまとめたほうがよさそう．
• で， 昼飯前後から苦闘してる事後確率分布図， だいたい部品 (自作 function()) がそろってきたので， ちょっと作図してみる．

• 横軸は対数軸ならぬ「logit 軸」． ろじっとについては 粕谷さん馬車馬ぶろぐの エントリー 参照のこと．
• 1925 研究室発． 1940 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• おうぷんおひすで EPS export できるとのご教示で， これって ver 2.2.* 系なんだろな (2.0.* 系では PDF export しかできない)， download & install めんどくさいな， と思いつつもとりあえず sudo apt-get remove openoffce.org とアンインストール命じて (Vine Linux 版における最新版 RPM package は 2.0.4 ではなく 2.0.3 だった!)， ring server 2.2.1 をダウンロード． これは汎用 RPM になってて， 必要なコンポーネントだけ sudo rpm -Uvh できる．
• たしかにおうぷんおひす 2.2.1 だと， PDF だけでなく EPS その他で export できますなあ …… おお， SVG export もできるってことは inkscape で import できるわけで …… これはまあまあうまく export-import できてるように見える． まあ， 修正が必要なら inkscape でできそう， ということで． それなりに手作業による補正が必要そうだけど． そうか， SVG なら Perl とか R とかで変換できるかも!

• [今日の運動]
  • うーむ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.7 合． ネギ・豆腐の味噌汁． トマト． コマツナのゴマあえ．
  • 昼 (1250): 研究室お茶部屋． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (2120): 米麦 0.7 合． キャベツ・レタス・モヤシ・ニラ・ニンジン・ショウガ・ ニンニク・ブナシメジ・豚肉の炒めもの． コマツナのゴマあえ．