ぎょーむ日誌 2007-06-06

2007 年 06 月 06 日 (水)

• 0740 起床． コーヒー． 朝飯． 0910 自宅発． 晴． 0925 研究室着．
• 昨日の夕方になって統合版をつくった地衣類繁殖の階層ベイズモデル論文の 原稿のみなおしのつづき． 主著者の志水さんとしてはこれを地衣類まにあのための Journal たる The Lichenologist に投稿したいらしい …… ざっと検索してみると， Bayesian な手法は地衣類まわりでは系統解析だけに使われていて 生態学的な問題ではまだ使われてないな (そういえば似たような検索を google scholar でもやったことあるな)． というか， そもそもいわゆる生態学的な問題をあつかった地衣類論文は そんなに多くないのである (分類・系統解析・地理分布の論文が多いみたいだ)．
• ということで地衣類モデル作文のなおし．
• 奇妙な表現のようだけど， Markov Chain Monte Carlo なチェインという意味で MCMC chains とゆー表現はけっこう使われてしまっている (私も使ってる)． まあ， 使われてしまっているからといって， これが適切かどうかよくわからんのだけど．
• Discussion 節もちょっと書いてみる． 書いてて 「そもそもこの二種類の地衣類が好む『明るさ』って違うんでは」 と今さら気になったので， 今さら図を作ってみる． まあ， このサンプル数では何とも言えないような …… あえて言えば Umbilicaria cylindrica (画像) は場所に好みがあるかもしれないけど， Lasallia pensylvanica (画像) はよくわからん． ついでにデータ構造も 岩(岩面(個体)) となってて ややこしーし． そう言や， 岩面の面積もわからないんだっけ．

• 作文なおし． いつまでたっても おうぷんおひす writer は楽しくない． テキストエディターの世界に帰りたいよー …… っていうか数式があろうがなかろうが LaTeX のほうが論文かきなんかはだんぜんラクだと思うんだが (頻出する学名のマクロ化とか)．
• MacOS X 使いの志水さんから (当方がアップロードしたファイルを) 「NeoOffice で open したら数式部分が□文字列挙状態」 ……?! いやはや． 当方 Linux 先方 MacOS X という OS 依存な問題かしらん?
• うーむ， Vine な OpenOffice の Math (oomath) の font を作業前に変えとく (default とする) ってのをやってなかったのがマズかったのかしらん? お茶部屋 iMac 上の NeoOffice では何の問題もなかったのになぁ …… と正しいのかどうかもよくわからぬ面倒な手作業を． こういう「おひす系そふと」なんぞ使ってしまうと， 人間にとってじつに屈辱的な労働を要求されてしまう状況が多発するね． まあ， 多くのユーザーにとってはそれが「安心感」なんだろうけどね …… でなきゃ， 皆さんかくも喜んでこんなソフトウェアつかうわけないもんなぁ．
• てな愚行に時間とられてしまってまた昼飯が遅れた． 昼飯．
• ばかげた単純労働もかたづいたので， 地衣類繁殖努力を推定する階層ベイズモデルの 事後分布をながめて議論すべきことを Discussion 節に書き込んでみる．
• ひととーり書いて， またファイルアップロード． 志水さんにメイル書き． 本日の地衣類まわりの作業はここまでか?
• 共著者のみなさんがおいそがしそうなので， トドマツ方面はしばらく動きがないもよう．
• ということで C 棟 7F に昨日はがしたポスター届ける往還 (この地環内の棟間移動は歩くとけっこうな高低差がある) にて， さて次は何をしようかと考える． ポスター配達そのものは， 受け取り担当の人がすでに帰宅していてからぶり．
• 私が何か関与していて目下のところ進行中の論文化作業は
  • 地衣類繁殖
  • トドマツ母子距離
  • シウリザクラ繁殖
  • アカマツは関係者の動きを静観中?
  といったところで (ホントはも一件あるけどコワすぎて書けない)， 次にやらねばならぬ作業の候補としては
  • アリ関連 の出口の見えないデータ解析 (deadline 8 月アタマ)
  • 屋久島葉寿命 の階層ベイズモデルの論文化
  あたりなんだろうが ……
• じつは他にも M2 問題というのがあって …… 趣味と実益と実業を兼ねて 修士論文のデータ解析に強制介入しているんだけど， 今年度は M2 は 5 人 (うん? もっといるのか?) もいて， しかも甲山さん M2 が 3 名も． 多種系における「重量分配」 推定問題はわりと単純な階層ベイズモデル化でなんとかなったわけだが (e.g. ぎょーむ日誌 2006-12-27, 2007-02-07) …… もっと他の形質 (つまり長さだの太さだのあれこれ) もあるんだよねえ． で， 憶測としてはこういった問題にはこれまでのような 一変量事前分布ではうまくいかない場合があって， 多変量事前分布， といってもおそらく多変量正規分布 + Wishart 分布ぐらいだろーけど， つかわんといかんのかもしれない， と．
• アリはかなりアブなくてとても嫌なかんぢだし， 屋久島葉寿命のハナシもさっさと終わらせたいんだけど …… M2 問題もやはり危険である． というのもパイプ樹木発表だの統計学授業だので 今年の 9-11 月はどたばたしそうな予感があって， ですね．
• 授業といえば昨日提出した事務書類ファイルの内容はこう． このまったく意味不明な内容はここに記録しといて， 腐れゑくせるファイルは廃棄．

• ともあれ， Clark 御大論文と著書でもながめて次なる計算にそなえて 勉強をすすめてみることにする． さすがに以前よんだときよりは理解できるなぁ ……
• 空腹になってきたので， 1925 研究室発． 1940 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.6 合． ネギ・シイタケ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1440): 研究室お茶部屋． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． ニラ・ショウガ・ニンニク・干しエビ・卵の炒飯． ネギ・シイタケ・豆腐の味噌汁． キャベツ・タマネギ・キュウリのサラダ．