ぎょーむ日誌 2007-02-15

2007 年 02 月 15 日 (木)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． う， また朝から質問が …… 1020 自宅発． 晴． 1035 研究室着．
• 来年度の授業分担予定．

  生態系機能学総論(モデル中心）後期前半　月・木４時限
  
  この講義では、生態系の機能を解析する手法として現在用いられている数理モ 
  デル、統計モデルに関して基礎的な知識を概説することを目的とする。まず、 
  前半では動態を記述する数理モデルについて学び、生物の行動や形質の進化に 
  ついて議論する数理モデルについて学ぶ．また、後半では、統計モデルの基礎 
  となる考え方や最尤法について学び、その上で一般化線形モデルやより高度な 
  統計モデルについて学ぶ。
  
  (1-7 担当: 高田)
  1. 数理モデルの概説
  2. 動態編１（基礎モデル）
  3. 動態編２（推移行列モデル）
  4. 動態編３（群集モデル）
  5. 進化編１（最適戦略モデル）
  6. 進化編２（ESSモデル）
  7. 進化編３（共進化モデル）
  
  (8-14 担当: 久保)
  8.  生態学データ解析の統計モデリングとは?
  9.  さまざまな確率分布と最尤推定
  10. 一般化線形モデル (GLM) 1
  11. 一般化線形モデル (GLM) 2
  12. 検定とモデル選択
  13. 一般化線形混合モデル (GLMM)
  14. 階層ベイズモデル
  

• またメイル書きあれこれとか． うう．
• そして本日〆切の例の査読． もはや先方のやりくちは完全に理解できているので， あとはそれがいかにダメであるか， という説明だな．
• 査読報告書はけっきょく 550 words ぐらいで終わった． 現段階では細かい指摘とかしてもしょーがない， という判断から． 1600， web 上で査読報告提出終了 …… した瞬間に新しいデータ解析こんさるメイルがくる， とゆーのはどうなってるわけ?
• A 棟 7-8F 闇ネットの TCP/IP packet loss がヒドい， と長谷川さんから報告をうけて調査 …… といってもよくわからないので， 8F の階 hub 上にのってる闇ルーターの電源をいれなおしてみたところ， なぜかしら通信速度が平常に回復してしまった． ナゾ．
• Peter Dalgaard さんのすばらしい R 教科書 Introductory Statistics with R の翻訳版 Rによる医療統計学 が出版されて， なぜか私にも出版社経由で送っていただいた． ありがとうございます．

[R による医療統計学]

とても良い教科書． 「医療統計学」と書かれているけれど， どの分野の人がみても参考になる．

• さてさて， 本日のデータ解析こんさる業のつづき …… 自分でもよく知らないことについて， データ解析質問うけたんで， R 上で調べてみたんだが …… どうも plot(glm(...)) ってあまり意味ないんじゃないかな．
• たとえばポアソン回帰できるこういうデータがあったとしよう． データ数がこれだけあると glm() はほぼ正確な推定値を計算してくれる．

• で， fit <- glm(y ~ x, family = poisson) して plot(fit) するとどうなるか， というと下のように何だか意味不明ぎみというか奇怪な Q-Q plot 出すんだよね．

• Q-Q plot はもともと正規分布モデルのために作られた， 「あてはまりぐあい」を図示する方法だ． したがって， ポアソン回帰だのロジスティック回帰だのの推定結果を Q-Q plot するのがまちがい， ということになる．
• じゃあ， なんで glm() の出力オブジェクト (glm オブジェクト) でこんな図が書けるかといえば，

  > class(fit)
  [1] "glm" "lm" 
  

  とやればわかるよーに， glm オブジェクト は lm オブジェクト (正規分布の線形モデルの推定結果) を継承して定義されたものであり， glm(fit) とすると lm オブジェクト の plot() メソッドである plot.lm() が呼ばれている， というだけのことなんだよね …… いやはや， ヒトさわがせな．
• 1950 研究室発． 2005 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 米麦 0.6 合． ネギ・ブナシメジの味噌汁． 卵焼き．
  • 昼 (1440): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． レトルトパウチドカレー．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． ネギ・ブナシメジ・ニンニク・ホタテの酒蒸し． ニンニク茎・ピーマンの炒めもの．