ぎょーむ日誌 2007-02-09

2007 年 02 月 09 日 (金)

• 0720 起床． 朝飯． コーヒー． データ解析こんさる． 1000 自宅発． 曇． 1015 研究室着．
• 豊平川アミノ酸濃度の統計モデリング問題の検討， つづく．
• お茶部屋では徹夜あけでくたびれた院生が座ったまま眠っている． しかもアタマから上半身にかけてすっぽり布でおおったその姿は， あたかもミイラが鎮座しているみたいだ ……
• 昼飯をはさんで， ひたすらアミノ酸問題つづく．
• いろいろと紙のうえにらくがきしてるうちに， アタマの中が少し整理されてきたように思えたので， まずは BUGS 言語で階層ベイズモデルのコーディング …… するとやはりというか， プログラミング言語による情報表現能力はまったく別ものなので 紙の上で考えてたより格段に整理されたモデルになってしまった．
• 考えは明確になったわけだが， こいつを順調に走らせるのは難事である．
• まずは気難しい R2WinBUGS まわり．

  inits(1,z:/home/kubo/aa/winbugs/inits1.txt)
  expected collection operator c
  

  こういうゐんばぐすエラーがでたら， たいていのヒトには対処不可能だと思うんだが …… いろいろ試行錯誤してみた結果， library(R2WinBUGS) で定義される「パラメーター初期化関数」 inits() の中で vector が「ラベルつき」だとこのエラーが出ると判明: R2WinBUGS が生成する inits1.txt の中で一次元データが structure() あつかいになり， なぜか WinBUGS はこれを利用できず上記エラーをだす．
• 対策は (わかってしまえば) 簡単なことで inits() 内の vector に c() をつけるなどして「ラベル」をはぎとってしまえばよい．
• で， 2 時間ほどの苦闘のすえによーやく MCMC 計算が疾走するようになったんだけど， 今までの群集生態学的データとかとは異なり， 収束の悪さに夜中まで苦闘することになる．
• ベイズ推定の MCMC 計算の中で パラメーターが「動かなくなる」原因はいろいろあるんだけど …… ひとつは (データのもつ情報量に対して) 「よけーなパラメーター」が多すぎるという場合もあるんで， モデルから削れるパラメーターを探しだして簡略化をススめてみる …… 最終的には下のごとく単純化されたんだけど， いまだに収束はよくない ……

• 結局， 改良のアイデアおもいつかぬまま， 「うーむ， やはり アミノ酸濃度間の相関を表現できるよう 事前分布を多次元正規分布に， ちょー事前分布を呪われ Wishart 分布にして …… いやいやこれこそパラメーター数のバクハツだ」 などと思いナヤみつつへろへろと撤退． 2230 研究室発． 晴れてて寒い． 2245 帰宅． 体重 68.8kg． 晩飯．
• うーむ …… 2000 すぎにプログラミングに苦闘するのは， 健康によくない．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.6 合． ネギ・豆腐の味噌汁． コマツナあえもの．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 食パン． ジャガイモ・タマネギ・ニンジン・シイタケ・ホタテのシチュー．
  • 晩 (2310): 米麦 0.7 合． ネギ・豆腐・ワカメのスープ．