ぎょーむ日誌 2006-12-26

2006 年 12 月 26 日 (火)

• 0600 起床． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 曇． 0815 研究室着．
• 知床樹高成長のベイズモデリング …… これって無情報事前分布ばかりで階層ベイズになってない． というのも樹種を Abies とそれ以外， として計算してるんで．
• いや， そんなことない． 観測誤差の事後分布は超事前 (hyper prior) 分布 から生成させているから階層ベイズモデルだ．
• 1030 より 研究室セミナー， 本日は西村さんで サロベツ湿原調査地 で施肥実験 (窒素肥料投入) やりました， というもの． どうもハナシとしてはサロベツなんかでは泥炭採掘とかで湿地を堀りかえして 植物がいないときが地下水中の窒素濃度が高く， 植物がはいってくるとこれが下がるらしい． 「極相」ということになってるミズゴケ群落では窒素が少ない． で， 窒素肥料を追加投入してやると， なぜかしらミズゴケなんかでは群落高とかが低くなったりする (原因不明， 「肥料まけ」説もあり)． 外国での研究例なんかだと， 大気汚染だか地球環境変化だかによって雨中の窒素濃度が高まり ミズゴケ群落がこれによって影響をうけてしまって …… というハナシになるらしいんだけど， サロベツではこれはいったいどういうハナシになるのかは まだ考え中とのこと．
• 知床計算ひととーりできた． Abies (トドマツ) は収束いいけど， 広葉樹 (個体数少ないのでまとめたもの) はダメだ …… とりあえず発注者の庄山さんに「ここまでできました」 説明． じつはこれは自分のアタマの整理に有用で， 「広葉樹のパラメーターはまとめたままだけど， 定数部分に (広葉樹間の) 種差の random effects いれてみるか」 というアイデアを思いつく．
• またいろいろ計算． 昼飯． 帰省ラッシュ・高額航空券を回避した院生たちの移動により， 院生密度がぢりぢりと低下中．
• 年末年始でおもいだしたんだが …… 来月 20 (土) & 21 (日) 日のセンター試験監督とかってやらなくてもよいのかしらん? 過去のぎょーむ日誌によると「召集令状」は毎年 11 月末 - 12 月始めにでてたらしいんだけど， 今回は私のところには連絡ナシ． 4 回連続でやったら 1 回休みにしてもらえるわけ?
• 知床 Abies + 広葉樹 (合計 19 樹種) の樹高成長モデルに 「(広葉樹間) 種差 random effects」 を導入して， これを例によって R2WinBUGS で MCMC 計算 (Gibbs sampling)， という作業つづく． 広葉樹間の種差なし DIC = 3269 で 種差あり DIC = 3265 なんで， びみょーだけど種差ありでやりますか (トドマツとそれ以外の間の種差は最初から考慮している)．
• 結果はこんなかんぢで． これはトドマツ (Abies) 稚樹の高さ成長の 4 パラメーター， 定数部分 [1]， log 樹高依存性 [2]， シカよけ柵 (exclosure) 処理効果 [3]， カラマツ林冠木まびき (thinning) 処理効果 [4]． 一般化線形モデル的な階層ベイズモデルでよく説明できていそうに見える．

• (4-5 年前の?) カラマツ林冠木まびきでトドマツの成長が悪くなる理由は， 広葉樹稚樹のほうが応答はやくトドマツ稚樹を被陰するから， と庄山さんの説明． 結果をいろいろと説明してから， ファイルあれこれを庄山さんにひきわたす． これにて年末節句働きのひとつ， 一件落着 …… か?
• またど忘れしないうちにここにメモしとくか …… 上の樹高成長モデルは 平均 exp(線形予測子) のガンマ分布 (分散 ∝ 平均， 試してみたけど 分散 ∝ 平均² はダメ) が「真の」高さ成長量で， それに観測誤差が正規分布で追加されるという 「浦口さんカエデ成長モデル」 のベイズモデル版であります， と．
• 4 年前の今ごろ (このころは R2WinBUGS はおろか R もマトモに使えなかったので Perl で計算 + gnuplot で作図 という時代) であった浦口さん計算のときはガンマ分布 * 正規分布たたみこみの積分をふくむ 尤度方程式の最大化 (つまり最尤推定) で観測誤差の大きさも点推定していた． 今回は (R2WinBUGS から呼びだす) WinBUGS でもって事後分布を推定 (「モデリングや計算がめんどうになったらベイズ」ぽりしー)， 最大事後確率 (maximum a posteriori; MAP) 推定値だと， 稚樹たちの樹高成長量の観測誤差の標準偏差は 8-9cm ぐらい．
• 次． われながらヒドいことに 先月 27 日 いらい (MCMC 計算の収束がうまくいかなくて) 放置しているサロベツやちパワー計算の再開を画策． まずは小山さんのところにいって平身低頭 & 現状の確認と今後の相談．
• 事務からまたおかしなメイルが …… なにー? また「助教」書類だせって? 先月の命令 で作文を昨日送信したばかりなのに， また同じような 新しいやつ が …… これって何がちがうのかしらん? わけわからんなぁ …… まあ書類だせってのは 1/15-1/31 なんでしばらく放置するか．
• うわー， 香川大の小林さんから「もうひとつの」アカマツ原稿が ……
• サロベツ計算をススめなくては …… と思いつつも急に空腹感が自覚されてしまって …… 撤退． 1840 研究室発． 1855 帰宅． 体重 70.4kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• うーむ， 夜は仕事がススまない ……
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米麦 0.5 合． ネギ卵炒飯． 海藻スープ．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (2030): 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・ブナシメジ・コンニャクのシチュー．