ぎょーむ日誌 2006-12-21

2006 年 12 月 21 日 (木)

• 0630 起床． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 晴． 0825 研究室着．
• 昨晩帰宅する前に命じておいた苫小牧 13 樹種シュート構造の 階層ベイズモデル 60000 MCMC step 計算， 6500 秒ほど費して終了していた． モデルもずいぶんとマトモになったおかげなのか， これだけ計算させるとさすがによく収束している．

• bugs() 関数の返してきた bugs オブジェクトの summary() はこんなかんぢで． 樹種 id 番号は下記のごとし， と．

  > rbind(n = summary(d$Sp), spc.id = 1:length(levels(d$Sp)))
         Am Ap Bp Cc Fl Mk Mo Oj Ps Qm Sa Tj Ud
  n      41 52 48 34 37 35 33 45 29 37 41 37 24
  spc.id  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13
  

  おもしろそうなのはこのあたり (表) か? いや， 「表」では味気ないから nested 事後分布図にしてみるか．

• これは 去年の今ごろ 苦闘していた牛原さんの屋久島ベイズモデリングの library(grid) 作図プログラムの流用なんだけど， こいつの改造に午前中ぜんぶを使ってしまった …… いや， 小山さんのサロベツ種子トラップ解析計算もちょっとお手伝いしました．
• 昨日とのちがい …… がある． つまり重量分配問題に葉重量→葉面積問題を追加すると， 重量分配問題の結果が影響をうける， といういっけん不思議な関係で． これは葉面積というデータを「追加」したことで， 葉重量モデルが補正された， と考えればよいのだろう．
  • (結果というより現象そのものが) ややアヤしげな気がしてきたんだけど， 重量分配の樹高依存性は 依存・非依存樹種に分割された (図をみるとそうかもという気はする)
  • シュートサイズ依存性はかわらず， か
  • 新しく追加された葉重量→葉面積の樹高依存性， これってただ単に 「林道わきとかでも林冠上ほど明るいわけではない」 ってことなのでは ……? (疑惑)
  • これが種差ナシなのはおもしろいけど
• 授業おわって帰ってきた宮田さんに結果の説明． 講評 「この結果で生態学会松山大会の要旨 (1/9 締め切り) が書けそうなので， とりあえず計算はこれでよろしい」 ということで， 年内の苫小牧シュート構造階層ベイズモデルの MCMC 計算からはめでたく釈放された! そう， この突貫工事的 / 敵中央正面突破的 MCMC 計算はかかる地環研 A 棟 8F 独特の政治的圧力のもとで 強行邁進させられてきた計算ぷろぢぇくとだったのである ……
  「ところで要旨にはベイズ推定やったとか書くんですか」
  「書かないとだめでしょう」
  「まだベイズ推定とかよくわかってないんですが」
  「だいじょーぶですよ． 今回の大会に提出される要旨の中で 『分散分析やりました』とか書いてるヒトたちの過半数は 分散分析の何たるかをほとんど理解してませんから」
  「と言われるとじつは私の卒研なんかでも思いあたるフシが」
  「ということで， 今回はわれわれ二人して 『ベイズがわかったふり』をよそおいつつ要旨を書いてしまいましょう」
• まだまだモデリング・計算方法などに改善すべき点が 多々あるように思えるけれど …… ともあれ終わった終わった， ということで …… といったん帰宅して洗濯しつつ昼飯． 1340 研究室もどる． 宮田さんに計算結果や R & WinBUGS コードなど引きわたして一件落着．
• 矢澤さんと Pasoh 熱帯林雑談． うーむ， Pasoh データ管理体制って ……
• 12/25 (月) しめきりの査読原稿よみにとりかかる． これが今年最後の査読， のはず．
• あまり進捗せず撤退． 明日中には終わらせたい． 1900 研究室発． 1920 帰宅．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 米麦 0.7 合． ダイコン・ネギ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1310): うどん． ダイコン・ネギ・豆腐の味噌汁．
  • 晩 (2030): 米麦 0.7 合． レトルトパウチド八宝菜． 海藻スープ．