ぎょーむ日誌 2006-12-19

2006 年 12 月 19 日 (火)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 0855 自宅発． 雪． 0910 研究室着．
• また苫小牧シュートデータの階層ベイズモデルにとりくむ …… 試行錯誤のすえに， よーやくにして (WinBUGS でも理解できるという意味での) 「正しい」定式化がわかった! そして結果が格段に「いかにも Bayes 的」になってくれた．

• このモデリングの核心部をひとことで言えば 「(この場合の資源分割の「もと」である) シュート総重量を無情報事前分布から生成される隠れ変数」 としてしまえばよいのである． いやー， 何とも不思議な世界だなぁ．
• 1030 より 研究室セミナー， 本日は小林君で道南におけるブナ-ミズナラ林のせめぎあいのハナシ． ミクロスケイルでみると「いいとこばかり」のブナが， 「良いところナシ」なミズナラを地域スケイルでは なかなか浸透駆逐できてないかのように見える (かな?) 理由はなぜか， がよくわからないんだよねえ． セミナー後， 混合モデルの浸透布教．
• また苫小牧シュートの重量分割ベイズモデル． とりあえずの現状． 測定誤差と「個体差」の区別がみわけがつかないデータなので， そのあたりのばらつきでかい． 計算時間は n.iter で約 500 秒． DIC = 17180 ぐらい．
• 資源分配に「シュート重量そのもの」を加えてみる． これで 1 + 13 個のパラメーター増えるわけだが ……
• 初期化とかでちょっとじたばたしてみる． 計算まち時間はメイルかきとか．
• yuji_nk さん から混合分布モデルに関する情報を教えていただく． このあたり， そのうち何か使うことになりそうな予感 ……

Bayesian Statistics And Marketing (Wiley Series in Probability and 
Statistics)の3.9を読んでいましたら，

Estimation of Finite Mixture Distributions through Bayesian Sampling
Jean Diebolt, Christian P. Robert
Journal of the Royal Statistical Society. Series B (Methodological), Vol. 
56, No. 2 (1994), pp. 363-375

が参照されていまして，さらにwebを彷徨っていたら，著者Christian P. Robert
教授のHPにたどり着きました。
http://www.ceremade.dauphine.fr/%7Exian/

ベイズの本が出るようなのですが，そのサポートページ

http://www.ceremade.dauphine.fr/%7Exian/BCS/

にあった第6章Mixture models のスライドにGibbs Samplerが収束しない（ある
いは収束に時間が掛かる？）ケースがありました。
http://www.ceremade.dauphine.fr/%7Exian/BCS/Bmix.pdf
このファイルの25枚目です。

• シュート重量こみの計算 750 秒． DIC = 16672． 収束はややよくない．
• なぜか David Spiegelhalter からメイルが来た! と思ったら私個人あてではなく 20600 人ばかりいる WinBUGS 登録ずみユーザーどもへの「2007 年の (ゐんばぐす全機能発動のための) key はこれだよ」メイルだった．
• どうもシュートサイズそのもので変わる資源分配， というのはうまく組み込めない (収束がよろしくない) のでいったん外してみるか． 外してもまだよろしくない． 計算時間を長くしてみるか?
• また計算まち時間メイルかき． 遅れている母子里林冠 MCMC 計算のおわび， とか．
• うーん， なんだかいまいちな． そりゃあ， 昨日までとは比べものにならんほどマシにはなっているが …… 分散パラメーターの超事前分布の 「無情報」 ぶりを下げてみるか?

• 無情報ぶりを下げると， かえって chain 間の差がひろがる， と． じゃあ次の一策として， 測定誤差と「個体差」を強引に分離してみる， とか?
• …… で， いろいろやってみたんだが， なぜかしらこの方策はダメだ． 測定誤差 100mg ぐらい， といったケタで設定するとパラメーターたちは MCMC 計算の中で「ぴくり」とも動かない．
• 計算は改善されぬまま 1830 研究室発． 札幌駅すぐ北側で研究室の忘年会． 2055 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどう怠業， つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.5 合． ハクサイ・ニンニク茎・アサリのカレー．
  • 昼 (1255): 研究室お茶部屋． 北大生協の海苔まき．
  • 晩 (1830): 研究室の忘年会． 炭火居酒屋 喝． 四川ふう (?) 鍋ものとか．