ぎょーむ日誌 2006-11-19
2006 年 11 月 19 日 (日)
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0840 起床．
朝飯．
コーヒー．
昨晩かえりがけに命じておいた計算結果が気になるんだが
……
まあうまくいってるだろうと楽観することに．
洗濯．
怠業．
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1200 自宅発北大構内走．
晴．
今日は気温たかめ．
走りつつ植物個体内資源分配モデル，
とか「次の下うけ計算」になりそうな問題について検討してみる．
重量で観測される個体内資源分配はわりとすなおなモデリングになるはず．
問題は重量ではなくカタチで表現される部分だよな
……
と考えてるうちに，
なぜか査読報告かきの作文を検討していたり．
1250 帰宅．
体重 72.6kg．
昼飯．
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北大ネットのへっぽこな spam filter が「破られた」気がする．
いやいや，
いつものごとく単なる故障かも．
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1500 自宅発．
曇．
1515 研究室着．
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昨晩かえるまえに命じておいた計算
……
うーむ，
処理とかのパラメーターがえらくきれいに収束してるぢゃん，
と思ったら，
帰宅直前にどたばたやったプログラム修正にばぐがあって，
このパラメーターはデータのくびきから開放されて
MCMC ならぬ単なるモンテカルサンプリング (つまり事前分布 == 事後分布)
になってしまっているじゃないか
……
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脱力．
修正．
再計算．
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1400 秒で終了．
DIC = 1837．
収束は 10000 MCMC step ならこんなもんか．
2800 秒再計算を命じる．
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これも順当に終了して DIC = 1833．
収束は下の図のようなかんぢで，
まあこのあたりでよいかな，
と．
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特にアイデアもないので，
4200 秒計算を命じてみる
……
計算結果，
あまりかわったかんぢがしない．
ということで，
この計算はいったん終了．
A801 の Dell 機からは撤収．
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今日の夕方はずっと推定結果とかをながめて改善策を考えていたんだけど，
なかなか思いつかず
……
「処理の効果のかかりかた」
に個体差があるように見えるんだけど，
こいつをどう表現すればよいのかよくわからない．
その理由は
「季節ごとの最大光合成の個体差」
と区別がつかなくなるようにおもえるので．
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まあ，
バックアップとかはすでに取ってるんで
……
実験的に
「処理の効果のかかりかた」
の個体差とやらをいれてみるか．
これがうまくいかなかったら，
今までの計算結果を使うことにしよう．
どうなることやら．
とりあえず 2000 + 4000 MCMC step で計算させてみる．
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うーむ，
マシな結果が得られてるような気がする
(無駄パラメーターが 4×2
個ふえたので DIC 的にはあまりよくないけど)．
じゃあまた 20000 MCMC step 計算やらせてみるか．
計算時間は一時間ぐらいかしらん?
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晩飯調達にでる．
研究室お茶部屋にもどって晩飯．
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2800 秒で終わった．
やっぱり収束は悪い．
しかし推定された曲線のカタチはよい
……
ということで定式化にもうひと工夫ひつようか．
無駄パラメーターをなくせということだろ，
これは．
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本日の「計算まち時間副業」は小山さんとサロベツデータ解析のハナシ．
これまた例によって例のごとくややこしいデータ構造なので，
「ベイズ統計やりましょうよー」
と例によって例のごとくベイズ勧誘．
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うーむ，
光合成モデルのほうに「処理への応答の個体差」
をくみこむのは難しい，
とわかった．
ということで，
実験用プログラムは廃棄．
その前に保存してあったやつを明日あたり納品してしまおう．
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2245 研究室発．
2300 帰宅．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0930):
米麦 0.6 合．
ネギ・ブナシメジ・ワカメ・卵のスープ．
- 昼 (1300):
食パン．
ネギ・ブナシメジ・ワカメ・卵のスープ．
- 晩 (2010):
研究室お茶部屋．
ほっかほっか亭，
牛とじ重．
450 円．
牛肉くったのはずいぶんとひさしぶりな気がする．