ぎょーむ日誌 2006-11-18

2006 年 11 月 18 日 (土)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0915 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• 昨晩の帰りがけに命じておいた 20000 MCMC step 計算はおよそ 2800 秒で終了していたか． そしてトリプルチェインがよくまざっている． たいへんよろしい． DIC = 1834．
• 昨晩帰宅後に気づいた f = 「初期勾配」/「最大光合成速度」 問題を修正するべく， 関数型を Pmax[j] * (1 - exp(-f[j] / Pmax[j] * PARi[i])) と変更して再計算を命じておく． これでたぶん PARi[i] の単位を変換といったことは不要になるんではないかな?
• 計算まち時間は作図プログラムかきとか．
• 関数型変更した計算， 1400 秒ではなく 1980 秒かかって終了． 予測より長くかかったのは上記のわずかな変更によって モデルが格段に複雑になったため． そしてこの割算導入による複雑怪奇さ増大の 副作用・悪影響のあおりをうけて収束がまったくダメダメになった …… ということで， 「何でも割り算するな!!」 教義は尤度評価における統計モデルの関数型にも応用可能とわかってしまった．
• 関数型をもとにもどす． ただしパラメーターの「名前」を「初期勾配とやらではありません」 を明示するために Pmax[j] * (1 - exp(-fcff[j] * PARi[i])) とする． 「初期勾配」なるものを示す必要があるなら， MCMC サンプル値を組み合わせて計算すればよい． また再計算を命じる．
• 計算まち時間に井田君と関数型の議論． ついでに現在えられつつある計算結果の説明．
• その間に再計算のほうは 25 分ほどで終了． DIC = 1828． しかし n.burnin = 6000, n.iter = 10000 ではまだまだ収束してないな． やはり 50 分ちかくの計算時間は必要とされているわけか．
• で， 再計算やらせてみたんだけど …… またまた初期値問題でしくじる． われながらこりないというか．
• 再計算命じておいて昼飯のため自宅にもどる． 昼飯． 洗濯． 1420 研究室にもどる．
• 20000 MCMC step 計算， 2800 秒後に終了してた． DIC = 1793． しかし絶対値の小さいパラメーターは収束悪いな． 計算機の精度の問題， adaptive rejection sampler のアルゴリズムとかと関係ありそう．
• ついでにあの (計算が不必要に複雑になる) 割算くみこみモデルも良い初期値を与えなおして再計算させてみる． こいつは時間かかるので 10000 step で終了させることに．
• 計算まち時間はまた作図プログラムかきとか．
• 1900 秒でさきほどの計算終了． DIC = 1828． やっぱり収束してないな． ということで， またまた明るさの単位変換して計算せてみる．
• 同じく 1900 秒で終了． こんどは最大光合成まわりの収束がよろしくない． DIC = 1764， こういう値だけは改善されているんだが． ぼこぼこ三峰は三本のチェインがからんでいないことをあらわす．

• 最大光合成速度が二箇所に影響あたえたりしてるんで， やはり割算モデルはダメか? ということでもとにもどして再計算． えーと 10000 MCMC step なので， 1400 秒ぐらいで終了するはず …… 終わった． DIC = 1778． やはり 10000 ではだめだな． そして初期値の選びかたもびみょー．
• で， 2800 秒かけてやりなおしてみると今朝えられた結果と同じく DIC = 1835． 意外と安定してるな． いまいち収束がよくないんだけど．

• ためしにもっと長くしてみるか …… ということで 4200 秒計算を命じてみる．
• 本日も計算まち時間 (20-50 分) は A 棟 8F 内をうろうろして， R わんぽいんと講習とか． 大学院生はしばしば難しいお客さんとなるもので ……
  • 自分がどこまでわかっているかよくわからない， あるいはわからないけどそれ自体を隠匿しようとする
  • ココロザシ高く勉強してるかと思えば， わりと安易に姑息な方向に逃げこんだりすることも
  • 言われたことは何も考えずに実行する， あるいは逆にぜんぜんちがうモノにすりかえてしまう
  …… まあ， こういう行動じたいは他ならぬこのぎょーむ日誌に記録されている 私自身の行動でもあったりするわけだが． 帰結がこうなりがちであったとしても， そこに至る経緯の「個体差」はたいへん大きく， また個体ごとにその「個体差」が定着しているわけでもない …… ということで， つねに注意ぶかい観察が必要とされる． なかなかうまくいかないけど．
• 4220 秒． DIC = 1824. さすがに 30000 MCMC step (最後の 4000 MCMC step) だとぼこぼこしないよな， と納得しそうになるところにワナがあるわけで …… ♪ 誰も知らない宇宙には 誰も知らない道がある ……

• 準備しておいた 「個体・季節ごとのあてはまり」 をチェックしてみる R の作図プログラムにながしこむと …… 7 個体中 2-3 個体の 1 シーズンが「びみょー」におかしい．
• その図の印刷出力を片手に A 棟 8F をうろうろ． お茶部部屋の片すみで曜日に関係なく展開されている院生たちの 「食」情報の高速やりとりを拝聴しつつ図をながめているうちに …… 発注者・井田君のしかけた「ワナ」にはまっていることに気づいた． いやいや， ワナというのはひどくて， いくつかの個体の「状態」が季節ごとに変化するという説明は きちんとうけていて， 自分のアタマにも入っていたんだけど， この推定結果はおそらく …… と部屋にもどってみると， そのワナ回避処理がなぜかうっかり脱落していることに気づいた． いやはやー
• このあたり一部の個体にしか関係ないわけだが， これが全個体の推定に影響およぼしてるのはまちがいあるまい …… ということで， (もう帰宅しようとおもっていたんだけど) 修正してとりあえず 8000 MCMC step 再計算． まち時間は 20 分ちょいぐらいか? また A 棟 8F R 苦闘院生の見舞．
• …… やっぱり， というか MCMC 計算の収束は改善されてしまった． いままでの 8000 step 計算とは別ものだね， これは． とりあえずあてはまりぐあいチェック作図． これでヨシ．

[個体差考慮した光合成曲線推定]

階層ベイズモデルの本領発揮 …… と言いたいところだが， 今回のモデリングでわかったのは， 私はこのあたりの現象についてまだまだ理解が足りん， ということ． 今回の問題をすごく端的にいえば「葉の老化」をモデリングせよ， ということなんだけど， 推定やったり図を描いたりしてるうちに 今つかっている統計モデルとはまた別のモデルがアタマにうかんできた． それは「葉の老化曲線」といったものがあり， 個々の葉によってかなりカタチが異なっている． 早めに老化するものもあれば， 他よりも老化が遅れるものもある …… といった描像だ． さらに， 単なる憶測なんだけど， その老化曲線なるものはどこまでもはてしなく下降するものではなく， たとえば最大光合成速度に関して 「最低の最大光合成速度」 みたいなものがあり， 「自然状態で葉として機能しているならば， これよりも劣悪な光合成性能にはならない」 といった水準が存在するような気もする (たとえば葉内の窒素を全部ひきぬくことは不可能だから， といった理由で) ……

• 20000 MCMC step 計算を命じておいて撤退 …… のつもりがまたデータ解析こんさるやってしまって， 2140 研究室発． 2200 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 明日はうんどうを!
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 食パン．
  • 昼 (1330): 米麦 0.7 合． ニラ・ショウガ麻婆豆腐．
  • 晩 (2240): スパゲッティー． ニラ・ショウガ麻婆豆腐．