ぎょーむ日誌 2006-07-04

2006 年 07 月 04 日 (火)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 曇． 0945 研究室着．
• 昨日のつづきで OpenOffice.org の Base (データベイス) で遊んで …… いやいや， 調査にかまけてしまった． なぜ調べてるかというと， 「季節変化 (いや時間変化全般か?) を追跡するデータや個体内の階層構造あるデータを ゑくせるファイルにおしこもうとすると， 誰がやっても悲惨きわまりない状況になる」 といよいよ確信されてきたので．
• つまり他人には理解しがたい構造の table がぼこぼこと発育していくことで， ますます読み取りにくく書式も統一できづまちがい混入しやすい状況になる …… まあ， リレイショナルデータベイス化すればずいぶんとマシにはなるでしょう， ということで (安易だけど表現力の低いデータ構造から， ちと面倒だけど現実をよく表現できるデータ構造に変換されるので)．
• この OpenOffice.org の Base って たぶん Access もどきの設計・インターフェイスなんだろうけど， Access 使ったことがないのでよくわからん． しかしいろいろひねくっているうちに， 複数のテイブルを定義してそれらを関連づける方法はわかった． これで時間変化や階層構造みたいなのはあつかえるだろう．
• それならば， このようにして作られたテイブルを export するには …… と思って menu 調べてみたけど， CSV 出力とかそういう機能がない． とすると R とかでデータ解析できないじゃないか!
• RjpWiki で 検索 してみると …… なるほど， library(RODBC) で直接 *.odb ファイルをこじあけるのか ……
• とゆーことで， sudo apt-get install unixODBC-devel で unixODBC インストールしてから， sudo R で install.packages("RODBC")．
• しかし動かしてみると ……

  > connect <- odbcConnect("test.odb")
  Warning messages:
  1: [RODBC] ERROR: state IM002, code 0, message [unixODBC][Driver
  Manager]Data source name not found, and no default driver specified
  2: ODBC connection failed in: odbcDriverConnect(st, case = case,
  believeNRows = believeNRows) 
  

  なるエラーが． うーむ， これって OpenOffice.org データベイスの unixODBC ドライヴァーが必要ってことぢゃないのかしらん? いや data source name (DSN) とやらが定義されてないことが問題? よくわからんけどとりあえず， ドライヴァーは必要条件でしょう， と思って探してみたんだけど …… そんなものはどうも存在してないようだ． ということで unixODBC は使えず． すると library(RODBC) も使えず．
• つまり OpenOffice.org Base で作ったデータは R では利用できず， ということか? ゐんどーづ上なら library(RODBC) が使えるのか? うーむ …… 午後になって driver らしきモノは見つかったのだが ……
• 昼飯． ヒトがぜんぜんいない． いつもは院生部屋のかたすみに隠れている少数派性別側院生が お茶部屋ソファでのんびりと寝ている．
• 1300 から一時間ほど院試面接試験雑用係を． 10 月に入学できる社会人大学院生わくのもの．
• 終了後にもうちょいだけ OpenOffice.org のデータベイスをひねくる． Vine Linux の場合だと，
  • /opt/openoffice.org2.0/program/libodbcbase2.so
  • /opt/openoffice.org2.0/program/libodbc2.so
  といったドライヴァーらしきモノがみつかる． そして unixODBC のドライヴァー設定は /etc/odbcinst.ini あたりでできそうだ． しかしながら， やはり R の library(RODBC) は使えぬままだ．
• とゆーことで， ODBC などとゆー古い Microsoft 規格にふりまわされた半日でありました． 勉強にはなったけど， ややとろー感あり．
• これで終わればよいものを， またしばらくデータベイス勉強にはまりこんでしまった． たとえば下の図は SQLiteManager のユーザーインターフェイス． Web browser 上で動作するのでちょっと使ってみた． これは便利だ．

• SQLite つながりで KinoWiki なるもの発見． ふーむ， こりゃおもしろそうだ …… って何をやってるんだか．
• 某省庁研究所の PD というか PD ではない 期限つき雇用研究者の皆さん， ばぶりープロジェクトが崩壊したりすると なかなか異常な事態にまきこまれていたそーで …… うーむ．
• 光計算の整理を少しススめる． 撤退． 1930 研究室発． 夜になると半袖ではまだ寒いのが札幌の現状だ． 2000 帰宅． 運動． 体重 74.0kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.6 合． タマネギ・豆腐のシチュー． 塩ザケ．
  • 昼 (1230): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． タマネギ・豆腐のシチュー． 塩ザケ．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． タマネギ・豆腐のシチュー．