ぎょーむ日誌 2005-12-25

2005 年 12 月 25 日 (日)

• 0850 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業．
• Ruby 開発者の まつもとさんも ThinkPad X31 に呪われてるよーで (症状が当方のそれに似ているような気がする) …… 私は製造元製の AC アダプターやめて サードパーティーのものにしてからこういう 「ふりーづ」 呪われからまぬがれているような気がする． なんか X31 って欠陥製品のように思えてきた (今は順調に動いているけれど)．
• 1245 自宅発北大構内走． 晴． 雪上走してるヒト， ちらほらと． かなり歩く． 1345 帰宅． 体重 73.4kg． 昼飯．
• 屋久島モデル， シュート伸長休眠のほうをちょっといじる．
• 1535 自宅発． 曇． 1550 研究室着．
• 先ほど手を加えた屋久島シュート伸長休眠の 階層ベイズモデルの MCMC 計算プログラムを動かしてみる． Dell 機上で 21 分間． 今まではある step 内で個体 → 樹種 → hyperspc という順にメトロポリスしてたんだけど， これを逆にしてみた． やはりというか， あたりまえのことなんだけど， 計算結果は何も変わらなかった．

• 何がやりたかったかというと， ひとつの MCMC step として出力されるパラメーター値が こっちのほうがわかりやすいんではないかな， というよーな (上の図ではそのあたりがまったく見えてないし， 後述するようにわりとどうでもいいハナシなんだけど) …… もちろん MCMC 計算の主眼は「同時分布」 (joint distribution) からの標本らしきものを生成していくことにあるので， どのパラメーターが先であとだというハナシにはあまり意味ないわけで．
• しかしながら， この問題のように hyperspc の値は各個体のパラメーターをふりまわすけど， 個々の個体の値の増減はそれほど hyperspc には影響しない， という非対称性があるときには， あたかも hyperspc → 樹種 → 個体という順で パラメーター生成させて， これを MCMC の 1 step とくくるほうが …… いや， まあどっちでも同じかな． とはいえ， 現在のやりかたのほうが， 「『下』は『上』にふりまわされる」 感が少しばかり強調されてるような． しょせんはキモチの問題にすぎないのだけど．
• で， 何が気になってたのかとゆーと …… 上の図で見えてるのは周辺分布 (marginal distribution) なんだけど， これって同時分布のよい「断面図」になってんのかしらん， というあたり． 今回の計算結果で作図してみると …… まあ， 「『下』は『上』にふりまわされる」 んだろうけど， 思ったより hyperspc - spc 間で相関はヨワくてひと安心， と．

• なるほど， こういう階層モデルって， 負の相関があるのがたぶん正しい推定結果なんだろう． 正の相関だったらむちゃくちゃ， というか．
• ついでに樹種-個体間でも同様の作図してみたんだが …… まあ， これまた当然ながらというか， より「無相関」な方向で． 「つよい個体差」が言えるほど個体データがないためだろう．
• お茶部屋で修論さっさと片づけてスキーに行きたい， というハナシを拝聴する． そう， 修論はさっさと ……
• 屋久島葉寿命の推定プログラム， すすまん．
• 理由のひとつは「年枝」のデータ構造を決めてないから， というあたりのようで．

  全体 / 樹種 / 個体 / 年枝 (先端) / 年枝 (次) / 年枝 (...) / ...

  とゆー構造なんだよね． どうしたもんかな． ばか正直にこのとおりにやるべきかな．
• 年枝がもつべきデータは ……
  • 見かけの年齢 (観測)
  • ホントの年齢 (先端方向の休眠・二度伸びに左右される)
  • 葉数 (観測)
  • 葉痕数 (観測)
  • 先端方向の節における休眠回数
  • 根元方向の節における二度伸び回数
  • 根元方向の年枝への reference
  • 先端方向の年枝への reference (いらんか?)
  さらに欠測末端年枝なるものも必要で (継承するか?)， 上の属性に加えて
  • その枝の葉数の経験分布
  が必要とされる． うへー， めんどくさい． 「尤度」 は持つ必要あるのか? 計算時間をケチるなら持たせるべきなんだが …… いや， あほらしいからやめておこう．
• で， Segment なるクラスを独立させて定義していくわけだが …… けっこうあれこれと動作を定義してやらねばならぬ．
• かなり寒くなってきたので撤退． 2100 研究室発． 大雪． 2120 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 60 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): バターロール．
  • 昼 (1420): 米麦 0.8 合． 納豆． エノキダケ卵とじ．
  • 晩 (2230): 米麦 0.8 合． ハクサイ・ニンジン・豆腐のカレー．