ぎょーむ日誌 2005-12-23

2005 年 12 月 23 日 (金)

• 0900 起床． こんさるばて， か? そして本日は祝日である， としばらくしてから気づいた． 朝飯． コーヒー． 1030 自宅発． 晴． 1045 研究室着．
• メイリングリスト R-help への質問投稿 「ls() で見えない関数を作る方法は?」 に対する常連 Martin Maechler 氏の 回答:
  1. package にいれる (namespace の利用)
  2. .abc() というようにドットつき関数名にする
  どちらもおもしろい．
• 苫小牧樹木直径成長モデル， glm(..., family = quasipoisson) と GLMM のこんびねいしょんワザで段階的に 気象フィルターを順位づけ・選抜する方式に切り替えたので (昨年 11 月末にはこの方式を試していたんだけど， おくらいりになっていた)， 気象フィルターの候補を増やすということに …… どうなることやら． ボスを立腹させる結果にならなければよいのだが．
• これまで 前年気象値 54 × 前年気象値 27 = 1458 とーりで探索してたんだけど， 今回は前年気象値 256 × 前年気象値 64 = 16384 とーりで試みてみる． 11 倍に増えたわけだが …… イタヤカエデの計算時間は 6 分から 12 分に増大， か．
• 昼飯．
• 苫小牧樹木直径成長モデル， 推定計算の拡大版ぢりぢりと進行中． ひとつの気象値セットの計算時間は 47-49 分間ぐらいか (昨日までの試算版だと 6-7 分)． ここでいう気象値セットとは， 「雨ふりがおよぶ効果」 パラメーターを固定した 16384 セットの計算である． この雨パラメーターは全樹種共通にしていて， これまた何とおりか試してみなければならない．
• 計算は計算機にまかせて， 人間は他の仕事をススめればよいはず． ところがススまない． 不思議だ．
• 1750 本日の計算， ひととーり終了． 今回はボス追従的な結果になった． 計算者のココロの状態が計算に反映されてしまうのだろうか．
• といったえせ深層心理学的なハナシはおくとして …… 計算結果は幹部はここ一年ぐらいほとんど変わっていない， と言ってもよいのではないか? ただし「推定結果の末端」とでもいうべき部分は「ふるえている」ように見え， おそらく統計学的な意味においても 定まらない状態にあるのだと考えるべきかもしれない …… と， アタマの中が徐々にべいぢあんな方向に偏向しつつあるわけだが．
• このようにふらつく原因として
  • 線形予測子だの link 関数だのは 生物学の何かの原理原則 (そんなもんどこにもありませんね) から導出されたものではなく， まあ解析者たる当方に都合のよい近似にすぎないので 「つねにあてはまりが悪い」 とでもいうような状態にある
  • さらに通年毎日の気象データなる莫大な数値の羅列から， 生物の挙動を説明できるような 「意味のある情報」 をすくいあげることの難しさ
  後者に関して補足するなら …… たとえば気温データ 10 年分と称するじぐざぐの波形どもを渡されたときに， 樹種 X の個体たち 10 年間の成長量の年変動を「説明」できる 気象フィルターセットを構成できるか， という問題を考えてみよ．
• 回答は簡単で， それはいくらでも構成できる， ということになる． このときに「○○はするな!」 といった制約条件を加えていくことで， 良さそうな気象フィルターセットの候補の個数を多少は減らせる． というかこれは必要なことで， もしホントに気象フィルターを自由に選ばせてみたら， 人間などが考えだすよりよほど 「独創的な解」 を最尤推定数値解法プログラムが探しあててくれることにあなたは驚くだろう．
• しかしながら， この制約を加えるという行為は計算するまえに その結果を決めてしまうようなもので別の意味で危険きわまりない． で， 制約はゆるめにしなければならないのだけど， そうするとまったく異なる気象フィルターセットたちが， ほとんど同じような (むろんびみょーに異なるけど) 年変動パターンを生成しうるらしい …… というのがよーやくにして私などのアタマに浸透しつつある， この現象論的データ解析の実相の近似的理解である．
• 強引な制約をつけられるほどには， われわれは植物内部の挙動を理解できていない． つまりこの強引な制約とは， 気象データセットなるものを「絶対値」の集まりとして解釈できるような， 定量的な植物生理学の知識である． 幸か不幸か， そんなものは誰も知らない．
• べいづ推定でいえば， すごくカタチの制約された分散の小さい事前分布みたいなもんかな．
• うーむ， とアタマをひねりつつ撤退． 1930 研究室発． 2030 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うーむ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 米麦 0.6 合． ハクサイ・ネギ・豚ハツの炒めもの．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． ハクサイ・ネギ・豚ハツの炒めもの．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ネギ卵炒飯． 麻婆豆腐．